|
|
Molecular simulation of acid-base properties of short peptides and the Aβ-(1-42) peptide
Nejedlá, Magdaléna ; Košovan, Peter (vedoucí práce) ; Limpouchová, Zuzana (oponent)
Title: Molecular simulation of acid-base properties of short peptides and the Aβ-(1-42) peptide Author: Bc. Magdaléna Nejedlá Department: Department of Physical and Macromolecular Chemistry Supervisor: doc. RNDr. Peter Košovan, Ph.D. Abstrakt: Tato práce se zabývá molekulovými simulacemi peptidů v acidobazické rovnováze. V první části jsme se zaměřili na 4 pentapeptidy. Pomocí simulace hrubozrnným modelem jsme určili stupeň ionizace jejich postranních řetězců, hodnoty jejich efektivních pKa a Hillovy koeficienty. Výsledkem je, že náš CG model poskytuje pouze hrubý odhad hodnot pKa. Výsledky závisí na zvolených parametrech modelu, jejichž vliv na konečnou hodnotu zatím není znám. Ve druhé části naší práce jsme studovali adsorpci peptidu Aβ-(1-42) na nabitý povrch, který pro naše účely představuje nabitou nanočástici. Úspěšná adsorpce by mohla být způsobem, jak zabránit agregaci peptidu Aβ-(1-42), který je podezřelý z toho, že způsobuje Alzheimerovu chorobu. Naše předběžné výsledky ukazují, že k adsorpci peptidu Aβ-(1-42) na nabitý povrch záporně nabité nanočástice dochází při nízkém pH, 1 < pH < 4. Klíčová slova: kyselina, báze, acidobazická rovnováha, pH, peptid, amyloid, nabitý povrch 1
|
host ::
RSS.