|
|
Molekulárně genetická charakterizace vankomycin-rezistentních enterokoků
Bubeníček, Karel ; Rada, Vojtěch (vedoucí práce) ; Igor, Igor (oponent)
Souhrn
Cíle a hypotéza: Tato diplomová práce se zabývá studií plazmidů vankomycin-rezistentních enterokoků izolovaných z trusu amerických vran v letech 2012 až 2013.
Hypotézou je, že v různých prostředích existuje jeden či více typů epidemiologicky významných vanA gen-nesoucích plazmidů, které jsou schopné se horizontálně šířit.
Metody: Na základě metody PFGE byl detekován počet a velikost plazmidů ve vybraných izolátech vankomycin rezistentních E. faecium. Pomocí metody PCR byly izoláty podrobeny detekci genů replikáz, relaxáz a toxin antitoxin systému pro typizaci plazmidů z jednotlivých plazmidových rodin. Pomocí 19 primerů byly charakterizovány typy Tn1546.
Výsledky: Z celkového počtu 12 testovaných, vankomycin rezistentních izolátů E. faecium, byl pomocí metody PFGE prokázán počet a velikost plazmidů: 2 izoláty obsahovaly 2 plazmidy (17 %), 3 izoláty obsahovaly 3 plazmidy (25 %), 5 izolátů obsahovalo 4 plazmidy (42 %) a 2 izoláty obsahovalo 5 plazmidů (17 %).
Všechny izoláty (n=12) byly pak podrobenydetekci genů replikáz, relaxáz a toxin-antitoxin systému pro typizaci plazmidů z jednotlivých plazmidových rodin.
RepA_N rodina plazmidů:
geny charakterizující plazmidy příbuzné pRUM: rep17 u 11 izolátů (92%), u 5 izolátů (42%) byl detekován gen AxeTxe
geny charakterizující plazmidy příbuzné pLG1: rep20 u 7 izolátů (58%)
geny charakterizujcící plazmidy příbuzné pAD1: u 1 izolátu (8%) byl detekován gen relpAD1
Inc18 rodina plazmidů:
geny charakterizující plazmidy příbuzné pIL501: gen rep1 zachycen v jednom případě (8%)
geny charakterizující plazmidy příbuzné pRES25: Gen rep2 u dvou izolátů (17%)
geny chrarakterizující plazmidy příbuzné pEF1: relpEF1 detekován u 11 izolátů (92%)
pHTB rodina plazmidů:
geny charakterizující plazmidy příbuzné pHTB: u 4 izolátů byl detekován gen Rep22 (33%) a u 2 izolátů (17 %) byl detekován gen relpHTB
RCR rodina plazmidů:
geny charakterizujcí plazmidy příbuzné pRI: u 8 izolátů (67%) byl pozitivní průkaz genu Rep14 a u 4 izolátů byl detekován gen relpRI..
Malé theta replikující se plazmidy:
geny charakterizující plazmidy příbuzné pEF418: gen rep18a u dvou izolátů (17 %)
geny charakterizující plazmidy příbuzné pB82: u 1 izolátu (8%) byl detekován gen rep18b
geny charakterizující plazmidy příbuzné pCIZ2: u 9 testovaných izolátů (75%) byl prokázán gen relpCIZ2
Typy transpozonu Tn1546
Pomocí metody PCR byly charakterizovány typy Tn1546. U 4 izolátů (n=12; 33 %) byl chareakterizován Tn1546 jako typ F3. U jednoho izolátu (8 %) byl Tn1546 charakterizován jako typ F5, u jednoho izolátu (8 %) jako typ PP-16. 6 izolátů mělo netypovatelné Tn1546. S největší pravděpodpbností se jedná o nové, dosud nepopsané typy.
Závěr: Jedná se o první studii plazmidů z vankomycin rezistentních izolátů E. faecium izolovaných z trusu amerických vran. Tyto výsledky zdůrazňují nejen vysoké zastoupení plazmidů v jednotlivých izolátech, ale také vysoké zastoupení genů s horizontálním přenosem.
|
host ::
RSS.