|
|
Molecular simulation of acid-base properties of short peptides and the Aβ-(1-42) peptide
Nejedlá, Magdaléna ; Košovan, Peter (vedoucí práce) ; Limpouchová, Zuzana (oponent)
Title: Molecular simulation of acid-base properties of short peptides and the Aβ-(1-42) peptide Author: Bc. Magdaléna Nejedlá Department: Department of Physical and Macromolecular Chemistry Supervisor: doc. RNDr. Peter Košovan, Ph.D. Abstrakt: Tato práce se zabývá molekulovými simulacemi peptidů v acidobazické rovnováze. V první části jsme se zaměřili na 4 pentapeptidy. Pomocí simulace hrubozrnným modelem jsme určili stupeň ionizace jejich postranních řetězců, hodnoty jejich efektivních pKa a Hillovy koeficienty. Výsledkem je, že náš CG model poskytuje pouze hrubý odhad hodnot pKa. Výsledky závisí na zvolených parametrech modelu, jejichž vliv na konečnou hodnotu zatím není znám. Ve druhé části naší práce jsme studovali adsorpci peptidu Aβ-(1-42) na nabitý povrch, který pro naše účely představuje nabitou nanočástici. Úspěšná adsorpce by mohla být způsobem, jak zabránit agregaci peptidu Aβ-(1-42), který je podezřelý z toho, že způsobuje Alzheimerovu chorobu. Naše předběžné výsledky ukazují, že k adsorpci peptidu Aβ-(1-42) na nabitý povrch záporně nabité nanočástice dochází při nízkém pH, 1 < pH < 4. Klíčová slova: kyselina, báze, acidobazická rovnováha, pH, peptid, amyloid, nabitý povrch 1
|
|
|
Sources of error in interpretation of blood gas analysis: Current acid-base models of plasma
Krbec, Martin ; Duška, František (vedoucí práce) ; Jabor, Antonín (oponent) ; Caironi, Pietro (oponent)
Zdroje chyb při interpretaci analýzy krevních plynů: Současné acidobazické modely plazmy Abstrakt dizertační práce Martin Krbec Úvod. Hodnocení stavu acidobazické rovnováhy je základním nástrojem využívaným lékaři k vedení terapie u celé řady stavů. Ze všech biologických tekutin, v nichž byla acidobazická rovnováha zkoumána, je nejlépe popsaná izolovaná plazma. K jejímu hodnocení byly vyvinuty dva hlavní přístupy: Jedním z nich je tradiční bikarbonátová škola, na jejímiž vzniku se podíleli Henderson, Hasselbalch, van Slyke a Siggaard-Andersen. Druhým je kvantitativní fyzikálně-chemický přístup vyvinutý Stewartem, který dále rozvíjeli Staempfli a Constable nebo Figge a Fencl. Každý z uvedených modelů využívá soubor konstant, které charakterizují chování nebikarbonátových pufrů (proteinů a fosfátů) v plazmě a jejichž hodnota je rozhodující pro přesný výpočet odvozených parametrů. Hodnoty konstant využívaných Stewartovým modelem, tj. celková koncentrace slabé netěkavé kyseliny (Atot) a její disociační konstanta (pKa), byly experimentálně stanoveny pouze jednou, a to u skupiny 8 zdravých dobrovolníků. Naším cílem bylo znovu experimentálně stanovit hodnoty těchto konstant u zdravých dobrovolníků a, vůbec poprvé, u dvou skupin kriticky nemocných pacientů. Naší hypotézou bylo, že pufrační vlastnosti slabých...
|
host ::
RSS.