|
|
Adaptation of enzymatic assays for high-throughput screening with use of ECHO-MS
Kráľová, Zuzana ; Mertlíková Kaiserová, Helena (vedoucí práce) ; Šácha, Pavel (oponent)
V rámci tejto diplomovej práce bola vytvorená vysoko priepustná metóda určená na testovanie potenciálnych inhibítorov enzýmu purínnukleozidfosforylázy (PNP). Použitou detekčnou metódou bola hmotnostná spektrometria, stanovované boli predovšetkým produkty reakcie katalyzovanej PNP, a to hypoxantín a ribóza-1-fosfát. Skúmané boli detekčné schopnosti a úskalia prístroja Echo® MS, ktoré boli porovnávané s predchádzajúcou rádioenzymatickou metódou. Dôraz bol kladený hlavne na robustnosť metódy a automatizáciu postupu. Boli použité techniky nanášania látok pomocou akustického dávkovania kvapiek (ADE) a bezkontaktného dávkovania roztokov s využitím prístrojov Echo® 550 a Certus Flex® . Vďaka tomu bolo možné zmenšiť enzýmovú reakciu z pôvodných 20 µl na 5 µl a realizovať ju celú v jamkách 384-jamkovej mikrotitračnej platničky, čím došlo k zníženiu nákladov a zvýšeniu priepustnosti testovaných inhibítorov. Čas analýzy jednej vzorky sa skrátil z 8 minút rádiometrickej metódy na 0,2 minúty využitím Echo® MS metódy. Ďalej boli optimalizované parametre enzýmovej reakcie ako koncentrácia PNP, zloženie reakčnej zmesi, čas reakcie a spôsob jej zastavenia, a to všetko s ohľadom na podmienky čoraz viac žiadaného testovania látok s vysokou priepustnosťou (HTS). Vytvorená metóda bola aplikovaná pre testovanie...
|
|
|
Synthesis of new carborane and metallacarborane bulding blocks appliable in design of biologically active compounds
Nekvinda, Jan ; Grüner, Bohumír (vedoucí práce) ; Janoušek, Zbyněk (oponent)
Sloučeniny s karboxylovou nebo amidickou funkční skupinou patří k základním stavebním blokům, které jsou využívány ke stavbě funkčních molekul v organické chemii, organometalice i chemii karboranů. Nicméně, aniont kobalt bis(dikarbolid)(1-) byl v těchto syntetických procesech až do nedávna nevyzkoušený. Publikovaná metoda založená na lithiaci v THF a reakci s CO2 vedoucí k mono- a disubstituovaným karboxylovým kyselinám se nám nepodařila zreprodukovat. Po zrevidování experimentálních podmínek jsme však dosáhli dobrých výtěžků směsi obou kyselin, které mohou být odděleny chromatograficky i krystalizací, se vzorcem [(1-HOOC-1,2-C2B9H10)(1',2'-C2B9H10)-3,3'-Co(III)]- a stereoisomerní směsí [(HOOC)2-(1,2-C2B9H10)2-3,3'-Co(III)]- a také jejich plnou charakterizaci pomocí NMR, MS a HPLC. Dále byly připraveny deriváty s různě dlouhým řetězcem se vzorcem [(1-HOOC-(CH2)n-1,2-C2B9H10)(1',2'-C2B9H10)-3,3'-Co(III)]- , které byly připraveny lithiací soli Cs1 v DME za nízké teploty následovaná reakcí s BrCH2COOEt a hydrolýzou vzniklého esteru anebo oxidací propylhydroxy derivátu. Tyto karboxylové kyseliny byly následně transformovány na reaktivní, p-nitrofenolátový ester [1-(1,4- NO2C6H4OOC-(CH2)n-1,2-C2B9H10)(1',2'-C2B9H10)-3,3'-Co(III)]- , který snadno reaguje s řadou aminů již za mírných podmínek a dává...
|
|
|
Syntéza 9-deazaguaninových derivátů jako potenciálních inhibitorů tRNA-guanin transglykosylázy (TGT)
Chylíková, Barbora ; Hocek, Michal (vedoucí práce) ; Smrček, Stanislav (oponent)
Shigelóza je akutní průjmové onemocnění, způsobené enterobakteriemi rodu Shigella. V celosvětovém měřítku jsou tyto bakterie zodpovědné za zhruba 1 milion úmrtí ze 165 milionu případů onemocnění ročně, z čehož jsou nejnáchylnější skupinou děti do 5 let pocházející z rozvojových zemí. Enzym tRNA-guanin transglykoláza (zkráceně TGT) byl identifikován jako esenciální pro účinnou patogenezi bakterií rodu Shigella, a proto se stává potenciálním cílem pro selektivní léčbu shigelózy. Tato bakalářská práce popisuje optimalizaci přípravy klíčového intermediátu pro syntézu potenciálních inhibitorů TGT založených na 8-aryl-9-deazaguaninové struktuře, jejichž syntéza vychází z komerčně dostupného 2,6-dichlor-9-deazapurinu. Hlavními kroky syntézy jsou hydrolýza v pozici 6, nukleofilní aromatická substituce chlorové skupiny za amino skupinu v pozici 2, dále jodace a napojení 3-thienylové skupiny na pozici 8 pomocí Suzukiho couplingu.
|
|
|
Synthesis of new carborane and metallacarborane bulding blocks appliable in design of biologically active compounds
Nekvinda, Jan ; Grüner, Bohumír (vedoucí práce) ; Janoušek, Zbyněk (oponent)
Sloučeniny s karboxylovou nebo amidickou funkční skupinou patří k základním stavebním blokům, které jsou využívány ke stavbě funkčních molekul v organické chemii, organometalice i chemii karboranů. Nicméně, aniont kobalt bis(dikarbolid)(1-) byl v těchto syntetických procesech až do nedávna nevyzkoušený. Publikovaná metoda založená na lithiaci v THF a reakci s CO2 vedoucí k mono- a disubstituovaným karboxylovým kyselinám se nám nepodařila zreprodukovat. Po zrevidování experimentálních podmínek jsme však dosáhli dobrých výtěžků směsi obou kyselin, které mohou být odděleny chromatograficky i krystalizací, se vzorcem [(1-HOOC-1,2-C2B9H10)(1',2'-C2B9H10)-3,3'-Co(III)]- a stereoisomerní směsí [(HOOC)2-(1,2-C2B9H10)2-3,3'-Co(III)]- a také jejich plnou charakterizaci pomocí NMR, MS a HPLC. Dále byly připraveny deriváty s různě dlouhým řetězcem se vzorcem [(1-HOOC-(CH2)n-1,2-C2B9H10)(1',2'-C2B9H10)-3,3'-Co(III)]- , které byly připraveny lithiací soli Cs1 v DME za nízké teploty následovaná reakcí s BrCH2COOEt a hydrolýzou vzniklého esteru anebo oxidací propylhydroxy derivátu. Tyto karboxylové kyseliny byly následně transformovány na reaktivní, p-nitrofenolátový ester [1-(1,4- NO2C6H4OOC-(CH2)n-1,2-C2B9H10)(1',2'-C2B9H10)-3,3'-Co(III)]- , který snadno reaguje s řadou aminů již za mírných podmínek a dává...
|
|
|
Acyclic nucleoside bis-phosphonates as potent inhibitors of 6-oxopurine phosphoribosyltransferases
Špaček, Petr ; Keough, D. T. ; Vrbková, Silvie ; Slavětínská, Lenka ; Janeba, Zlatko ; Naesens, L. ; Edstein, M. D. ; Chavchich, M. ; Wang, T. H. ; de Jersey, J. ; Guddat, L. W. ; Hocková, Dana
Hypoxanthine-guanin-(xanthine) phosphoribosyltransferase (HG(X)PRT) is critical for the survival of malarial parasites Plasmodium falciparum and Plasmodium vivax. These parasites rely on HG(X)PRT to make 6-oxopurine nucleoside monophosphates. Specific acyclic nucleoside phosphonates (ANPs) inhibit HG(X)PRT and thus have an anti-plasmodial activity. Crystal structures of human HGPRT in complex with several ANP-based inhibitors suggested that attachment of the second phosphonate group which could occupy the pyrophosphate binding site may lead to increased affinity of these compounds.
|
|
|
Acyclic nucleoside bisphosphonates as inhibitors of 6-oxopurine phosphoribosyltransferases: Potential antimalarial and antibacterial agents
Hocková, Dana ; Keough, D. T. ; Špaček, Petr ; Janeba, Zlatko ; Edstein, M. D. ; Chavchich, M. ; Wang, T. H. ; Eng, W. S. ; West, N. P. ; de Jersey, J. ; Guddat, L. W.
Acyclic nucleoside phosphonates (ANPs) that contain a 6-oxopurine base are good inhibitors of the human, Plasmodium falciparum, P. vivax, Escherichia coli and Mycobacterium tuberculosis 6-oxopurine phosphoribosyltransferases (PRTases), key enzymes of the purine salvage pathway. Chemical modifications based on the crystal structures of several inhibitors in complex with human HGPRTase have led to the design of new ANPs. These novel compounds contain a second phosphonate group attached to the ANP scaff old. The crystal structures of these inhibitors in complex with human HGPRTase show that they can fill three critical locations in the active site: the binding sites of the purine base, the 5’-phosphate group and pyrophosphate. Prodrugs have been synthesized and have been shown to arrest the growth of P. falciparum in erythrocyte culture. Prodrugs of selected ANPs also inhibit the growth of Mycobacterium tuberculosis in cell-based assays.
|
host ::
RSS.