| Archeologický ústav, Brno (94) |
| Archeologický ústav, Praha (237) |
| Astronomický ústav (244) |
| Biologické centrum (344) |
| Biotechnologický ústav (47) |
| Botanický ústav (382) |
| Biofyzikální ústav (298) |
| Entomologický ústav (50) |
| Etnologický ústav (511) |
| Farmakologický ústav (1) |
| Filosofický ústav (522) |
| Fyzikální ústav (550) |
| Fyziologický ústav (77) |
| Geofyzikální ústav (197) |
| Geologický ústav (447) |
| Historický ústav (468) |
| Hydrobiologický ústav (116) |
| Knihovna AV ČR (70) |
| Masarykův ústav a Archiv (482) |
| Matematický ústav (405) |
| Mikrobiologický ústav (500) |
| Národohospodářský ústav (792) |
| Orientální ústav (37) |
| Parazitologický ústav (8) |
| Psychologický ústav (315) |
| Slovanský ústav (113) |
| Sociologický ústav (2,672) |
| Sociologický ústav (CVVM) (55) |
| Technologické centrum (0) |
| Ústav analytické chemie (451) |
| Ústav anorganické chemie (410) |
| Ústav biologie obratlovců (518) |
| Ústav dějin umění (326) |
| Ústav experimentální botaniky (113) |
| Ústav experimentální medicíny (136) |
| Ústav fotoniky a elektroniky (626) |
| Ústav fyzikální chemie J. Heyrovského (429) |
| Ústav fyzikálního inženýrství (0) |
| Ústav fyziky atmosféry (261) |
| Ústav fyziky materiálů (1,001) |
| Ústav fyziky plazmatu (591) |
| Ústav geoniky (1,274) |
| Ústav chemických procesů (1,954) |
| Ústav informatiky (1,617) |
| Ústav jaderné fyziky (433) |
| Ústav makromolekulární chemie (430) |
| Ústav molekulární biologie rostlin (42) |
| Ústav molekulární genetiky (80) |
| Ústav organické chemie a biochemie (545) |
| Ústav pro českou literaturu (433) |
| Ústav pro elektrotechniku (0) |
| Ústav pro hydrodynamiku (598) |
| Ústav pro jazyk český (759) |
| Ústav pro klasická studia (0) |
| Ústav pro soudobé dějiny (267) |
| Ústav přístrojové techniky (1,244) |
| Ústav půdní biologie (192) |
| Ústav státu a práva (156) |
| Ústav struktury a mechaniky hornin (376) |
| Ústav teoretické a aplikované mechaniky (1,187) |
| Ústav teorie informace a automatizace (1,523) |
| Ústav termomechaniky (3,044) |
| Ústav výzkumu globální změny (544) |
| Ústav živočišné fyziologie a genetiky (93) |