|
|
Bioinformatický nástroj pro návrh disulfidických můstků v proteinové struktuře
Sumbalová, Lenka ; Burgetová, Ivana (oponent) ; Martínek, Tomáš (vedoucí práce)
Proteiny jsou látky s bohatým využitím. Aby mohly být využívány v průmyslu, jsou často vzaty ze svého přirozeného prostředí. V cizím prostředí může dojít k narušení struktury proteinů a tudíž i jejich funkce. Proto je třeba proteiny stabilizovat a jeden ze způsobů, jak toho dosáhnout, je využití disulfidických můstků. V této práci jsou popsány základní pojmy související se stabilizací proteinů - proteiny, jejich struktura a síly v nich působící a základní pojmy z oblasti termodynamiky. Dále je rozveden problém stability proteinů a uvedeny faktory, které protein stabilizují nebo destabilizují, s důrazem na disulfidické můstky. Jsou popsány existující nástroje pro návrh disulfidických můstků, datová sada připravená k testování vlastního nástroje. Dále je popsána implementace nástroje pro stabilizaci pro- teinů s využitím geometrických vlastností vazby a flexibility míst v proteinu. Nástroj byl otestován na proteinech s nativními disulfi dickými můstky a oproti již existujicícím nástrojům, využita byla i metrika FRO (fractional rank order). Nativní disulfidický můstek byl nalezen v 64 % případů, v 60 % případů je tento nativní můstek v první čtvrtině seřazených nalezených disulfidických můstků.
|
|
|
Příprava nového analogu insulinu za účelem studia interakce hormonu s izoformami receptoru insulinu.
Halamová, Tereza ; Jiráček, Jiří (vedoucí práce) ; Obšilová, Veronika (oponent)
Insulin působí jako klíčový hormon v udržování stálé hladiny glukózy v krvi. Mimo tuto metabolickou funkci má navíc insulin funkci růstového hormonu. Rozdílnost v jeho působení je založena především na interakci se dvěma existujícími izoformami insulinového receptoru - IR-A a IR-B, které jsou různě zastoupeny v lidském těle. Předpokládá se, že IR-A je zodpovědný především za mitogenní funkci, a nachází se v hlavně mozku, lymfatické či plodové a rakovinné tkáni, kdežto IR-B, jehož hlavním místem je jaterní, tuková a svalová tkáň, má spíše funkci metabolickou. V poslední době je cílem vytvořit takový insulinový analog, který by se preferenčně vázal na IR-B a tak lépe kopíroval fyziologickou metabolickou funkci insulinu potřebnou pro pacienty s diabetem. Na základě nedávno vyřešené 3D struktury vazby insulinu na IR bylo zjištěno, že C-konec řetězce B podléhá při vazbě na IR konformační změně, kdy dojde k ohybu konce tohoto řetězce asi o 90ř. Cílem této bakalářské práce byla příprava a charakterizace dvou insulinových analogů s přemostěním C-konce B-řetězce v místech B26-B29 a B27-B29 pomocí disulfického můstku, který by ohnutou strukturu konec řetězce zafixoval a umožnil zvýšit afinitu IR a specifitu vůči IR-B. Příprava byla provedena pomocí syntézy na pevné fázi, cyklizace a následné enzymové...
|
|
|
Bioinformatický nástroj pro návrh disulfidických můstků v proteinové struktuře
Sumbalová, Lenka ; Burgetová, Ivana (oponent) ; Martínek, Tomáš (vedoucí práce)
Proteiny jsou látky s bohatým využitím. Aby mohly být využívány v průmyslu, jsou často vzaty ze svého přirozeného prostředí. V cizím prostředí může dojít k narušení struktury proteinů a tudíž i jejich funkce. Proto je třeba proteiny stabilizovat a jeden ze způsobů, jak toho dosáhnout, je využití disulfidických můstků. V této práci jsou popsány základní pojmy související se stabilizací proteinů - proteiny, jejich struktura a síly v nich působící a základní pojmy z oblasti termodynamiky. Dále je rozveden problém stability proteinů a uvedeny faktory, které protein stabilizují nebo destabilizují, s důrazem na disulfidické můstky. Jsou popsány existující nástroje pro návrh disulfidických můstků, datová sada připravená k testování vlastního nástroje. Dále je popsána implementace nástroje pro stabilizaci pro- teinů s využitím geometrických vlastností vazby a flexibility míst v proteinu. Nástroj byl otestován na proteinech s nativními disulfi dickými můstky a oproti již existujicícím nástrojům, využita byla i metrika FRO (fractional rank order). Nativní disulfidický můstek byl nalezen v 64 % případů, v 60 % případů je tento nativní můstek v první čtvrtině seřazených nalezených disulfidických můstků.
|
host ::
RSS.