|
|
Peak identification from ChIP-nexus data.
Drahoňovská, Lucie ; Převorovský, Martin (vedoucí práce) ; Gahurová, Lenka (oponent)
Proteiny hrají v živých organismech velice důležitou roli. Zastávají například funkce strukturní, transportní, regulační či katalytické. To, které geny se budou exprimovat a kterým proteinům to dá vzniknout a v jakém množství může mít zásadní vliv na funkci, či dokonce zdraví celého organismu. Regulaci genové exprese mají mimo jiné na starosti transkripční faktory, které tedy svou aktivitou způsobit řadu nemocí, či poruch (Latchman 1997). Jejich studium je tedy velice důležité. K tomuto účelu bylo vyvinuto několik technologií, jako je ChIP-chip, ChIP-seq, ChIP-exo a ChIP-nexus, které nám umožňují s větší či menší přesností zkoumat vazebná místa transkripčních faktorů a dalších DNA vazebných proteinů. V této práci se budu věnovat výše zmíněným technologiím a peak callerům, tedy softwarům využívaným k analýze dat získaných těmito metodami. Také se na nich pokusím provést peak calling ChIP-nexus dat proteinu Cbf11 a porovnat jejich výsledky.
|
host ::
RSS.