|
|
Analysis of the molecular pathways and interactome of FUBP3
Brychta, David ; Jirkovský, Eduard (vedoucí práce) ; Karahoda, Rona (oponent)
Univerzita Karlova, Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra farmakologie a toxikologie Kandidát: David Brychta Školitel: PharmDr. Eduard Jirkovský, PhD.; Nika M. Lovšin, M. Chem., PhD Název diplomové práce: Analýza molekulárních drah a interaktomu FUBP3 Far upstream element-binding protein 3 (FUBP3) byl pangenomickými asociačními studiemi spojován s vyšším rizikem osteoporotických fraktur. Znalosti o tomto proteinu a jeho roli v biologii kostí jsou však značně omezené. Proto jsme si vytyčili za cíl rozšířit obzory a vytvořit přehled proteinů interagujících s FUBP3 a zmapovat možné zapojení do buněčných drah. Interagující proteiny byly shromážděny z různých databázích. Jejich asociace s osteoporózou (OP) a kostní minerální hustotou (BMD) byla hodnocena pomocí online nástroje - OpenTargets Platform. Několik z nich pak bylo použito pro qPCR analýzu k posouzení vlivu knockoutu FUBP3. Mezi interaktory FUBP3 se objevovaly i proteiny cytosolických bezmembránových organel - stresových granulí (SG). Vytvořili jsme stresové podmínky a byla provedena co-lokalizace SG markerů PABPC1 a G3BP1 pomocí imunobarvení a fluorescenční mikroskopie. Podařilo se nám identifikovat 75 proteinů interagujících s FUBP3 spojených buď s OP nebo BMD, z nichž 8 bylo vybráno pro qPCR analýzu. Zjistili jsme, že osteocalcin,...
|
|
|
Characterizing DDI2 protein interaction by solution NMR
Staníček, Jakub ; Grantz Šašková, Klára (vedoucí práce) ; Obšil, Tomáš (oponent)
Lidský protein DDI2 je dimerní aspartátová proteasa, o které bylo nedávno zjištěno, že hraje důležitou roli při opravě poškození DNA a transkripční regulaci proteasomální exprese. Současné poznatky o molekulárních mechanismech obou funkcí jsou však stále poměrně omezené. Již dříve jsme identifikovali lidský protein RAD23B jako interaktant DDI2. RAD23B také funguje při opravě poškození DNA jako součást komplexu XPC, který stimuluje aktivitu opravy excize nukleotidů. Navíc se RAD23B účastní jako adaptorový protein v procesu degradace proteinů. Interakce DDI2 a RAD23B proto může mít důležité důsledky pro obě známé funkce DDI2. Tato práce popisuje interakci DDI2 a RAD23B na strukturální úrovni. Byly připraveny rekombinantní proteinové varianty DDI2 a RAD23B a interakce byla zmapována pomocí afinitní purifikace. K prozkoumání interakce byly dále použity NMR titrace. Klíčová slova: ubikvitin-proteasomální systém, oprava poškození DNA, regulace exprese proteasomu, aspartátová proteasa, DDI2, NMR (In Czech)
|
|
|
Characterizing DDI2 protein interaction by solution NMR
Staníček, Jakub ; Grantz Šašková, Klára (vedoucí práce) ; Obšil, Tomáš (oponent)
Lidský protein DDI2 je dimerní aspartátová proteasa, o které bylo nedávno zjištěno, že hraje důležitou roli při opravě poškození DNA a transkripční regulaci proteasomální exprese. Současné poznatky o molekulárních mechanismech obou funkcí jsou však stále poměrně omezené. Již dříve jsme identifikovali lidský protein RAD23B jako interaktant DDI2. RAD23B také funguje při opravě poškození DNA jako součást komplexu XPC, který stimuluje aktivitu opravy excize nukleotidů. Navíc se RAD23B účastní jako adaptorový protein v procesu degradace proteinů. Interakce DDI2 a RAD23B proto může mít důležité důsledky pro obě známé funkce DDI2. Tato práce popisuje interakci DDI2 a RAD23B na strukturální úrovni. Byly připraveny rekombinantní proteinové varianty DDI2 a RAD23B a interakce byla zmapována pomocí afinitní purifikace. K prozkoumání interakce byly dále použity NMR titrace. Klíčová slova: ubikvitin-proteasomální systém, oprava poškození DNA, regulace exprese proteasomu, aspartátová proteasa, DDI2, NMR (In Czech)
|
host ::
RSS.