|
|
Vyšetření polymorfismu genu ApoE
NOVOTNÁ, Tereza
Alzheimerova choroba (ACH) patří mezi nejčastější příčinu demencí na světě. Je udáváno, že tvoří zhruba 65-75 % všech demencí (Preiss, Přikrylová Kučerová, 2006). Termín Alzheimerova demence taktéž jako presenilní forma ACH se užívá u pacientů ve věku do 65 let (Seidl, 2015). Po 65. roce života se užívá termín senilní demence Alzheimerova typu (SDAT) a do 45 let je onemocnění vzácné (Seidl, Obenberger, 2004). Kauzální léčba této choroby neexistuje, protože etiopatogeneze onemocnění není zcela objasněna (Seidl, 2015). Cílem bakalářské práce bylo napsat odbornou rešerši na dané téma. Tomuto cíli je věnována teoretická část, ve které jsou shrnuty informace o neurodegenerativním onemocnění, demenci a Alzheimerově chorobě. Především jsou zde popsány příznaky, příčiny, fáze, léčba, diagnostika a genetické dispozice ACH. Důležitou součástí je i popsání polymerázové řetězové reakce (PCR) a reverzní hybridizaci na stripech. V praktické části bylo hlavním cílem zvládnutí molekulárně biologických metod. Pro dosažení cílů a získání optimálních výsledků jsem zvolila dvě metody. Kromě optimalizace metody PCR ARMS byla využita i reverzní hybridizace na stripech. Načež zmiňovaná druhá metoda byla provedena pomocí komerčně dodávaného kitu ApoE StripAssay? od firmy ViennaLab. V této části práce jsou popsané veškeré postupy, pomocí kterých jsem výsledků dosáhla. Molekulárně biologické metody jsem vykonávala v laboratoři na Zdravotně sociální fakultě Jihočeské univerzity v Českých Budějovicích.
|
|
|
Význam detekce polymorfismů v genech pro methylentetrahydrofolátreduktázu C667T (MTHFR C667T) a apolipoproteinu E (ApoE) v souvislosti s onemocněním osteoporózy
ŠILHOVÁ, Markéta
Osteoporóza je metabolické onemocnění skeletu, charakterizované změnami kostní tkáně, poruchou mechanické odolnosti kosti s rizikem vzniku zlomenin. Tomuto onemocnění podléhají pacienti ve věku nad 60 let, nevyhýbá se však ani mužům a ženám v pokročilých věkových skupinách. Postihuje především ženy po menopauze. Prevalence osteoporózy stále stoupá, touto nemocí trpí ve světě více než 200 milionů lidí, v České republice téměř milion osob. Osteoporóza se stala problémem nejen zdravotnickým, ale i ekonomickým. Tomuto onemocnění by se mělo více věnovat i z pohledu genetických rizikových faktorů. Cílem mé bakalářské práce bylo napsat odbornou rešerši na dané téma, shrnout poznatky o osteoporóze, věnovat pozornost diagnostice a genetickým dispozicím, věnovat se zejména genům ApoE a MTHFR677. Gen pro ApoE hraje silnou genetickou roli v kosterní homeostáze, přítomnost alely 4 genu pro apolipoprotein E představuje nejvyšší riziko pro vznik osteoporózy. Gen MTHFR677 je nejvíce spojován s kostní minerální denzitou na krčku stehenní kosti. V experimentální části bylo cílem praktické zvládnutí některých molekulárně biologických metod především izolace DNA z periferní krve, příprava a provedení PCR reakce, detekce PCR produktů pomocí gelové elektroforézy, vyšetření genu ApoE pomocí kitu MyTaq Red DNA Polymerase a 2x PCRBIO HS Taq Mix, vyšetření MTHFR pomocí kitu MyTaq Red DNA Polymerase. Princip detekce u ApoE je založen na ARMS PCR, u MTHFR677 je princip detekce založen na RFLP PCR. Veškeré metody jsem prováděla v genetické laboratoři GENLABS v Českých Budějovicích.
|
|
|
Využití metody RFLP PCR, PCR ARMS a reverzní hybridizace pro detekci nejčastějších trombofilních mutací v české populaci
MATĚJKOVÁ, Markéta
Pojem trombofilie začíná být v dnešní době velice aktuálním tématem. Jedná se o zvýšenou predispozici k tvorbě trombů a následné komplikace právě v důsledku zvýšeného srážení krve, které mohou být velmi vážné až smrtelné. Včasné stanovení trombofilních mutací pomůže pacientovi předejít mnoha rizikovým situacím (např. v případě operace, těhotenství). V dnešní době existuje nejméně 30 genetických laboratoří v České republice, které trombofilní mutace vyšetřují. Bohužel toto vyšetření je hrazeno pojišťovnou pouze u indikovaných případů podléhajícím přísným selekčním kritériím. Pokud má jedinec zájem o takové vyšetření a není indikován ošetřujícím lékařem, musí vyšetření hradit sám. Několik pojišťoven v rámci svých preventivních programů na tato vyšetření přispívají určitou finanční částkou, jedná se např. o Českou průmyslovou zdravotní pojišťovnu, Zdravotní pojišťovnu ministerstva vnitra ČR či Zdravotní pojišťovnu Revírní bratrskou pokladnu. Cílem mé bakalářské práce bylo praktické zvládnutí metody RFLP PCR, metody PCR ARMS a reverzní hybridizace na stripech pro detekci nejčastějších trombofilních mutací v české populaci a vypracování rešerše týkající se dané problematiky. V teoretické části své bakalářské práce se zaměřuji na popis jednotlivých nejvýznamnějších trombofilních mutací v české populaci a jejich rizika. Dále zde uvádím jednotlivé genetické metody, kterými se vybrané trombofilní mutace v genetických laboratořích vyšetřují. V praktické části uvádím vlastní výsledky, získané vyšetřením čtyř hlavních trombofilních mutací a polymorfismů. Jedná se o Leidenskou mutaci, mutaci protrombinového genu a polymorfismy MTHFR 1298 a MTHFR 677. Vyšetření jsem prováděla pomocí genetických metod RFLP-PCR, PCR ARMS a reverzní hybridizace na stripech. Veškeré metody jsem prováděla v genetické laboratoři GENLABS v Českých Budějovicích. K vyšetření jsem využila vzorky DNA získané ze své rodiny.
|
|
|
Detekce mutací spojovaných se zvýšeným výskytem nádorů prsu a vaječníků pomocí moderních metod molekulární biologie
RÁJOVÁ, Kristýna
Karcinom prsu a vaječníků je jedno z nejčastějších maligních onemocnění žen v České republice a incidence nových diagnóz má tendence stoupat. Odhaduje se, že v 5 10 % případů těchto nádorů je příčinou patogenní mutace ve vysoce penetrantních tumorsupresorových genech BRCA1 nebo BRCA2. Hlavní funkcí těchto genů jsou opravy zlomů dvouvláknové DNA, kontrola buněčného dělení a spolupodílejí se i na regulaci transkripce a remodelaci chromatinu. Cílem této práce bylo shrnutí současných poznatků na dané téma, genové mutace, funkce genů BRCA1 a BRCA 2 a jejich souvislost s hereditárním karcinomem prsu a vaječníků, přehled možných metod detekce těchto mutací a zvláště také shrnutí českých studií o zabývajících se výskytem mutací BRCA1 a BRCA2 na území České republiky od počátku jejich testování v rámci preventivní i diagnostické péče. To poukázalo na silný efekt zakladatelských mutací. Mezi nejčastěji nalézanými mutacemi v České republice byly mutace c.5266dupC, c.181T>G a c.3700_3704del5 v genu BRCA1 a c.7913_7917del5 a c.8537_8538del2 v genu BRCA2. V experimentální části práce jsem se pokusila optimalizovat metodu PCR ARMS pro detekci bodové mutace c.5266dupC v genu BRCA1. Tato mutace patří mezi nejčastěji se vyskytující mutace nejen v České republice, ale i v Evropě. Cílem bylo optimalizovat metodu PCR ARMS v podmínkách laboratoře GENLABS s.r.o. V rámci optimalizace šlo především o výběr vhodného PCR mixu a úpravu teplotního profilu PCR, při kterém bude kvalita i kvantita výtěžku vizualizovaná pomocí gelové elektroforézy dostatečná pro prokázání přítomnosti či nepřítomnosti mutace u pacienta. V této části práce bylo cílem i praktické zvládnutí izolace DNA z periferní krve a bukálního stěru, příprava a provedení PCR reakce a detekce PCR produktů pomocí gelové elektroforézy. Nakonec se nám podařilo metodu optimalizovat pro dvě různé matrice, pro izolát DNA a periferní krev. Pro bukální stěr se metodu podařilo optimalizovat pouze částečně. Při postupném zvyšování teploty annealingu začínající na teplotě 55 °C, jsme nejlepších výsledků dosáhli při teplotě 65,5 ° za použití kitu gb Basic PCR Master Mix od firmy Generi Biotech. Tato optimalizace může v budoucnu umožnit použití metody pro cílenou detekci mutace c.5266dupC v genu BRCA1 v rámci rutinní praxe v laboratoři.
|
host ::
RSS.