|
|
Genetická diverzita a fylogeneze Pisum fulvum Sibth. & Sm.
Trněný, Oldřich
Pisum fulvum Sibth. & Sm. je jeden ze tří druhů v rodu Pisum L., do kterého jsou též řazeny druhy Pisum sativum L. a Pisum abyssinicum A.Br. Společně s poddruhy P. sativum subsp. elatius M. Bieb. a P. sativum subsp. humile Boiss. et Noe. je řadíme do skupiny planých forem hrachu. P. fulvum patří svým vztahem ke kulturnímu hrachu P. sativum L. subsp. sativum. do jeho sekundárního genového poolu. Vzhledem k potenciálu využití P. fulvum jako donora genů zájmu v procesech obohacování genetické diverzity kulturního hrachu ho lze považovat za významný rostlinný druh, jehož biologická charakteristika by měla být v rámci možností doplněna. Druh P. fulvum se od zbytku vývojové linie rodu Pisum oddělil v období před 1,7 miliony let +/- 0,4 milionů let. V současné době je jeho výskyt omezen na východní část území Levanty, a i když se zde vyskytuje sympatricky s dalšími zástupci rodu Pisum, je druhem vyskytující se zde v největší míře. Třemi přístupy molekulární biologie DNA sekvenace jaderné oblasti ITS a chloroplastové oblasti trnSG, DArT-SeqTM a GenoPea 13.2K SNP je v této diplomové práci charakterizována genetická diverzita druhu P. fulvum. Sekvenace ITS oblasti u 149 položek vedla k identifikaci čtyř ribotypů, které byly dále analyzovány v biogeografických souvislostech. Na základě analýzy dat z celogenomové genotypizace DArT-SeqTM v porovnání s místy původu analyzovaných položek byly určeny tři skupiny (jižní, střední a severní), které můžeme pokládat za vnitrodruhové vývojové linie. V případě analýzy dat z GenoPea 13.2K SNP byl genotyp P. fulvum porovnán s genotypy ostatních planých forem hrachu a P. abyssinicum a byly identifikovány SNP spojené s genotypem P. fulvum. Analýzou kodominantních SNP dat a analýzou sekvencí trnSG byl také potvrzen u některých položek P. fulvum recentní genový tok se zástupci ostatních planých forem hrachu.
|
|
|
Studium genetické diverzity planého hrachu
Trněný, Oldřich
Rod hrách (Pisum) je rozdělen do tří druhů Pisum sativum, P. fulvum a P. abyssinicum, kdežto mezi plané formy řadíme P. sativum ssp. elatius, P. fulvum a P abyssinicum. Genetická diverzita planých druhů byla tvořena v průběhu evolučního vývoje v jejich přirozeném místě výskytu. Protože kulturní hrách je důležitá plodina, která byla v minulosti domestifikována právě z planých druhů rodu Pisum, je hodnota informací o struktuře genetické diverzity planých druhů vysoká, s ohledem na potenciální využití planých druhů jako donorů genů plasticity a rezistence při procesu šlechtění kulturního hrachu. Součástí této bakalářské práce je kromě souhrnu informací o planých druzích hrachu a o využití molekulárních markerů při studiu variability rostlin také studie genetické diverzity metodou RBIP (Retrotransposon Based Insert Polymorphysm) souboru 50 položek složeného z druhů P. abyssinicum a P. fulvum a získaných z genofondových kolekcí hrachu. Z tohoto souboru bylo dále vybráno 12 položek, na kterých byla provedena analýza DNA sekvenčních dat jaderné oblasti ITS a chloroplastových oblastí trnSG a matK. Výsledky všech provedených analýz v kontextu již dříve zjištěných informací nám znázornili genetickou diverzitu druhů P. fulvum a P. abyssinicum.
|
host ::
RSS.