|
|
Spliceosome assembly
Hausnerová, Viola ; Staněk, David (vedoucí práce) ; Chalupníková, Kateřina (oponent)
Introny jsou vystřiženy z eukaryotických transkriptů a exony jsou spojeny dohromady během procesu zvaného sestřih pre-mRNA. Sestřih je katalyzován sestřihovým komplexem. Jedná se o velký ribonukleoproteinový komplex složený z pěti malých jaderných RNA a více než stovky proteinů. Tento komplex rozpoznává 5' sestřihové místo, místo větvení a 3' sestřihové místo a následně provádí dvě transesterifikační reakce, jejichž výsledkem je zralá molekula mRNA. V rámci časného sestřihového komplexu je 5' sestřihové místo definováno pomocí U1 snRNP a na rozpoznání místa větvení a 3' sestřihového místa se podílí U2 pomocný faktor (U2 auxiliary factor, U2AF). Spolupráce sestřihových míst byla částečně popsána in vitro, ale situace in vivo není dosud zcela objasněna. V této studii jsme použili fluorescenční rezonanční energetický transfer (Fluorescence resonance energy transfer, FRET) a RNA imunoprecipitaci (RIP) k popsání časných kroků skládání sestřihového komplexu. Abychom detekovali interakce proteinů na RNA molekule přímo v buněčném jádře, uplatnili jsme sestřihové reportéry kódující -globinový gen a vlásenky z fága MS2. Výsledky FRETu ukazují, že intaktní 5' sestřihové místo je vyžadováno pro vazbu U2AF35 na 3' sestřihové místo a že vazba U1C je částečně omezena v přítomnosti mutace 3' sestřihového místa. Dále jsme...
|
|
|
The role of coilin in snRNP quality control
Kuzmenko, Darya ; Staněk, David (vedoucí práce) ; Abrhámová, Kateřina (oponent)
Savčí geny jsou transkribovány ve formě prekurzorů - pre-mRNA. Obsahují kódující sekvence (exony) a nekódující sekvence (introny). Sestřih, proces odstranění intronů a spojení exonů za účelem vytvoření zralé mRNA, se provádí pomocí spliceosomu. Spliceosom se skládá z pěti malých jaderných ribonukleoproteinových (snRNP) částic a četných asociovaných proteinů. Jeho skládání je složitým procesem, kterého se účastní specifický jaderný subkompartment, Cajalovo tělísko (CB). V této práci zkoumáme funkci CB scaffoldového proteinu, coilinu, při kontrole kvality snRNP v HeLa buňkách. Sekvestrace nehotových snRNP částic v buňkách bez coilinu je analyzována pomocí fluorescenční in situ hybridizace. Ukazujeme, že buňky bez coilinu nejsou schopny nehotové snRNP částice zachytit. Dále, poskytujeme důkazy, že nepřítomnost coilinu nezvyšuje citlivost HeLa buněk vůči defektům ve zrání snRNP částic z hlediska buněčné proliferace. Navíc, nedostatek coilinu nevede k významným změnám hladin U4, U5 nebo U6 snRNA. Proto se coilin, a tudíž ani Cajalova tělíska, nestávají nezbytnými v podmínkách defektní biogeneze snRNP částic.
|
|
|
Spliceosome assembly
Hausnerová, Viola ; Staněk, David (vedoucí práce) ; Chalupníková, Kateřina (oponent)
Introny jsou vystřiženy z eukaryotických transkriptů a exony jsou spojeny dohromady během procesu zvaného sestřih pre-mRNA. Sestřih je katalyzován sestřihovým komplexem. Jedná se o velký ribonukleoproteinový komplex složený z pěti malých jaderných RNA a více než stovky proteinů. Tento komplex rozpoznává 5' sestřihové místo, místo větvení a 3' sestřihové místo a následně provádí dvě transesterifikační reakce, jejichž výsledkem je zralá molekula mRNA. V rámci časného sestřihového komplexu je 5' sestřihové místo definováno pomocí U1 snRNP a na rozpoznání místa větvení a 3' sestřihového místa se podílí U2 pomocný faktor (U2 auxiliary factor, U2AF). Spolupráce sestřihových míst byla částečně popsána in vitro, ale situace in vivo není dosud zcela objasněna. V této studii jsme použili fluorescenční rezonanční energetický transfer (Fluorescence resonance energy transfer, FRET) a RNA imunoprecipitaci (RIP) k popsání časných kroků skládání sestřihového komplexu. Abychom detekovali interakce proteinů na RNA molekule přímo v buněčném jádře, uplatnili jsme sestřihové reportéry kódující -globinový gen a vlásenky z fága MS2. Výsledky FRETu ukazují, že intaktní 5' sestřihové místo je vyžadováno pro vazbu U2AF35 na 3' sestřihové místo a že vazba U1C je částečně omezena v přítomnosti mutace 3' sestřihového místa. Dále jsme...
|
host ::
RSS.