|
|
Využití kombinovaných sekvenčních a strukturních vlastností pro predikci protein-ligand vazebných míst
Brabec, Matyáš ; Hoksza, David (vedoucí práce) ; Škoda, Petr (oponent)
Interakce proteinů s různými molekulami jsou klíčové pro jejich funkci a následně pro celkové fungování organismů. Studium těchto interakcí je důležité v mnoha vědních obo- rech, včetně medicíny, kde má zásadní význam pro vývoj léků. Klíčovým typem těchto interakcí je vazba mezi proteinem a ligandem a významným cílem bioinformatiky je vy- vinout spolehlivé modely pro predikci těchto vazebných míst. Nedávný nárůst databazí proteinových struktur v kombinaci s výkonem moderních GPU umožnil vývoj mnoha modelů strojového učení. Zejména protein language modely, inspirované svými protějšky ve zpracování přirozeného jazyka, se úspěšně uplatňují v napříč bioinformatikou. V této práci jsme použili model proteinového jazyka pro predikci vazebných míst a snažili jsme se zvýšit jeho výkonnost začleněním různých trojrozměrných vlastností proteinů. 1
|
|
|
Podobnostně-grafový prohlížeč databáze strukturovaných entit
Brabec, Matyáš ; Skopal, Tomáš (vedoucí práce) ; Holubová, Irena (oponent)
Práce se věnuje alternativnímu způsobu vyhledávání na bázi podobnosti a následnému zobrazování výsledků. Při klasickém dotazování do SQL databáze, Excel tabulky nebo i online obchodu se uživatel musí seznámit s datovým modelem a následně popsat, jak má výsledek vypadat v jazyce atributů entit (pomocí rovností, nerovností, intervalů, regulárních výrazů apod.). Na rozdíl od tohoto přístupu má podobnostní hledání velkou výhodu, uživatel nemusí vědět o entitách skoro nic. Jediné, z čeho se dotaz skládá, je jedna nebo více entit, na jejichž základě aplikace zobrazí nejpodobnější množinu jako interaktivní graf. Cílem je koncept prozkoumat na doméně zaměstnanců softwarové firmy. Této společnosti potom bude výsledná aplikace sloužit na doporučování vhodných osob na projekty. 1
|
host ::
RSS.