|
|
Modification of Pivot Tables method for persistent metric indexing
Moško, Juraj ; Skopal, Tomáš (vedoucí práce) ; Hoksza, David (oponent)
Metrická prístupová metóda pivot tables je jedna z najefektívnejších metód podobnostného vyhľadávania optimalizovaná na počet výpočtov vzdialeností medzi indexovanými objektmi. V tejto práci bola navrhnutá modifikácia metódy pivot tables, ktorá je navyše optimalizovaná aj na počet I/O operácií. Navrhnutá metóda Clustered pivot tables indexuje zhluky podobných objektov, ktoré boli vytvorené pomocou ďalšej metrickej prístupovej metódy - M-stromu. Indexovanie zhlukov podobných objektov prináša pozitívny efekt do vyhľadávania v indexovanej databáze, keď objekty z jedného zhluku sú uložené v stránke v sekundárnej pamäti, ktorá nemusí byť vôbec načítaná, ak daný zhluk dát neodpovedá príslušnému dotazu. Nerelevantné objekty tak nie sú zbytočne načítané zo sekundárnej pamäti, čím sa znižuje počet I/O operácií a celkový objem prenesených dát. Korektnosť daného prístupu bola experimentálne dokázaná a výsledky navrhovanej metódy bola porovnané s vybranými metrickými prístupovými metódami.
|
|
|
Similarity Search in Protein Structure Databases
Galgonek, Jakub ; Skopal, Tomáš (vedoucí práce) ; Porto, Markus (oponent) ; Svozil, Daniel (oponent)
Proteiny patří mezi nejdůležitějších biopolymery, nebot' v organismu zastáva- jí nejrůznější životně důležité funkce. Jejich funkční rozmanitost je umožněna především jejich velkou strukturní rozmanitostí. Navíc se ukazuje, že proteiny sdílející podobnou strukturu sdílí také jiné vlastnosti (např. funkci, evoluční původ, atd.). Proto je studiu proteinových struktur a možnosti identifikovat podobné struktury věnována taková pozornost. V této práci představujeme systém umožňující podobnostní vyhledávání v databázích proteinových struktur. Tento systém, pro danou dotazovou struk- turu, vyhledá v databáze ty struktury, které jsou dotazu strukturně podobné. Systém se skládá z několika klíčových částí. Byla navržena vlastní podob- nostní míra umožňující měřit podobnost mezi dvojicí proteinových struk- tur. Speciálně pro tuto míru byla vytvořena přístupová metoda založená na metrické přístupové metodě LAESA. Přístupová metoda umožňuje hle- dat podobné struktury mnohem rychleji, než by to bylo možné sekvenčním procházením databáze. Pro dosažení dalšího urychlení byly obě části parale- lizovány, přičemž se podařilo dosáhnout téměř lineárního zrychlení. Poslední částí je...
|
|
|
Similarity Search in Protein Structure Databases
Galgonek, Jakub
Proteiny patří mezi nejdůležitějších biopolymery, nebot' v organismu zastáva- jí nejrůznější životně důležité funkce. Jejich funkční rozmanitost je umožněna především jejich velkou strukturní rozmanitostí. Navíc se ukazuje, že proteiny sdílející podobnou strukturu sdílí také jiné vlastnosti (např. funkci, evoluční původ, atd.). Proto je studiu proteinových struktur a možnosti identifikovat podobné struktury věnována taková pozornost. V této práci představujeme systém umožňující podobnostní vyhledávání v databázích proteinových struktur. Tento systém, pro danou dotazovou struk- turu, vyhledá v databáze ty struktury, které jsou dotazu strukturně podobné. Systém se skládá z několika klíčových částí. Byla navržena vlastní podob- nostní míra umožňující měřit podobnost mezi dvojicí proteinových struk- tur. Speciálně pro tuto míru byla vytvořena přístupová metoda založená na metrické přístupové metodě LAESA. Přístupová metoda umožňuje hle- dat podobné struktury mnohem rychleji, než by to bylo možné sekvenčním procházením databáze. Pro dosažení dalšího urychlení byly obě části parale- lizovány, přičemž se podařilo dosáhnout téměř lineárního zrychlení. Poslední částí je...
|
|
|
Similarity Search in Protein Structure Databases
Galgonek, Jakub
Proteiny patří mezi nejdůležitějších biopolymery, nebot' v organismu zastáva- jí nejrůznější životně důležité funkce. Jejich funkční rozmanitost je umožněna především jejich velkou strukturní rozmanitostí. Navíc se ukazuje, že proteiny sdílející podobnou strukturu sdílí také jiné vlastnosti (např. funkci, evoluční původ, atd.). Proto je studiu proteinových struktur a možnosti identifikovat podobné struktury věnována taková pozornost. V této práci představujeme systém umožňující podobnostní vyhledávání v databázích proteinových struktur. Tento systém, pro danou dotazovou struk- turu, vyhledá v databáze ty struktury, které jsou dotazu strukturně podobné. Systém se skládá z několika klíčových částí. Byla navržena vlastní podob- nostní míra umožňující měřit podobnost mezi dvojicí proteinových struk- tur. Speciálně pro tuto míru byla vytvořena přístupová metoda založená na metrické přístupové metodě LAESA. Přístupová metoda umožňuje hle- dat podobné struktury mnohem rychleji, než by to bylo možné sekvenčním procházením databáze. Pro dosažení dalšího urychlení byly obě části parale- lizovány, přičemž se podařilo dosáhnout téměř lineárního zrychlení. Poslední částí je...
|
|
|
Similarity Search in Protein Structure Databases
Galgonek, Jakub ; Skopal, Tomáš (vedoucí práce) ; Porto, Markus (oponent) ; Svozil, Daniel (oponent)
Proteiny patří mezi nejdůležitějších biopolymery, nebot' v organismu zastáva- jí nejrůznější životně důležité funkce. Jejich funkční rozmanitost je umožněna především jejich velkou strukturní rozmanitostí. Navíc se ukazuje, že proteiny sdílející podobnou strukturu sdílí také jiné vlastnosti (např. funkci, evoluční původ, atd.). Proto je studiu proteinových struktur a možnosti identifikovat podobné struktury věnována taková pozornost. V této práci představujeme systém umožňující podobnostní vyhledávání v databázích proteinových struktur. Tento systém, pro danou dotazovou struk- turu, vyhledá v databáze ty struktury, které jsou dotazu strukturně podobné. Systém se skládá z několika klíčových částí. Byla navržena vlastní podob- nostní míra umožňující měřit podobnost mezi dvojicí proteinových struk- tur. Speciálně pro tuto míru byla vytvořena přístupová metoda založená na metrické přístupové metodě LAESA. Přístupová metoda umožňuje hle- dat podobné struktury mnohem rychleji, než by to bylo možné sekvenčním procházením databáze. Pro dosažení dalšího urychlení byly obě části parale- lizovány, přičemž se podařilo dosáhnout téměř lineárního zrychlení. Poslední částí je...
|
|
|
Modification of Pivot Tables method for persistent metric indexing
Moško, Juraj ; Skopal, Tomáš (vedoucí práce) ; Hoksza, David (oponent)
Metrická prístupová metóda pivot tables je jedna z najefektívnejších metód podobnostného vyhľadávania optimalizovaná na počet výpočtov vzdialeností medzi indexovanými objektmi. V tejto práci bola navrhnutá modifikácia metódy pivot tables, ktorá je navyše optimalizovaná aj na počet I/O operácií. Navrhnutá metóda Clustered pivot tables indexuje zhluky podobných objektov, ktoré boli vytvorené pomocou ďalšej metrickej prístupovej metódy - M-stromu. Indexovanie zhlukov podobných objektov prináša pozitívny efekt do vyhľadávania v indexovanej databáze, keď objekty z jedného zhluku sú uložené v stránke v sekundárnej pamäti, ktorá nemusí byť vôbec načítaná, ak daný zhluk dát neodpovedá príslušnému dotazu. Nerelevantné objekty tak nie sú zbytočne načítané zo sekundárnej pamäti, čím sa znižuje počet I/O operácií a celkový objem prenesených dát. Korektnosť daného prístupu bola experimentálne dokázaná a výsledky navrhovanej metódy bola porovnané s vybranými metrickými prístupovými metódami.
|
host ::
RSS.