|
|
Vymezení druhových hranic v sekci Candidi rodu Aspergillus
Glässnerová, Kateřina ; Hubka, Vít (vedoucí práce) ; Caboň, Miroslav (oponent)
Aspergillus sekce Candidi zahrnuje bíle nebo žlutě sporulující druhy izolované většinou z vnitřního prostředí budov, jeskynního prostředí, půdy, potravin, krmiv, klinického materiálu a trusu. Identifikace zástupců této sekce není jednoduchá, protože jsou si morfologicky velmi podobní. Tato práce si klade za cíl provést revizi druhových hranic v sekci Candidi a předložit přehled všech akceptovaných druhů společně s informacemi o jejich ekologii. Do práce bylo zahrnuto celkem 113 kmenů izolovaných na různých kontinentech a z různých substrátů. Základem pro molekulární analýzy byly DNA sekvence genu pro β-tubulin (benA), kalmodulin (CaM) a velkou podjednotku RNA polymerázy II (RPB2). Pro fylogenetické vymezení druhů byly použity metody založené na modelu mnohadruhové koalescence, jejichž výsledky byly porovnány s klasickými fylogenetickými metodami a přístupem GCPSR (genealogical concordance phylogenetic species recognition) a také s fenotypovými znaky. Analýza fenotypu zahrnovala porovnání makromorfologie na čtyřech kultivačních médiích, růstových parametrů při teplotách od 10 do 45 řC a sedmi mikromorfologických znaků. Pro výsledné rozhodnutí o druhových hranicích byl definován integrativní přístup sestávající ze čtyř kritérií, na jehož základě bylo podpořeno sedm stávajícíh a dva dosud nepopsané...
|
|
|
Objasnění druhových hranic v sekci Restricti rodu Aspergillus na základě multigenové fylogeneze a analýzy fenotypu
Sklenář, František ; Hubka, Vít (vedoucí práce) ; Janko, Karel (oponent)
Sekce Restricti je jednou z posledních sekcí rodu Aspergillus, která dosud nebyla revidována v moderní taxonomické éře. Jedná se o osmofilní druhy s jednoduchou morfologií, jejichž hlavní význam spočívá ve znehodnocování potravin, krmiva a osiva, navíc některé druhy negativně ovlivňují vnitřní ovzduší budov. Při poslední taxonomické revizi z roku 2008 založené pouze na molekulárně genetických datech zahrnovala sekce sedm druhů. V této práci bylo studováno celkem 126 izolátů této sekce, pocházejících ze čtyř kontinentů, včetně ex- typových kmenů. Revize sekce byla provedena přístupem kombinujícím molekulárně fylogenetické analýzy s tradičními taxonomickými metodami. Pro rekonstrukci fylogeneze byly využity moderní metody vymezení druhů založené na modelu mnohodruhové koalescence (multispecies coalescent model). Z tradičních metod byla zahrnuta analýza morfologie (makro- a mikromorfologie, včetně skenovací elektronové mikroskopie) a fyziologie (růst v osmotickém gradientu při několika kultivačních teplotách). Kromě sedmi popsaných druhů bylo analýzou odhaleno osm nových, dosud nepopsaných druhů. Nejvíce nových druhů bylo nalezeno v rámci komplexu Aspergillus penicillioides. Klíčová slova: Aspergillus restrictus, osmofilní houby, delimitace druhů, model mnohodruhové koalescence, multigenová...
|
|
|
Diverzita a taxonomie zástupců rodu Geastrum ve Střední Americe
Zehnálek, Petr ; Koukol, Ondřej (vedoucí práce) ; Tomšovský, Michal (oponent)
V temperátním pásu, zejména pak v Evropě a Severní Americe, představuje rod Geastrum velmi dobře prozkoumanou skupinu břichatkovitých hub s dlouhodobou a obsáhlou historií studia. Naše znalost diverzity zástupců z jiných oblastí rozšíření, především tropů, je však dosti omezená. Cílem předkládané diplomové práce je přispět k poznání diverzity tohoto rodu v Panamě, Kostarice a Kolumbii. Během tří výjezdů do Panamy (provincie Chiriquí) jsem v letech 2015, 2016 a 2017 získal celkem 86 vlastních sběrů náležejících do rodu Geastrum. Tyto jsem charakterizoval na základě morfologických i molekulárních dat. Morfologickému studiu jsem rovněž podrobil 40 zapůjčených herbářových položek z Kostariky, Kolumbie i Panamy. Úspěšně jsem u vlastních sběrů osekvenoval čtyři lokusy DNA (ITS, LSU, RPB1 a ATP6). U herbářových položek byla úspěšnost metody nízká kvůli časté kontaminaci, stáří položky či pravděpodobně špatnému uchovávání položek. Molekulárně fylogenetická analýza byla provedena Bayesovskou metodou a v souladu s morfologickými znaky ukázala řadu linií nových pro Panamu a nejméně čtyři nové druhy pro vědu. Variabilita v druhových komplexech (např. G. lageniforme, G. saccatum, G. velutinum) je podrobněji rozebrána s důrazem na linie zaznamené ve vymezené oblasti. Pro Panamu jsem na základě morfologických...
|
|
|
Objasnění druhových hranic v sekci Restricti rodu Aspergillus na základě multigenové fylogeneze a analýzy fenotypu
Sklenář, František ; Hubka, Vít (vedoucí práce) ; Janko, Karel (oponent)
Sekce Restricti je jednou z posledních sekcí rodu Aspergillus, která dosud nebyla revidována v moderní taxonomické éře. Jedná se o osmofilní druhy s jednoduchou morfologií, jejichž hlavní význam spočívá ve znehodnocování potravin, krmiva a osiva, navíc některé druhy negativně ovlivňují vnitřní ovzduší budov. Při poslední taxonomické revizi z roku 2008 založené pouze na molekulárně genetických datech zahrnovala sekce sedm druhů. V této práci bylo studováno celkem 126 izolátů této sekce, pocházejících ze čtyř kontinentů, včetně ex- typových kmenů. Revize sekce byla provedena přístupem kombinujícím molekulárně fylogenetické analýzy s tradičními taxonomickými metodami. Pro rekonstrukci fylogeneze byly využity moderní metody vymezení druhů založené na modelu mnohodruhové koalescence (multispecies coalescent model). Z tradičních metod byla zahrnuta analýza morfologie (makro- a mikromorfologie, včetně skenovací elektronové mikroskopie) a fyziologie (růst v osmotickém gradientu při několika kultivačních teplotách). Kromě sedmi popsaných druhů bylo analýzou odhaleno osm nových, dosud nepopsaných druhů. Nejvíce nových druhů bylo nalezeno v rámci komplexu Aspergillus penicillioides. Klíčová slova: Aspergillus restrictus, osmofilní houby, delimitace druhů, model mnohodruhové koalescence, multigenová...
|
host ::
RSS.