|
|
Library for Finite Automata and Transducers
Bieliková, Michaela ; Lengál, Ondřej (referee) ; Hruška, Martin (advisor)
Finite state automata are widely used in the field of computer science such as formal verification, system modelling, and natural language processing. However, the models representing the reality are complicated and can be defined upon big alphabets, or even infinite alphabets, and thus contain a lot of transitions. In these cases, using classical finite state automata is not very efficient. Symbolic automata are more concise by employing predicates as transition labels. Finite state transducers also have a wide range of application such as linguistics or formal verification. Symbolic transducers replace classic transition labels with two predicates, one for input symbols and one for output symbols. The goal of this thesis is to design a library for letter and symbolic automata and transducers which will be suitable for fast prototyping.
|
|
|
Bioinformatic Tool for Estimation of Abundances of Bacterial Functional Molecules in Biological Samples Based on 16S rRNA Metagenomic Data
Bieliková, Michaela ; Hon, Jiří (referee) ; Smatana, Stanislav (advisor)
Ľudské telo je prostredím pre život neuveriteľného množstva mikróbov. Niektoré z nich môžu spôsobovať rôzne choroby, ale ďalšie, napríklad črevný mikrobióm, sú pre život a zdravie človeka nepostrádateľné. Nanešťastie, črevný mikrobióm nie je detailne preštudovaný, pretože obsahuje tisíce rôznych druhov baktérií, z ktorých väčšina sa nedá kultivovať v laboratórnych podmienkach. Riešením tohto problému sú nové rýchle metódy sekvenovania v kombináciou s bioinformatickými nástrojmi na výpočet funkčného profilu baktérií vo vzorke. V tejto práci si predstavíme existujúce nástroje predpovedajúce funkčný profil, a následne navrhneme nový nástroj, ktorý môže implementovať konsenzus nad výsledkami existujúcich nástrojov, alebo sa môže jednať o úplne nový nástroj.
|
|
|
Bioinformatic Tool for Estimation of Abundances of Bacterial Functional Molecules in Biological Samples Based on 16S rRNA Metagenomic Data
Bieliková, Michaela ; Hon, Jiří (referee) ; Smatana, Stanislav (advisor)
Ľudské telo je prostredím pre život neuveriteľného množstva mikróbov. Niektoré z nich môžu spôsobovať rôzne choroby, ale ďalšie, napríklad črevný mikrobióm, sú pre život a zdravie človeka nepostrádateľné. Nanešťastie, črevný mikrobióm nie je detailne preštudovaný, pretože obsahuje tisíce rôznych druhov baktérií, z ktorých väčšina sa nedá kultivovať v laboratórnych podmienkach. Riešením tohto problému sú nové rýchle metódy sekvenovania v kombináciou s bioinformatickými nástrojmi na výpočet funkčného profilu baktérií vo vzorke. V tejto práci si predstavíme existujúce nástroje predpovedajúce funkčný profil, a následne navrhneme nový nástroj, ktorý môže implementovať konsenzus nad výsledkami existujúcich nástrojov, alebo sa môže jednať o úplne nový nástroj.
|
|
|
Library for Finite Automata and Transducers
Bieliková, Michaela ; Lengál, Ondřej (referee) ; Hruška, Martin (advisor)
Finite state automata are widely used in the field of computer science such as formal verification, system modelling, and natural language processing. However, the models representing the reality are complicated and can be defined upon big alphabets, or even infinite alphabets, and thus contain a lot of transitions. In these cases, using classical finite state automata is not very efficient. Symbolic automata are more concise by employing predicates as transition labels. Finite state transducers also have a wide range of application such as linguistics or formal verification. Symbolic transducers replace classic transition labels with two predicates, one for input symbols and one for output symbols. The goal of this thesis is to design a library for letter and symbolic automata and transducers which will be suitable for fast prototyping.
|
guest ::
RSS feed.