|
|
Vliv enzymu ADAR1 na životní cyklus viru hepatitidy typu C
Kubů, Martin ; Vopálenský, Václav (vedoucí práce) ; Fraiberk, Martin (oponent)
Virus hepatitidy typu C (dále jen HCV) je virus z čeledi Flaviviridae, jehož genom tvoří ,,+ RNA". Způsobuje onemocnění hepatitida typu C, kterým celosvětově trpí desítky milionů lidí. Ačkoli existuje léčba tohoto typu hepatitidy, nebyla dosud vyvinuta preventivní vakcína proti viru HCV. V minulosti byly publikovány nejednoznačné práce zabývající se vztahem HCV a enzymu deaminasy adenosinu účinkující na dvouvláknové RNA 1 (dále ADAR1). Tento dimerický, dvouvláknovou RNA vážící enzym je součástí vrozené imunity a svou enzymatickou aktivitou konvertuje adenosin na inosin, který je buněčnými mechanismy rozpoznáván jako guanin, což vede ve výsledku k mutacím v zasažené dsRNA molekule. Dosud publikované práce připisují enzymu ADAR1 v kontextu infekce virem HCV antivirální funkci. V těchto pracích ovšem nebyly použity vektory obsahující celý genom HCV a dosud také nebyla nikdy použita buněčná linie s delecí genu pro enzym ADAR1. Skutečný vztah enzymu ADAR1 a viru HCV tedy nebyl zatím spolehlivě ověřen. A právě pokus o hlubší porozumění vztahu viru HCV a enzymu ADAR1 byl cílem této diplomové práce. Pro tento úkol byly připraveny HCV permisivní buněčné linie Huh7.5 s delecí genu pro ADAR1. In vitro transkripcí plasmidu JFH1 obsahujícího kompletní genom HCV a následnou transfekcí této virové RNA byly...
|
|
|
Sekvenování transkriptomu pro studium exprese genů u živočichů
Toufar, Jiří
V úvodních kapitolách se práce zabývá co nejlepší analýzou procesu regulace genové exprese, která je esenciálním předpokladem pro pochopení následujících kapitol. Mezi regulace genové exprese patří regulace iniciace transkripce, kontrola elongace transkripce, post-transkripční úpravy a editace RNA. V následujících kapitolách práce pojednává o sekvenování nukleových kyselin, přičemž v této části jsou analyzovány klasické metody sekvenování, sekvenování nové generace jako Illumina sekvenování a nejmodernější metody sekvenování třetí generace jako SMRT-seq nebo Oxford Nanopore. Dále práce obsahuje informace o srovnání vybraných metod. V následující části práce vysvětluje pojem transkriptom a obecný postup experimentu RNA sekvenování včetně izolování jedné buňky, metod sekvenování jedné buňky a sekvenování živočišných tkání. V závěrečných kapitolách se práce věnuje využití RNA sekvenování a metodám RNA-seq pro specifické cíle. V samotném závěru práce byl provedeno srovnání RNA-seq s DNA/RNA čipy.
|
|
|
Vliv deaminasy adenosinu v RNA na virovou infekci eukaryotických buněk
Kubů, Martin ; Vopálenský, Václav (vedoucí práce) ; Fraiberk, Martin (oponent)
Dvouvláknová RNA, molekula běžně se v buňkách nevyskytující, je typickým znakem virových infekcí. Tato molekula také slouží jako substrát enzymů skupiny ADAR, které způsobují konversi adenosinu na inosin, který je obvykle následně rozpoznáván buněčnou mašinérií jako guanosin. Kromě této editační aktivity interagují enzymy skupiny ADAR i s různými buněčnými proteiny, jako například s komplexem Dicer a s protein kinázou R, což spolu s editací dsRNA ovlivňuje replikaci virů. V této práci jsou zpracovány informace o antivirální aktivitě enzymů skupiny ADAR a jejich vlivu na infekci vybraných, zejména lidských, virů.
|
host ::
RSS.