|
|
Bioinformatický nástroj pro návrh disulfidických můstků v proteinové struktuře
Sumbalová, Lenka ; Burgetová, Ivana (oponent) ; Martínek, Tomáš (vedoucí práce)
Proteiny jsou látky s bohatým využitím. Aby mohly být využívány v průmyslu, jsou často vzaty ze svého přirozeného prostředí. V cizím prostředí může dojít k narušení struktury proteinů a tudíž i jejich funkce. Proto je třeba proteiny stabilizovat a jeden ze způsobů, jak toho dosáhnout, je využití disulfidických můstků. V této práci jsou popsány základní pojmy související se stabilizací proteinů - proteiny, jejich struktura a síly v nich působící a základní pojmy z oblasti termodynamiky. Dále je rozveden problém stability proteinů a uvedeny faktory, které protein stabilizují nebo destabilizují, s důrazem na disulfidické můstky. Jsou popsány existující nástroje pro návrh disulfidických můstků, datová sada připravená k testování vlastního nástroje. Dále je popsána implementace nástroje pro stabilizaci pro- teinů s využitím geometrických vlastností vazby a flexibility míst v proteinu. Nástroj byl otestován na proteinech s nativními disulfi dickými můstky a oproti již existujicícím nástrojům, využita byla i metrika FRO (fractional rank order). Nativní disulfidický můstek byl nalezen v 64 % případů, v 60 % případů je tento nativní můstek v první čtvrtině seřazených nalezených disulfidických můstků.
|
|
|
Bioinformatický nástroj pro návrh disulfidických můstků v proteinové struktuře
Sumbalová, Lenka ; Burgetová, Ivana (oponent) ; Martínek, Tomáš (vedoucí práce)
Proteiny jsou látky s bohatým využitím. Aby mohly být využívány v průmyslu, jsou často vzaty ze svého přirozeného prostředí. V cizím prostředí může dojít k narušení struktury proteinů a tudíž i jejich funkce. Proto je třeba proteiny stabilizovat a jeden ze způsobů, jak toho dosáhnout, je využití disulfidických můstků. V této práci jsou popsány základní pojmy související se stabilizací proteinů - proteiny, jejich struktura a síly v nich působící a základní pojmy z oblasti termodynamiky. Dále je rozveden problém stability proteinů a uvedeny faktory, které protein stabilizují nebo destabilizují, s důrazem na disulfidické můstky. Jsou popsány existující nástroje pro návrh disulfidických můstků, datová sada připravená k testování vlastního nástroje. Dále je popsána implementace nástroje pro stabilizaci pro- teinů s využitím geometrických vlastností vazby a flexibility míst v proteinu. Nástroj byl otestován na proteinech s nativními disulfi dickými můstky a oproti již existujicícím nástrojům, využita byla i metrika FRO (fractional rank order). Nativní disulfidický můstek byl nalezen v 64 % případů, v 60 % případů je tento nativní můstek v první čtvrtině seřazených nalezených disulfidických můstků.
|
host ::
RSS.