| Archeologický ústav, Brno (89) |
| Archeologický ústav, Praha (232) |
| Astronomický ústav (233) |
| Biologické centrum (326) |
| Biotechnologický ústav (47) |
| Botanický ústav (379) |
| Biofyzikální ústav (252) |
| Entomologický ústav (50) |
| Etnologický ústav (479) |
| Farmakologický ústav (1) |
| Filosofický ústav (518) |
| Fyzikální ústav (513) |
| Fyziologický ústav (76) |
| Geofyzikální ústav (197) |
| Geologický ústav (431) |
| Historický ústav (455) |
| Hydrobiologický ústav (116) |
| Knihovna AV ČR (66) |
| Masarykův ústav a Archiv (469) |
| Matematický ústav (393) |
| Mikrobiologický ústav (491) |
| Národohospodářský ústav (747) |
| Orientální ústav (36) |
| Parazitologický ústav (8) |
| Psychologický ústav (312) |
| Slovanský ústav (109) |
| Sociologický ústav (2,426) |
| Sociologický ústav (CVVM) (55) |
| Technologické centrum (0) |
| Ústav analytické chemie (432) |
| Ústav anorganické chemie (408) |
| Ústav biologie obratlovců (491) |
| Ústav dějin umění (303) |
| Ústav experimentální botaniky (112) |
| Ústav experimentální medicíny (129) |
| Ústav fotoniky a elektroniky (623) |
| Ústav fyzikální chemie J. Heyrovského (404) |
| Ústav fyzikálního inženýrství (0) |
| Ústav fyziky atmosféry (258) |
| Ústav fyziky materiálů (979) |
| Ústav fyziky plazmatu (572) |
| Ústav geoniky (1,221) |
| Ústav chemických procesů (1,868) |
| Ústav informatiky (1,593) |
| Ústav jaderné fyziky (424) |
| Ústav makromolekulární chemie (428) |
| Ústav molekulární biologie rostlin (42) |
| Ústav molekulární genetiky (80) |
| Ústav organické chemie a biochemie (535) |
| Ústav pro českou literaturu (414) |
| Ústav pro elektrotechniku (0) |
| Ústav pro hydrodynamiku (569) |
| Ústav pro jazyk český (711) |
| Ústav pro klasická studia (0) |
| Ústav pro soudobé dějiny (255) |
| Ústav přístrojové techniky (1,098) |
| Ústav půdní biologie (192) |
| Ústav státu a práva (152) |
| Ústav struktury a mechaniky hornin (370) |
| Ústav teoretické a aplikované mechaniky (1,104) |
| Ústav teorie informace a automatizace (1,482) |
| Ústav termomechaniky (2,930) |
| Ústav výzkumu globální změny (506) |
| Ústav živočišné fyziologie a genetiky (91) |