|
|
Adaptation of enzymatic assays for high-throughput screening with use of ECHO-MS
Kráľová, Zuzana ; Mertlíková Kaiserová, Helena (vedoucí práce) ; Šácha, Pavel (oponent)
V rámci tejto diplomovej práce bola vytvorená vysoko priepustná metóda určená na testovanie potenciálnych inhibítorov enzýmu purínnukleozidfosforylázy (PNP). Použitou detekčnou metódou bola hmotnostná spektrometria, stanovované boli predovšetkým produkty reakcie katalyzovanej PNP, a to hypoxantín a ribóza-1-fosfát. Skúmané boli detekčné schopnosti a úskalia prístroja Echo® MS, ktoré boli porovnávané s predchádzajúcou rádioenzymatickou metódou. Dôraz bol kladený hlavne na robustnosť metódy a automatizáciu postupu. Boli použité techniky nanášania látok pomocou akustického dávkovania kvapiek (ADE) a bezkontaktného dávkovania roztokov s využitím prístrojov Echo® 550 a Certus Flex® . Vďaka tomu bolo možné zmenšiť enzýmovú reakciu z pôvodných 20 µl na 5 µl a realizovať ju celú v jamkách 384-jamkovej mikrotitračnej platničky, čím došlo k zníženiu nákladov a zvýšeniu priepustnosti testovaných inhibítorov. Čas analýzy jednej vzorky sa skrátil z 8 minút rádiometrickej metódy na 0,2 minúty využitím Echo® MS metódy. Ďalej boli optimalizované parametre enzýmovej reakcie ako koncentrácia PNP, zloženie reakčnej zmesi, čas reakcie a spôsob jej zastavenia, a to všetko s ohľadom na podmienky čoraz viac žiadaného testovania látok s vysokou priepustnosťou (HTS). Vytvorená metóda bola aplikovaná pre testovanie...
|
|
|
Synthesis of new carborane and metallacarborane bulding blocks appliable in design of biologically active compounds
Nekvinda, Jan ; Grüner, Bohumír (vedoucí práce) ; Janoušek, Zbyněk (oponent)
Sloučeniny s karboxylovou nebo amidickou funkční skupinou patří k základním stavebním blokům, které jsou využívány ke stavbě funkčních molekul v organické chemii, organometalice i chemii karboranů. Nicméně, aniont kobalt bis(dikarbolid)(1-) byl v těchto syntetických procesech až do nedávna nevyzkoušený. Publikovaná metoda založená na lithiaci v THF a reakci s CO2 vedoucí k mono- a disubstituovaným karboxylovým kyselinám se nám nepodařila zreprodukovat. Po zrevidování experimentálních podmínek jsme však dosáhli dobrých výtěžků směsi obou kyselin, které mohou být odděleny chromatograficky i krystalizací, se vzorcem [(1-HOOC-1,2-C2B9H10)(1',2'-C2B9H10)-3,3'-Co(III)]- a stereoisomerní směsí [(HOOC)2-(1,2-C2B9H10)2-3,3'-Co(III)]- a také jejich plnou charakterizaci pomocí NMR, MS a HPLC. Dále byly připraveny deriváty s různě dlouhým řetězcem se vzorcem [(1-HOOC-(CH2)n-1,2-C2B9H10)(1',2'-C2B9H10)-3,3'-Co(III)]- , které byly připraveny lithiací soli Cs1 v DME za nízké teploty následovaná reakcí s BrCH2COOEt a hydrolýzou vzniklého esteru anebo oxidací propylhydroxy derivátu. Tyto karboxylové kyseliny byly následně transformovány na reaktivní, p-nitrofenolátový ester [1-(1,4- NO2C6H4OOC-(CH2)n-1,2-C2B9H10)(1',2'-C2B9H10)-3,3'-Co(III)]- , který snadno reaguje s řadou aminů již za mírných podmínek a dává...
|
|
|
Vliv inhibitorů BSO, Lycorine a AIP na biosyntézu sekundárních metabolitů jednobuněčné řasy Scenedesmus quadricauda
Rankić, Ivan
Teoretický přehled shrnuje charakteristiku řas a jejich primární i sekundární metabolismus. Zabývá se také jednotlivými inhibitory syntézy kyseliny askorbové, glutationu a polyfenolických látek. Praktická část studuje vliv vybraných inhibitorů (BSO, Lyc, AIP) a CdCl2 na produkci sekundárních metabolitů a růst biomasy u zelené mikrořasy Scenedesmus quadricauda. Obsah sekundárních metabolitů (např. kyselina kávová, kyselina chlorogenová, kyselina salicylová, kyselina skořicová, kyselina p-kumarová) byl detekován pomocí HPLC-MS. Dále byla stanovena celková antioxidační kapacita, celkový obsah polyfenolů a flavonoidů spektrofotometrickou metodou. Všechny použité inhibitory redukovaly růst S. quadricauda v porovnání s kontrolními vzorky. Nejvýraznějšího inhibičního efektu bylo pozorováno ve vzorcích ošetřených Lyc + Cd po 7 dnech experimentu. Všechny ošetřené vzorky reagovaly na stresové faktory zmíněných koncentrací (inhibitory, Cd) změnou metabolických drah a inhibicí růstu. Důsledkem byly změny ve složení a množství vybraných sekundárních metabolitů oproti kontrolnímu vzorku. Zároveň ve většině případů došlo ke stimulaci biosyntézy polyfenolických a flavonoidních látek. Pravděpodobně došlo k narušení oxidačně redukční rovnováhy a vyvolání oxidačního stresu.
|
|
|
Syntéza 9-deazaguaninových derivátů jako potenciálních inhibitorů tRNA-guanin transglykosylázy (TGT)
Chylíková, Barbora ; Hocek, Michal (vedoucí práce) ; Smrček, Stanislav (oponent)
Shigelóza je akutní průjmové onemocnění, způsobené enterobakteriemi rodu Shigella. V celosvětovém měřítku jsou tyto bakterie zodpovědné za zhruba 1 milion úmrtí ze 165 milionu případů onemocnění ročně, z čehož jsou nejnáchylnější skupinou děti do 5 let pocházející z rozvojových zemí. Enzym tRNA-guanin transglykoláza (zkráceně TGT) byl identifikován jako esenciální pro účinnou patogenezi bakterií rodu Shigella, a proto se stává potenciálním cílem pro selektivní léčbu shigelózy. Tato bakalářská práce popisuje optimalizaci přípravy klíčového intermediátu pro syntézu potenciálních inhibitorů TGT založených na 8-aryl-9-deazaguaninové struktuře, jejichž syntéza vychází z komerčně dostupného 2,6-dichlor-9-deazapurinu. Hlavními kroky syntézy jsou hydrolýza v pozici 6, nukleofilní aromatická substituce chlorové skupiny za amino skupinu v pozici 2, dále jodace a napojení 3-thienylové skupiny na pozici 8 pomocí Suzukiho couplingu.
|
|
|
Synthesis of new carborane and metallacarborane bulding blocks appliable in design of biologically active compounds
Nekvinda, Jan ; Grüner, Bohumír (vedoucí práce) ; Janoušek, Zbyněk (oponent)
Sloučeniny s karboxylovou nebo amidickou funkční skupinou patří k základním stavebním blokům, které jsou využívány ke stavbě funkčních molekul v organické chemii, organometalice i chemii karboranů. Nicméně, aniont kobalt bis(dikarbolid)(1-) byl v těchto syntetických procesech až do nedávna nevyzkoušený. Publikovaná metoda založená na lithiaci v THF a reakci s CO2 vedoucí k mono- a disubstituovaným karboxylovým kyselinám se nám nepodařila zreprodukovat. Po zrevidování experimentálních podmínek jsme však dosáhli dobrých výtěžků směsi obou kyselin, které mohou být odděleny chromatograficky i krystalizací, se vzorcem [(1-HOOC-1,2-C2B9H10)(1',2'-C2B9H10)-3,3'-Co(III)]- a stereoisomerní směsí [(HOOC)2-(1,2-C2B9H10)2-3,3'-Co(III)]- a také jejich plnou charakterizaci pomocí NMR, MS a HPLC. Dále byly připraveny deriváty s různě dlouhým řetězcem se vzorcem [(1-HOOC-(CH2)n-1,2-C2B9H10)(1',2'-C2B9H10)-3,3'-Co(III)]- , které byly připraveny lithiací soli Cs1 v DME za nízké teploty následovaná reakcí s BrCH2COOEt a hydrolýzou vzniklého esteru anebo oxidací propylhydroxy derivátu. Tyto karboxylové kyseliny byly následně transformovány na reaktivní, p-nitrofenolátový ester [1-(1,4- NO2C6H4OOC-(CH2)n-1,2-C2B9H10)(1',2'-C2B9H10)-3,3'-Co(III)]- , který snadno reaguje s řadou aminů již za mírných podmínek a dává...
|
host ::
RSS.