|
|
Detekce variability cpDNA u rostlin
Valová, Radmila
Tato diplomová práce se zabývá detekcí variability dané oblasti chloroplastové DNA. Vybraná oblast chloroplastové DNA matK je porovnávána mezi dvěma rody Aloe a Ruschia jako zástupci dvou vývojových linií jednoděložných a vyšších dvouděložných rostlin. CpDNA je hojně využívána pro fylogenetické studie, díky vysoké variabilitě. Z rodu Aloe bylo pro analýzu využito 92 zástupců a z rodu Ruschia 106 zástupců. Oba tyto rody se převážně vyskytují v jižní Africe, hlavně v oblasti Kapska. První část práce byla zaměřena na charakteristiku vybraných rodů a popisu použitých metod při analýze. V analýze byla provedena izolace DNA zástupců obou rodů, PCR, purifikace a následné sekvenování. Získané sekvence byly vyhodnocovány pomocí dostupných softwarů a následně byly vytvořeny fylogenetické stromy vybraných zástupců obou rodů. Fylogenetické stromy byly vytvořeny pomocí metody Maximum likelihood. Zásadním výsledkem, bylo zjištění variability v rámci vybraných rodů a mezi nimi na základě konsenzuálních sekvencí.
|
|
|
Molekulární fylogeneze a genetická diverzita krytosemenných rostlin
Sobotková, Julie
Práce se zabývá molekulární analýzou jaderné oblasti ITS a chloroplastových oblastí matK a rbcL studované skupiny rostlin. Do experimentu byli zahrnuti zástupci čeledi Microteacae. Tato čeleď byla stanovena samostatnou v roce 2016 a náleží do řádu Caryophyllales. Z herbářových položek byla izolována DNA a následně byly pomocí PCR amplifikovány sledované oblasti. Automatickým sekvenováním byly získány výsledné sekvence, které byly poté editovány a statisticky vyhodnoceny. Ze získaných hodnot byla stanovena nejvariabilnější oblast ITS. Posledním krokem byla konstrukce fylogenetických stromů s využitím sekvencí všech oblastí. Bylo zjištěno, že rod Microtea je monofyletický a tvoří ho dvě vývojové linie (klady).
|
|
|
The evolution of Elettariopsis (Zingiberaceae)
Hlavatá, Kristýna ; Fér, Tomáš (vedoucí práce) ; Dančák, Martin (oponent)
Tato práce si klade za cíl podat komplexní vhled do problematiky rodu Elettariopsis Baker, posledního nerevidovaného rodu v podčeledi Alpinioideae (Zingiberaceae). Na sekvenčních datech z úseků ITS, matK, a DCS jsou provedeny fylogenetické analýzy, které jsou korelovány s absolutní velikostí genomu a biogeografickým rozložením vzorků. Z výsledků je zřetelné, že Elettariopsis jakožto rod je jen slabě podpořen a silně podpořen je pouze po spojení s některými druhy rodu Amomum Roxb., včetně typového druhu A. subulatum. Absolutní velikost genomu je v této skupině větší, než v mimoskupině (outgroup) tvořené zástupci podčeledi Zingiberoideae. Ze sekvenčních dat dále vyplývá, že Elettariopsis je rozdělen do dvou silně podpořených skupin, skupiny F a skupiny G, z nichž každá zahrnuje několik silně podpořených skupin. Z analýzy absolutní velikosti genomu se ukazuje, že absolutní velikost genomu je vyšší ve skupině Fnež ve skupině G. Tyto dvě skupiny se rovněž liší svým biogeografickým rozložením; skupina "E. triloba/E. unifolia" se vyskytuje pouze ve Vietnamu, Laosu a Thajsku, zatímco zástupci skupiny "E. curtisii" se vyskytují rovněž v Singapuru a v Indonésii (na Borneu). Klíčová slova: Zingiberaceae, Elettariopsis, jihovýchodní Asie, ITS, matK, DCS, absolutní velikost genomu
|
|
|
Využití molekulárních markerů pro studium genetické diverzity u vybraných zástupců Dracaena
Ostrá, Zuzana
Pomocí molekulárních markerů lze relativně snadno detekovat variabilitu v genetické informaci, kterou sledovaní jedinci nesou ve své DNA. V této práci byly v rámci rodu Dracaena studovány relativně více příbuzné druhy. Pro studium genetické diverzity u rostlin byly použity převážně nekódující oblasti cpDNA, spacer trnH -- psbA, regiony trnL -- trnF a trnS -- trnG -- trnG, které jsou variabilnější než oblasti kódující. Dále zde byly použity markery pro kódující oblasti matK a rbcL. Do rodu Dracaena patří xerofytické druhy, které se vyznačují svým typickým tvarem koruny stromu. V diplomové práci bylo použito 14 zástupců druhů rostoucích v tropických oblastech afrického kontinentu a přilehlých ostrovech a jihovýchodní části Arabského poloostrova. Jsou zajímavé tím, že to jsou jednoděložné stromy s netypickou vlastností druhotného tloustnutí kmene. Kmen je masivní a pevný a je možné jej potenciálně dřevařsky využít. Stromy jsou také velmi významné kvůli jejich červené pryskyřičné míze, která vytéká z poškozeného kmene. Pryskyřice je velmi cennou surovinou, která našla své uplatnění v mnoha oblastech (farmacii, tradičním lékařství, barvivech apod.) Stanovení genetické příbuznosti bylo provedeno metodou PCR, na základě amplifikace templátové cpDNA jednotlivých vzorků dračinců s primery pro studované oblasti. Po následném sekvenování byla získaná data vyhodnocena pomocí programů Multiple alignment ClustalX a Bioedit a použita k vytvoření dendrogramů příbuznosti. Podle výsledného fylogenetického stromu byla zjištěna vzájemná podobnost sledovaných druhů rodu Dracaena a vyhodnocena jejich příbuznost. Smyslem výzkumu bylo získání odpovědí k vysvětlení fylogenetických vztahů skupiny lesnicky využitelných stromů. Práce byla řešena v rámci spolupráce s Ústavem lesnické botaniky, dendrologie a geobiocenologie, Lesnické a dřevařské fakulty Mendelovy univerzity v Brně.
|
|
|
Studium genetické diverzity planého hrachu
Trněný, Oldřich
Rod hrách (Pisum) je rozdělen do tří druhů Pisum sativum, P. fulvum a P. abyssinicum, kdežto mezi plané formy řadíme P. sativum ssp. elatius, P. fulvum a P abyssinicum. Genetická diverzita planých druhů byla tvořena v průběhu evolučního vývoje v jejich přirozeném místě výskytu. Protože kulturní hrách je důležitá plodina, která byla v minulosti domestifikována právě z planých druhů rodu Pisum, je hodnota informací o struktuře genetické diverzity planých druhů vysoká, s ohledem na potenciální využití planých druhů jako donorů genů plasticity a rezistence při procesu šlechtění kulturního hrachu. Součástí této bakalářské práce je kromě souhrnu informací o planých druzích hrachu a o využití molekulárních markerů při studiu variability rostlin také studie genetické diverzity metodou RBIP (Retrotransposon Based Insert Polymorphysm) souboru 50 položek složeného z druhů P. abyssinicum a P. fulvum a získaných z genofondových kolekcí hrachu. Z tohoto souboru bylo dále vybráno 12 položek, na kterých byla provedena analýza DNA sekvenčních dat jaderné oblasti ITS a chloroplastových oblastí trnSG a matK. Výsledky všech provedených analýz v kontextu již dříve zjištěných informací nám znázornili genetickou diverzitu druhů P. fulvum a P. abyssinicum.
|
host ::
RSS.