|
|
The role of alternative splicing in plants
Földi, Marek ; Klodová, Božena (advisor) ; Fischer, Lukáš (referee)
Alternative splicing is a mechanism of gene expression regulation that maintains, regulates, and creates genomic diversity and tissue specificity in plants. It involves the differential joining of exons in precursor mRNAs, leading to multiple mRNA isoforms from a single gene. The formation of these isoform variants and their subsequent translation leads to subfunctionalization of proteins, generating diversity in structure and function. Therefore, alternative splicing is often important in various biological processes in plants, such as development, stress response, immunity, and reproduction. Key types of alternative splicing events include intron retention, exon skipping, alternative 5'/3' splice sites, and mutually exclusive exons. Regulation of alternative splicing involves cis-regulatory elements and trans- acting protein factors such as serine/arginine-rich (SR) proteins and heterogeneous nuclear ribonucleoproteins (hnRNPs). This thesis aims to summarise the mechanisms and consequences of alternative splicing in plant development, including maturation of male and female gametophytes, meiosis, stress, and cell differentiation. It also describes methodological approaches that allow for a genome-wide study of alternative splicing, including microarrays, RNA-seq, and PCR. A better understanding of...
|
|
|
Quality assurance of RNA-Seq workflows with spike-ins controls
Drozd, Tomáš ; Turk, Andreas (referee) ; Mehnen, Lars (advisor)
Spike-in controls, jako je External RNA Controls Consortium (ERCC) nebo Spike-In RNA Variants (SIRV) od firmy Lexogen, se staly nezbytnými v odhadování technické variability. Protože SIRV E0 transcripty mají identickou koncentraci, jejich variabilita po sekvenaci lze použít k odvození technické variability z jednotlivých replikovaných vzorků. To je ekonomičtější než standardní přístup, který více replikovaných vzorků pro odhadování technické variability vyžaduje. Model DESeq, což je standardní nástroj pro analýzu rozdílné exprese genu, byl upraven na základě informací ze SIRV nebo ERCC pro odhad variability. Následně se odhadla pravděpodobnost změny na základě technické variability. Vysoká variabilita mezi SIRV transkripty byla zjištěna, což vedlo k jinému přístupu založenému na odhadu variability pro každý transkript samostatně. Tento inovativní přístup odhalil lepší výkon u datasetů, kde byla pro danou analýzu přítomna pouze technická variabilita pro určitý počet replikovaných vzorků pro danou fyziologickou skupinu (například nádorová a zdravá tkáň). Bylo pozorováno, že při zvýšení počtu vzorků vede k vyšší spolehlivosti pro odhad. Spike-ins, zejména SIRV, však zlepšil výkon analýzy než odhadu založeného na endogenních genech pro určitý počet replikovaných vzorků. Pro normalizaci technické variability je nutné provést další výzkum, aby bylo možné odhadnout významné změny v biologické variabilitě při sekvenaci RNA.
|
guest ::
