|
|
Detekce variability cpDNA u rostlin
Valová, Radmila
Tato diplomová práce se zabývá detekcí variability dané oblasti chloroplastové DNA. Vybraná oblast chloroplastové DNA matK je porovnávána mezi dvěma rody Aloe a Ruschia jako zástupci dvou vývojových linií jednoděložných a vyšších dvouděložných rostlin. CpDNA je hojně využívána pro fylogenetické studie, díky vysoké variabilitě. Z rodu Aloe bylo pro analýzu využito 92 zástupců a z rodu Ruschia 106 zástupců. Oba tyto rody se převážně vyskytují v jižní Africe, hlavně v oblasti Kapska. První část práce byla zaměřena na charakteristiku vybraných rodů a popisu použitých metod při analýze. V analýze byla provedena izolace DNA zástupců obou rodů, PCR, purifikace a následné sekvenování. Získané sekvence byly vyhodnocovány pomocí dostupných softwarů a následně byly vytvořeny fylogenetické stromy vybraných zástupců obou rodů. Fylogenetické stromy byly vytvořeny pomocí metody Maximum likelihood. Zásadním výsledkem, bylo zjištění variability v rámci vybraných rodů a mezi nimi na základě konsenzuálních sekvencí.
|
|
|
Diferenciace v polyploidním komplexu Libanotis pyrenaica (Apiaceae)
Přívozníková, Hana ; Chrtek, Jindřich (vedoucí práce) ; Vít, Petr (oponent)
Polyploidizace patří u rostlin mezi hlavní evoluční mechanismy. V čeledi Apiaceae není častá, mezi zajímavé polyploidní komplexy tu paří Libanotis pyrenaica, s doposud zjištěným diploidním (2n = 2x = 22), tetraploidním (2n = 4 x = 44) a vzácně i triploidním (2n = 3x = 33) cytotypem. Předložená diplomová práce se zaměřila na geografický pattern ploidní diferenciace ve střední Evropě, genetickou variabilitu a některé biologické vlastnosti tohoto druhu. Použita byla metoda průtokové cytometrie, analýzy dvou úseků chloroplastové DNA (trnF-trnL a cp018-cp020), morfometrika a analýza klíčivosti semen v experimentálních podmínkách. Diploidní cytotyp byl zjištěn v celé zkoumané oblasti; v České republice zejména v Českém středohoří, jižních Čechách a roztroušeně na Moravě, na Slovensku zejména v karpatské oblasti na západní a střední části státu a v Pieninách. Tetraploidní cytotyp se vyskytuje hlavně ve východní části střední Evropy; v České republice se vyskytuje hlavně ve východním Polabí a v okolí moravských úvalů; na Slovensku zejména v Pováží, Slovenském rudohoří a Belanských Tatrách. Smíšená populace byla nalezena jen jedna (Polsko), bez objevení triploidních rostlin. Diploidní populace jsou vesměs vázané na přirozená stanoviště, tetraploidní naopak na člověkem často do značné míry ovlivněná...
|
|
|
Revision of Juncaceae and Cyperaceae phylogeny based on cpDNA and nDNA
BROŽOVÁ, Viktorie
The phylogeny of Juncaceae and Cyperaceae is still not fully understood. The morphology of this group is intricate and without clear homology, and molecular relationships are mostly studied on smaller parts of this large group of Monocots. Proper study is therefore needed. To obtain the most objective view on the phylogeny of these two families, we gathered data on 1174 taxa of rbcL, trnL-trnF, and ITS and analysed them by maximum parsimony, maximum likelihood, and Bayesian inference. Markers of cpDNA appeared much more useful than nDNA (ITS) due to the high rate of mutations in ITS which led to homoplasy and unsure alignment. By considering taxonomical impact of our study, the monophyly of the families and main inner topology of Juncaceae and several tribes of Cyperaceae (Abildgaardieae, Bisboeckelereae, Cariceae, Cypereae, Cryptangieae, Eleocharideae, Rhynchosporeae, Sclerieae, and Trilepideae) were confirmed; some changes in taxonomy were suggested (uniting of Chrysitricheae and Hypolytreae; division of Fuireneae; uniting of Cariceae, Dulicheae, Scirpeae, and Khaosokia caricoides into one tribe, or division of Scirpeae; and separation of Cladieae); changes in the classification of certain taxa were also suggested (the transfer of Distichia, Marsippospermim, Oxychloë, Patosia, and Rostkovia into Juncus, or division of Juncus into more genera; the transfer of Nemum spadiceum into Bulbostylis; Schoenoplectus corymbosus, S. gemmifer, S. hondoensis, and S. multisetus into the genus Schoenoplectiella; and Oreobolopsis into Trichophorum); and the identification of some taxa which possess special combinations of molecular and morphological features and should be studied further was made (Juncus capitatus, J. dregeanus, Bulbostylis juncoides, Crosslandia setifolia, Schoenoplectus litoralis, S. americanus, Cyperus iria, and Amphiscirpus nevadensis).
|
|
|
Diferenciace v polyploidním komplexu Libanotis pyrenaica (Apiaceae)
Přívozníková, Hana ; Chrtek, Jindřich (vedoucí práce) ; Vít, Petr (oponent)
Polyploidizace patří u rostlin mezi hlavní evoluční mechanismy. V čeledi Apiaceae není častá, mezi zajímavé polyploidní komplexy tu paří Libanotis pyrenaica, s doposud zjištěným diploidním (2n = 2x = 22), tetraploidním (2n = 4 x = 44) a vzácně i triploidním (2n = 3x = 33) cytotypem. Předložená diplomová práce se zaměřila na geografický pattern ploidní diferenciace ve střední Evropě, genetickou variabilitu a některé biologické vlastnosti tohoto druhu. Použita byla metoda průtokové cytometrie, analýzy dvou úseků chloroplastové DNA (trnF-trnL a cp018-cp020), morfometrika a analýza klíčivosti semen v experimentálních podmínkách. Diploidní cytotyp byl zjištěn v celé zkoumané oblasti; v České republice zejména v Českém středohoří, jižních Čechách a roztroušeně na Moravě, na Slovensku zejména v karpatské oblasti na západní a střední části státu a v Pieninách. Tetraploidní cytotyp se vyskytuje hlavně ve východní části střední Evropy; v České republice se vyskytuje hlavně ve východním Polabí a v okolí moravských úvalů; na Slovensku zejména v Pováží, Slovenském rudohoří a Belanských Tatrách. Smíšená populace byla nalezena jen jedna (Polsko), bez objevení triploidních rostlin. Diploidní populace jsou vesměs vázané na přirozená stanoviště, tetraploidní naopak na člověkem často do značné míry ovlivněná...
|
|
|
Polyploidní speciace u rodu Anthoxanthum v Evropě
Khodlová, Zuzana ; Trávníček, Pavel (vedoucí práce) ; Štech, Milan (oponent)
Z celkového počtu patnácti druhů rodu Anthoxanthum (Poaceae) se na území Evropy odlišuje 8 taxonů. Pět z nich je vytrvalých a tvoří komplex A. odoratum s. l., tři jsou jednoleté, víceméně mediteránní taxony (A. aristatum, A. ovatum a A. gracile). V rámci komplexu A. odoratum s. l. jsou vylišovány tyto taxony: široce rozšířené A. odoratum s. str. (4x; 2n = 20), arkto-alpinské A. alpinum (2x a 4x; 2n = 10 a 20), endemit Madeiry A. maderense (2x; 2n = 10), endemit balkánských hor A. pauciflorum (2x; 2n = 10) a endemit Pyrenejského poloostrova A. amarum (?x; 2n ~ 90). Předmětem této studie je objasnění dosud neznámých vzájemných evolučních vztahů mezi taxony, mezi jednoletými a vytrvalými zástupci a mezi diploidy a polyploidy. Konkrétními otázkami jsou: 1) Jaký je původ a rozšíření znovuobjeveného diploidního vytrvalého taxonu a jaká je jeho vazba k ostatním zástupcům skupiny; 2) Jaké distribuční pattern zaujímají vytrvalí zástupci rodu Anthoxanthum v Evropě a jaká je jejich haplotypová diferenciace (celkové rozšíření taxonů a haplotypů a existence jejich sympatrického výskytu); 3) Jaké jsou evoluční vazby mezi jednotlivými zástupci rodu v Evropě a jakým způsobem vznikl allotetraploidní druh A. odoratum s. str. Stanovení ploidních úrovní a velikostí genomu studovaných taxonů bylo prováděno pomocí...
|
|
| |
|
|
Dispersal, distribution and genetic diversity of Melampyrum subalpinum group
CHLUMSKÝ, Jan
This thesis is focused on the dispersal, distribution, and genetic diversity of the taxonomically highly diverse Melampyrum subalpinum group. A complete revision of the localities of M. subalpinum in the Czech Republic and Slovakia is presented. The genetic variation and population structure of the M. subalpinum group across its distribution range is described based on allozymes, nuclear and chloroplast gene sequencing, and genome size. Signs of historical hybridization with M. nemorosum were found in some populations. A comparison of seed dispersal by ants between the co-occurring M. subalpinum and M. pratense and the influence of differences in this process are presented. A new mean of seed dispersal (endozoochory) is introduced for Melampyrum. Myrmecochorous dispersal distances are tested and Holocene migration possibilities are discussed taking into account endozoochory.
|
|
|
Genetická a morfologická variabilita skupiny \kur{Melampyrum nemorosum}
DRAHNÍK, Petr
Melampyrum nemorosum agg. je značně komplikovaná skupina poloparazitických rostlin. Podle tradičního pojetí se rozlišuje na 15 druhů. Molekulární analýzy z posledních let ukazují potřebu moderní taxonomické revize. Problematika celé skupiny je komplexní v důsledku pravděpodobné historické hybridizace a složité evoluční historie celé skupiny. Sekvenace 3 úseků cpDNA (trnTUGU-trnLUAA, psbA-trnHGUG, rpl32-trnLUAG) a 2 úseků jaderné DNA (Agt1 a At103) rozlišila několik geneticky odlišených skupin, u kterých byly provedeny morfologické a cytometrické analýzy.
|
|
|
Genetická a morfologická variabilita skupiny \kur{Melampyrum nemorosum}
DRAHNÍK, Petr
Melampyrum nemorosum agg. je značně komplikovaná skupina poloparazitických rostlin. Podle tradičního pojetí se rozlišuje na 15 druhů. Molekulární analýzy z posledních let ukazují potřebu moderní taxonomické revize. Problematika celé skupiny je komplexní v důsledku pravděpodobné historické hybridizace a složité evoluční historie celé skupiny. Sekvenace 3 úseků cpDNA (trnTUGU-trnLUAA, psbA-trnHGUG, rpl32-trnLUAG) a 2 úseků jaderné DNA (Agt1 a At103) rozlišila několik geneticky odlišených skupin, u kterých byly provedeny morfologické a cytometrické analýzy.
|
|
|
Variabilita \kur{Calamagrostis phragmitoides} v ČR a srovnání s morfologicky podobnými druhy
SCHAABOVÁ, Veronika
Calamagrostis phragmitoides patří do taxonomicky obtížného komplexu C. purpurea agg. s cirkumpolárním rozšířením. Vztahy mezi morfologicky podobnými taxony v rámci tohoto agregátu jsou nejasné. Genetickými metodami (cpDNA, ITS, ploidní úroveň pomocí FCM) jsem studovala populace C. purpurea agg. ze střední Evropy, Skandinávie a Sibiře (včetně jedné rostliny ze Severní Ameriky). Také jsem posuzovala isozymovou a morfologickou variabilitu českých populací C. phragmitoides a populací morfologicky podobné C. canescens. Tato práce byla podpořena grantem SGA PřF JU v roce 2014.
|
host ::
RSS.