keywords:"alignment-free" - Search Results - Digital Repository

guest :: login Digital Repository
		Search		Submit		Help		About

Home > Search Results: keywords:"alignment-free"

Search:

Search Tips :: Advanced Search

Search collections:

Sort by:	Display results:	Output format:

	Methods for fast sequence comparison and identification in metagenomic data Kupková, Kristýna ; Škutková, Helena (referee) ; Sedlář, Karel (advisor) Předmětem této práce je vytvoření metody sloužící k identifikaci organismů z metagenomických dat. Doposud k tomuto účelu spolehlivě dostačovaly metody založené na zarovnání sekvencí s referenční databází. Množství dat ovšem s rozvojem sekvenačních technik rapidně roste a tyto metody se tak stávají díky své výpočetní náročnosti nevhodnými. V této diplomové práci je popsán postup nové techniky, která umožňuje klasifikaci metagenomických dat bez nutnosti zarovnání. Metoda spočívá v převedení sekvenovaných úseků na genomické signály ve formě fázových reprezentací, ze kterých jsou následně extrahovány vektory příznaků. Těmito příznaky jsou tři Hjorthovy deskriptory. Ty jsou dále vystaveny metodě maximalizace věrohodnosti směsi Gaussovských rozložení, která umožňuje spolehlivé roztřídění fragmentů podle jejich příslušnosti k organismu. Detailed record
	Alignment-free Methods for Classification of Metagenomic Data Vaněčková, Tereza Metagenomics studies microbial communities by analyzing their genomic content directly sequenced from the environment. In this contribution, alignment-free methods based on word frequency will be introduced. It has been proven, that these methods are effective in processing of short metagenomic sequence reads produced by Next-Generation Sequencing technologies. To evaluate the potential of word frequency based methods, the k-mer analysis was applied on simulated dataset of metagenomic sequence reads with length of 600 nucleotides. Then the data were enrolled for a hierarchical cluster analysis. Results have shown that the proposed method is able to cluster genome fragments of the same taxa. Detailed record
	Methods for fast sequence comparison and identification in metagenomic data Kupková, Kristýna ; Škutková, Helena (referee) ; Sedlář, Karel (advisor) Předmětem této práce je vytvoření metody sloužící k identifikaci organismů z metagenomických dat. Doposud k tomuto účelu spolehlivě dostačovaly metody založené na zarovnání sekvencí s referenční databází. Množství dat ovšem s rozvojem sekvenačních technik rapidně roste a tyto metody se tak stávají díky své výpočetní náročnosti nevhodnými. V této diplomové práci je popsán postup nové techniky, která umožňuje klasifikaci metagenomických dat bez nutnosti zarovnání. Metoda spočívá v převedení sekvenovaných úseků na genomické signály ve formě fázových reprezentací, ze kterých jsou následně extrahovány vektory příznaků. Těmito příznaky jsou tři Hjorthovy deskriptory. Ty jsou dále vystaveny metodě maximalizace věrohodnosti směsi Gaussovských rozložení, která umožňuje spolehlivé roztřídění fragmentů podle jejich příslušnosti k organismu. Detailed record

Interested in being notified about new results for this query?
Subscribe to the RSS feed.

Digital Repository :: :: :: ::
Powered by v1.1.2
Maintained by

This site is also available in the following languages:
Česky English