|
|
Mikrokalorimetrie jako methoda studia interakcí proteinu s ligandy
Durčák, Jindřich ; Konvalinka, Jan (vedoucí práce) ; Vaněk, Ondřej (oponent)
Interakce proteinů s vazebnými partnery se vyskytují u všech živých organismů, takřka u každého buněčného procesu. Studium proteinových interakcí proto tvoří významnou část biochemického výzkumu. Ukazuje se, že ještě cennější, než získání rovnovážných konstant těchto dějů, je určení hodnot jednotlivých energetických složek, tedy změn enthalpie a entropie. Pro termodynamickou analýzu vzniku komplexu vazebných partnerů, tedy pro určení hodnot změn entropie a enthalpie, lze využít isothermální titrační kalorimetrii (ITC). Mikrokalorimetrie se tak stává důležitou optimalizační technikou při vývoji nových léčiv, například protivirových látek. Přestože je virus HIV známý přes 30 let, intenzivní výzkum nepřinesl ani vakcínu ani lék, který by trvale vyléčil pacienty. Bylo schváleno již 26 léků, z nichž většina cílí virové enzymy reversní transkriptasu a proteasu. Antiretrovirální léčba brání množení HIV a udržuje v chodu imunitní systém, avšak dlouhodobé užívání vede k resistenci vůči farmakům, která je způsobena mutacemi v cílových proteinech. Jeden z poměrně nových cílů terapeutického zásahu je formování kapsidy při vzniku nových virionů. Při skládání kapsidy dochází k mnoha protein - proteinovým interakcím, které jsou nezbytné při tvorbě infekčních virových částic. Jako účinný inhibitor skládání kapsidy...
|
|
|
Expression and characterization of recombinant capsid protein from HIV and its mutants: towards inhibition of virus assembly
Sivá, Monika ; Konvalinka, Jan (vedoucí práce) ; Maloy Řezáčová, Pavlína (oponent)
Virus HIV je pro svět hrozbou již třicet let. Způsobuje syndrom získaného selhání imunity (AIDS), při kterém je infikovaný jedinec náchylný k nádorovým onemocněním a život ohrožujícím infekcím. Součástí kombinované antiretrovirové terapie je mnoho léčiv potlačujících množení viru HIV. Ta však pouze zpomalují průběh onemocnění. Protože zatím nebyla objevena žádná dostatečně efektivní léčba, odborníci neustále hledají nové cíle terapeutického zásahu včetně možnosti virus z těla zcela vymýtit. Díky svým multimerizačním vlastnostem je kapsidový protein HIV potenciálním cílem pro inhibici skládání infekční virové částice. N-terminální doména šesti kapsidových proteinů vytváří hexamery a pentametry. Díky proteinové krystalografii a na základě NMR měření víme, že jsou k sobě vázané dimery C-terminální domény. Existují inhibitory, které se vážou na C-terminální doménu, pozměňují její konformaci a mohou tak ovlivnit protein-proteinové interakce dimeru. Tento efekt lze popsat několika metodami, například proteinovou mikrokalorimetrií. Rekombinantní kapsidový protein tzv. divokého typu a jeho C-terminální doména, jež oba dimerují v roztocích i krystalech, byly připravené v bakteriích a dále vyčištěny. Jejich dimerizační konstanta byla změřená izotermální titrační kalorimetrií. Rekombinantní kapsidový protein a jeho...
|
host ::
RSS.