|
|
Covalent geometry of nucleic acids
Schramlová, Barbora ; Černý, Jiří (vedoucí práce) ; Dohnálek, Jan (oponent)
V Abstrakt Nukleové kyseliny jsou látky, které hrají zásadní roli ve všech živých organismech. Uchovávají genetickou informaci a řídí proces syntézy bílkovin. Tyto makromolekulární látky jsou složené z řetězců nukleotidů. Podle typu cukru v nukleotidech rozlišujeme nukleové kyseliny na DNA (Deoxyribonukleová kyselina) a RNA (Ribonukleová kyselina). Nukleotidové sekvence také určují prostorové konformace nukleových kyselin. Na úrovni dinukleotidů jsou tyto konformace popsány tzv. třídami dinukleotidových konformerů - NtC. Pro studium nukleových kyselin je zásadní znát jejich prostorové uspořádání. Nejpoužívanější metoda pro jejich studování ve 3D prostoru je rentgenová krystalografie. Ta využívá interakce rentgenových paprsků s elektronovým oblakem atomů v krystalu. Výsledkem jsou krystalografická data, která dále prochází procesem tzv. rafinace a validace. Jedním z nejdůležitějších parametrů při rafinaci a validaci jsou stereochemické standardy. Jedná se o slovníky parametrů, které charakterizují konkrétní délky vazeb, úhly, torzní úhly, roviny a chiralitu. Tyto slovníky byly naposledy aktualizovány v roce 2020, ale i tak potřebují další upřesnění. Tato práce se proto zaměřuje na podrobnou charakteristiku a popis kovalentní geometrie nukleových kyselin. Cílem práce je zhodnocení nejnovějších...
|
|
| |
|
|
Study of DNA hydration by analysis of structural data from databases
Šrůtková, Alžběta ; Schneider, Bohdan (vedoucí práce) ; Hoksza, David (oponent)
Deoxyribonukleové kyseliny hrají zásadní roli v živých organismech tím, že ukládají genetickou informaci. Proces přenosu, translace a transkripce genetické informace je prováděn molekulami, většinou proteiny, které způsobují ohyb a lokální deformaci vázané DNA. Tyto interakce spolu s nukleotidovou sekvencí formují DNA do různých konformací. Popis a klasifikace lokální strukturní diverzity DNA na úrovni dinukleotidů je poskytován tzv. třídami dinukleotidových konformerů, NtC. Klasifikační systém NtC vytvořený pro popis lokálních konformací nukleových kyselin se skládá z 97 tříd NtC. V této práci diskutujeme 44 tříd důležitých pro popis DNA konformací. Všechny biomolekuly, včetně DNA, jsou silně hydratované. První hydratační vrstva kolem DNA je z velké části lokalizována. Struktura této hydratační vrstvy závisí na sekvenci a konformaci analyzované biomolekuly. Strukturální klasifikace DNA do tříd NtC umožňuje specifické studium první hydratační vrstvy s dostatečnou sekvenční a strukturní granularitou. Na základě údajů dostupných ve strukturních databázích jsme studovali hydrataci dvoušroubovicových tetranukleotidových fragmentů ve třech biologicky nejdůležitějších konformačních třídách DNA: BI forma (NtC třída BB00), A forma (NtC třída AA00) a BII forma (NtC třída BB07).
|
host ::
RSS.