|
| |
|
|
Studium antiproliferačních vlastností série nových aroylhydrazonových chelátorů iontů železa
Kolbabová, Lucie ; Šimůnek, Tomáš (vedoucí práce) ; Jirkovská, Anna (oponent)
Univerzita Karlova v Praze Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra biochemických věd Kandidát: Lucie Kolbabová, DiS. Školitel: Doc. PharmDr. Tomáš Šimůnek, Ph.D. Název diplomové práce: Studium antiproliferačních vlastností série nových aroylhydrazonových chelátorů iontů železa Aroylhydrazony jsou tridentální lipofilní chelátory železa s dobrou prostupností do buněk. V posledních desetiletích byla prokázána mimo jiné také výrazná antiproliferativní aktivita některých látek této skupiny. Významným zástupcem aroylhydrazonů je perorálně účinný chelátor salicylaldehyd isonikotinoyl hydrazon (SIH), který v předešlých experimentech realizovaných na našem pracovišti prokázal výraznou antiproliferativní aktivitu a schopnost chránit buňky před poškozením oxidačním stresem. Jeho hlavní nevýhodou je však nízká stabilita, daná rychlou hydrolýzou hydrazonové vazby ve vodném prostředí. Z tohoto důvodu byla v minulých letech na KAOCH FaF UK navržena a syntetizována analoga SIH, odvozená od aromatických ketonů, která prokázala signifikatně vyšší stabilitu v králičí plazmě v porovnání s parentní látkou. Cílem této studie je navázat na předchozí experimenty a zaměřit se na další strukturní modifikace mateřské látky SIH s jejich dopadem na antiproliferativní účinnost. Tato práce byla prováděna na buněčné linii...
|
|
|
In vitro study of novel derivatives of iron chelator salicylaldehyde isonicotinoyl hydrazone.
Maťašová, Nikola ; Šimůnek, Tomáš (vedoucí práce) ; Jirkovský, Eduard (oponent)
Univerzita Karlova Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra biochemických věd Kandidát: Nikola Maťašová Školiteľ: prof. PharmDr. Tomáš Šimůnek, Ph.D. Konzultanti: PharmDr. Hana Jansová, Ph.D. Mgr. Jan Kubeš Názov diplomovej práce: In vitro štúdie nových derivátov chelátoru železa salicylaldehydizonikotinoylhydrazónu Ochorenia srdca patria celosvetovo medzi najčastejšie príčiny smrti a invalidity. Významnú rolu v rozvoji kardiovaskulárnych ochorení zohráva oxidačný stres, ktorého generátorom a/alebo propagátorom môžu byť aj ióny železa. Nadmerné množstvo tohto kovu vedie k apoptóze, nekróze alebo nedávno popísanej regulovanej bunečnej smrti - ferroptóze. Tento typ bunečnej smrti sa spája s kardiomyocytmi, ale objavili sa aj štúdie popisujúce prepojenie ferroptózy s ďalšími patologickými stavmi ako sú nádorové ochorenia, ochorenia nervového systému, ischemicko-reperfúzne poškodenia, poškodenia obličiek a ochorenia krvi. Preto je výskum chelátorov železa, schopných so železom vytvoriť netoxický komplex, a tak zabrániť bunečnej smrti, sľubný nielen z pohľadu kardiovaskulárnych chorôb. Táto práca je zameraná na in vitro štúdium nových potencionálnych chelátorov železa odvodených od štruktúry salicylaldehydizonikotinoylhydrazónu (SIH). SIH selektívne a pevne chelatuje ióny železa vo vnútri buniek a...
|
|
| |
|
|
Klonování a exprese lidské karbonylreduktasy CR-1
Laštovková, Linda ; Wsól, Vladimír (vedoucí práce) ; Šimůnek, Tomáš (oponent)
Purifikace plasmidu pOTB7 s kódovou sekvencí karbonylreduktasy 1 (CBR1) v buňkách Escherichia coli (E. coli) byla provedena metodou alkalické lýze. Sekvence CBR1 byla namnožena metodou polymerasové řetězové reakce (PCR) za přítomnosti navržených primerů. Levý primer obsahoval restrikční místo pro restrikční endonukleasu NdeI a pravý primer pro restrikční endonukleasu XhoI. Správnost výsledků prvního kroku byla potvrzena ověřením velikosti nasyntetizovaného fragmentu a následně restrikční analýzou pomocí restrikční endonukleasy BamHI. Takto připravená kódová sekvence CBR1 byla ligována do vektoru Topo, který byl dále následně transformován do kompetentních buněk E. coli. Po namnožení E. coli byl vektor Topo obsahující kódovou sekvenci CBR1 purifikován metodou alkalické lýze. Úspěšnost druhého kroku byla ověřena porovnáním velikosti cyklického vektoru Topo bez vloženého insertu a vektoru Topo s kódovou sekvencí CBR1 na agarózovém gelu a následnou restrikční analýzou pomocí restrikční endonukleasy BamHI. Posledním krokem byla subklonace kódové sekvence CBR1 z vektoru Topo do expresního vektoru pET15b.
|
|
|
Klonování, exprese a purifikace disulfid oxidoreduktázy Francisella tularensis
Kohlová, Michaela ; Šimůnek, Tomáš (vedoucí práce) ; Zemanová, Lucie (oponent)
Univerzita Karlova v Praze Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra biochemických věd Kandidát: Bc. Michaela Kohlová Školitel: doc. PharmDr. Tomáš Šimůnek Školitel-konzultant: Mgr. Monika Schmidt Název diplomové práce: Konstrukce, exprese a purifikace disulfid oxidoreduktázy Francisella tularensis Konzervovaný hypotetický lipoprotein s označením FTT1103 (pro Francisella tularensis subsp. tularensis) je jedním z faktorů virulence u gramnegativní intracelulární bakterie Francisella tularensis. Protein FTT1103 je homologem k periplazmatickému proteinu DsbA E. coli, patří do rodiny disulfid oxidoreduktáz a je zodpovědný za tvorbu disulfidických vazeb u nově vzniklých proteinů. Tyto vazby jsou v proteinech nezbytné pro udržení správné konformace a aktivity. Bioinformatická analýza proteinu FTT1103 ukázala, že tento protein obsahuje N-koncovou FKBP doménu, u které se předpokládá dimerizační funkce a/nebo funkce chaperonová. Tyto funkce domény však nebyly dosud zcela potvrzeny. Cílem této diplomové práce bylo ověření, zda je N-koncová FKBP doména skutečně zodpovědná za správnou funkci a aktivitu proteinu DsbA. Pomocí molekulárně biologických metod jsme připravili mutantní gen dsbA s deletovanou FKBP_N doménou (dsbAΔFKBP_N). Tento gen jsme pomocí klonování vložili do plazmidu pET28b a tento...
|
|
|
Genetický polymorfismus v HFE genu v české populaci
Červinková, Barbora ; Beránek, Martin (vedoucí práce) ; Šimůnek, Tomáš (oponent)
Univerzita Karlova v Praze Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra biochemických věd Kandidát: Bc. Barbora Červinková Školitel: Doc. PharmDr. Martin Beránek, Ph.D. Název diplomové práce: Genetický polymorfismus v HFE genu v české populaci. Cíl práce: Cílem diplomové práce bylo zmapovat výskyt třech mutací v HFE genu (C282Y, H63D, S65C) u české populace. A následně porovnat získané výsledky s hodnotami hlášenými ze světa. Metody: Práce zahrnovala izolaci DNA ze stěrů bukální sliznice od 167 dárců (65 mužů, 102 žen; věkový průměr mužů byl 31 a žen 28). Získaná DNA byla následně zmnožena prostřednictvím metody PCR za použití primerů 5'-CAG ATC CTC ATC TCA CTG- 3' a 5'-CTG GAT AAC CTT GGC TGT ACC CCC - 3' pro C282Y mutaci, 5'-GCC ACA TCT GGC TTG AAA TT-3' a 5'-ACA TGG TTA AGG CCT GTT GC GCC ACA-3' primerů pro H63D a S65C mutace. Pomocí restrikčního enzymu Rsa I pro C282Y, Bcl I pro H63D, Hinf I pro S65C byl řetězec DNA rozštěpen a získané fragmenty byly odseparovány na 2 % agarózovém gelu metodou gelové elektroforézy. Výsledky: Mutace C282Y byla detekována u 0 (0 %) vzorků jako homozygot, u 3 (1,80 %) vzorků jako složený heterozygot s H63D, u 0 (0 %) vzorků jako složený heterozygot s S65C a u 19 (11,38 %) vzorků, jako samostatná mutace v kombinaci se zdravou alelou. Mutace H63D byla detekována u...
|
|
|
Studium možností farmakologické ochrany srdečních buněk před oxidačním stresem a antracyklinovými cytostatiky
Jansová, Hana ; Šimůnek, Tomáš (vedoucí práce) ; Hrdina, Radomír (oponent) ; Jun, Daniel (oponent)
UNIVERZITA KARLOVA V PRAZE FARMACEUTICKÁ FAKULTA V HRADCI KRÁLOVÉ KATEDRA BIOCHEMICKÝCH VĚD Kandidát: Mgr. Hana Jansová Vedoucí práce: Doc. PharmDr. Tomáš Šimůnek, Ph.D. Název disertační práce: STUDIUM MOŽNOSTÍ FARMAKOLOGICKÉ OCHRANY SRDEČNÍCH BUNĚK PŘED OXIDAČNÍM STRESEM A ANTRACYKLINOVÝMI CYTOSTATIKY I když je rozvoj kardiovaskulárních onemocnění spojen s mnoha rizikovými faktory, předpokládá se, že v mnoha z nich hraje důležitou roli oxidační stres. K jeho vzniku může přispívat i produkce volných radikálů katalyzovaná volnými ionty železa, při které je tvořen velmi reaktivní a toxický hydroxylový radikál. Možnou strategií bránící propagaci oxidačního stresu může být chelatace volného železa. Použití klasických chelátorů železa u patologických stavů bez přetížení organismu železem může být ale spojeno s rizikem toxicity v důsledku deplece železa. Z tohoto důvodu se tato práce zabývá nejen studiem kardioprotektivních vlastností chelátorů železa, ale také od nich odvozených prochelátorů. V této práci jsme se věnovali prochelátorům železa, které nemají téměř žádnou afinitu k iontům železa, dokud nejsou aktivovány v patologických podmínkách oxidačního stresu. Dlouhou dobu se předpokládalo, že oxidační stres je i hlavní příčinou antracyklinové kardiotoxicity, avšak nedávné studie se od této teorie...
|
|
|
Vazebné vlastnosti enzymů purinnukleosidfosforylasa a thymidinfosforylasa
Strašilová, Kateřina ; Sochor, Jaroslav (vedoucí práce) ; Šimůnek, Tomáš (oponent)
7. SUMMARY IN CZECH (SOUHRN PRÁCE) Tato práce se zabývá zkoumáním vazebných vlastností a interakcí u enzymů purinnukleosidfosforylasa a thymidinfosforylasa s jejich přirozenými substráty s využitím metody SPR analýzy v přístroji Biacore X. Cílem práce bylo nejprve zjistit, zda a jak mohou být enzymy, připravené technologií rekombinantní DNA, ukotveny na povrch analytického čipu CM 5 s volnými karboxylovými skupinami. Poté bylo testováno, jakým způsobem a za jakých podmínek se již ukotvené enzymy vážou se svými přirozenými substráty. Měnícími se podmínkami byly druh pufru, jeho pH a molalita, teplota v systému a průtoková rychlost celou. Jako přirozené substráty pro enzym PNP byly použity guanosin ve směru rozkladné reakce a guanin s ribóza-1-fosfát nebo s deoxyribóza-1-fosfát ve směru syntézy. Pro enzym TP, který byl studován pouze ve směru fosforolýzy, byly jako přirozené substráty použity thymidin, uridin, a deoxyuridin. V závěru byla opakována interakční analýza k ověření stability čipu pokrytého TP enzymem, který byl uskladněn v lednici po dobu 10 týdnů. Přístroj Biacore X je založen na metodě SPR analýzy. Surface plasmon resonance neboli povrchová plasmonová rezonance je neinvazivní optická metoda sloužící ke sledování interakcí mezi biomolekulami a jejich ligandy. Odpověď nezávisí na povaze...
|
|
| |
host ::
RSS.