|
|
Tření a mazání fascií
Chmelík, Jiří ; Daniel, Matej (oponent) ; Vrbka, Martin (vedoucí práce)
Diplomová práce byla součástí projektu „Regenerace a lubrikace fascií hyaluronanem“ společnosti Contipro a.s., jehož hlavním cílem je vývoj injekčního léčebného přípravku. Přibývá počet pacientů trpící tzv. bolestí myofasciálního původu v dolní části zad. Příčinou bolesti je zvýšená viskozita kyseliny hyaluronové, která je produkována mezi vrstvami fascií. Pokud je viskozita nízká, tak nedochází k ovlivňování vrstev fascií a součinitel tření je nízký. Úkolem přípravku je zlepšit klouzavý pohyb fascií a ulevit pacientovi od bolesti. Hlavní složkou léčebného přípravku je kyselina hyaluronová. Součástí projektu byla reologická a tribologická analýza vzorků kyseliny hyaluronové. Pro analýzu součinitele tření byl vytvořen tribologický model fascií v konfiguraci pin-on-plate. Na základě použitých modelů fascií byla zjištěna závislost mezi součinitelem tření a viskozitou u nativních roztoků kyseliny hyaluronové. U modelů a reálných fascií se zjistilo, že nativní roztok (Bonharen) dosahoval lepších třecích vlastností nežli roztoky derivátů kyseliny hyaluronové. Tyto analýzy přispěly nejen k vývoji léčebného přípravku, ale i pro vznik dalších studií, které by se chtěly zabývat biotribologií fascií.
|
|
|
Image filtration effect on quality of subtractive angiography-based CT brain images of blood-vessels
Šipula, Samuel ; Nohel, Michal (oponent) ; Chmelík, Jiří (vedoucí práce)
The aim of the bachelor thesis is to design filtering methods for the resulting quality of digital subtraction angiography. The role of filtration in this case is to suppress noise and strong structures to enhance vessel anatomy. Real patient data obtained using a computed tomography system are available for this purpose. In this work, the emphasis is mainly on noise suppression. Individual filtration techniques were implemented in MATLAB. The work further acquaints the reader with the theory of vascular supply to the brain, its imaging methods and the description of filters as discrete operators.
|
|
|
Lokalizace intrakraniálních hemoragií v axiálních řezech CT snímků hlavy.
Kopečný, Kryštof ; Chmelík, Jiří (oponent) ; Nemček, Jakub (vedoucí práce)
Tématem této práce je lokalizace intrakraniálních krvácení na snímcích počítačové tomografie pomocí jednofázového a dvoufázového detektoru založených na konvolučních neuronových sítích. Práce mimo základní poznatky z umělé inteligence klíčové pro pochopení procesu detekce objektů podává medicínské informace o patologii a zobrazování krvácení. Znalosti ze zmíněných okruhů se využijí pro vlastní návrh algoritmu pracujícím s veřejně dostupnými databázemi CT snímků hlavy a jejich anotací CQ500 a BHX. Součástí práce je vyhodnocení výsledků a jejich diskuse.
|
|
|
Segmentation and morphological analysis of mouse embryo choroid plexus
Parobková, Viktória ; Jakubíček, Roman (oponent) ; Chmelík, Jiří (vedoucí práce)
The Choroid Plexus is a regulated gate between blood and cerebrospinal fluid and takes place in several functions connected with the neural system. However, many functions are still unknown caused by the fragility, location and shape of the plexus. Thus the noninvasive techniques are used to access this crucial brain component located within the ventricles. Moreover, there is a link between its shape and brain pathologies. This project aimed to extract the ChP of the 4th ventricle by implementing segmentation methods followed by morphological analysis to discover patterns between the shape and disease.
|
|
|
Thrombi detection in main brain arteries in CT image data
Líška, Martin ; Nemček, Jakub (oponent) ; Chmelík, Jiří (vedoucí práce)
The master’s thesis deals with automatic preprocessing, segmentation and consecutive analysis of volume data of anonymized patient CTA acquisitions with an indication of stroke. Preprocessing of volume data is an essential step for proper vascular tree segmentation and analysis. The region growing method was used to segment the vascular tree of the brain. After extracting the vascular tree, the labeling of individual branches was applied in the algorithm and the appropriate features were extracted. The analysis examined the features of vessel lengths, their diameter and local brightness profiles, which are important indicators of possible stenosis or occlusion of the main vessels of the brain. The output of the algorithm are various modalities of diagnostic, assisted visualizations of the segmented vascular tree. The segmentation and analysis algorithm of cerebrovascular system was created in the MATLAB programming environment.
|
|
|
Segmentace buněk pomocí konvolučních neuronových sítí
Hrdličková, Alžběta ; Chmelík, Jiří (oponent) ; Vičar, Tomáš (vedoucí práce)
Tato práce zkoumá využití konvolučních neuronových sítí se zaměřením na sémantickou a instanční segmentaci buněk z mikroskopických snímků. Teoretická část obsahuje popis hlubokých neuronových sítí a shrnutí široce používaných konvolučních architektur pro segmentaci obrazu. Praktická část práce je věnována vytvoření modelu konvoluční neuronové sítě na základě architektury U-Net. Dále obsahuje segmentaci buněk predikovaných obrazů pomocí tří metod, a to prahování, metody rozvodí a metody náhodného chodce.
|
|
|
Umělá inteligence pro predikování sepsí z klinických signálů
Šidlo, David ; Chmelík, Jiří (oponent) ; Vičar, Tomáš (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce řeší otázku predikování sepsí z klinických signálů pomocí metod umělé inteligence. V teoretické části je vypracována literární rešerše na zakladní principy a fungování různých metod umělé inteligence. Větší důraz byl kladen na rekurentní neuronové sítě. Cílem praktické části byla implementace vhodné metody ve zvoleném programovacím prostředí. Jako vhodná metoda byla vybrána LSTM síť a časová konvoluční síť TCN. Nejlepších výsledků normalizované hodnoty utility score dosáhla TCN, a to 0,377 a sedmi vrstvá LSTM 0,356.
|
|
|
Meta-analýza kostních nádorových lézí v páteřních CT snímcích s využitím konvolučních neuronových sítí
Nantl, Ondřej ; Jakubíček, Roman (oponent) ; Chmelík, Jiří (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá využitím konvolučních neuronových sítí při meta-analýze kostních nádorových lézí v CT obrazových datech. Teoretická část pojednává o anatomii a patologii kostní tkáně, strojovém učení, popisuje funkci konvolučních neuronových sítí a shrnuje vybrané existující počítačově podpůrné metody pro detekci kostních nádorových lézí v obratlech. V praktické části byly různé typy modelů využívající konvoluční neuronové sítě implementovány a sítě byly trénovány na dostupném augmentovaném datasetu. Nakonec byly výsledky jednotlivých typů modelů statisticky vyhodnoceny, srovnány s dostupnými publikacemi a toto vše je diskutováno.
|
|
|
Využití strojového učení pro generování medicínských obrazů
Hrtoňová, Valentina ; Chmelík, Jiří (oponent) ; Jakubíček, Roman (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá využitím generativních soutěživých sítí pro generování medicínských obrazů. Nejdříve jsou popsány umělé neuronové sítě se zaměřením na konvoluční neuronové sítě a generativní soutěživé sítě. Je vypracována rešerše na využití generativních soutěživých sítí v medicíně a jsou blíže popsány vybrané publikace na téma syntézy medicínských obrazů. V programovém prostředí Python je implementován model hluboce konvoluční generativní soutěživé sítě pro generování syntetických obrazů kožních lézí a model „pix2pix“ pro tři aplikace. První aplikací modelu „pix2pix“ je generování obrazů kožních lézí, druhou je generování CT obrazů axiálních řezů páteře a poslední aplikací je generování CT obrazů sagitálních řezů páteře. Na závěr jsou prezentovány a diskutovány výsledky generování medicínských obrazů pomocí generativních soutěživých sítí.
|
|
|
Method for Extending the Field of View for X-ray Computed Tomography with Submicron Resolution
Zemek, Marek ; Chmelík, Jiří (oponent) ; Mézl, Martin (vedoucí práce)
Computed tomography is a tool for nondestructive evaluation of samples, commonly used in many industrial and scientific fields. Some tomographic devices produce images with sub-micrometer spatial resolution. The field of view of such devices can be very small, in the range of single millimeters or less. This restricts possible sizes of samples, which is a major limitation. Various field-of-view extension techniques exist which are able to overcome this restriction. In this thesis, a previously published technique was adapted and implemented specifically for the Rigaku Nano3DX X-Ray microscope. This technique almost doubles the lateral extent of the field of view without the need for a larger detector array. The approach was tested using both synthetic and real data, and its performance is evaluated subjectively and objectively, through visual inspection and image quality metrics. The evaluation is largely based on comparing images reconstructed using this method to ones acquired using a larger detector array. The field-of-view extension method yields faithful reconstructions of samples, comparable in quality to their larger-detector counterparts.
|
host ::
RSS.