|
|
Optimalizace metod detekce mykovirů získaných analýzou NGS dat
PÍCHALOVÁ, Barbora
Celosvětově známým patogenem jsou houby z rodu Armillaria způsobující onemocnění armillaria root disease vyznačující se napadením kořenového systému dřevin, vylamováním bazální části a rozvojem bělavého syrrocia pod kůrou stromů. Při výzkumu tohoto onemocnění bylo již publikováno několik genomových sekvencí mykovirů včetně virů z čeledi Mymonoviridae, Botourmiaviridae, Partitiviridae, Virgaviridae a nově popsané skupiny virů s názvem ambi-like viry. In silico analýzou sekvencí virů získaných pomocí metod NGS byly v izolátech Armillaria spp. z České republiky popsány kromě ambi-like virů a partitivirů i dosud neobjevené viry v tomto rodu a to beny-like viry. Pro potvrzení přítomnosti beny-like virů in vitro byla použita metoda reverzní transkripce s následnou PCR. Celková RNA byla izolována pomocí komerčního kitu a její přítomnost ve vzorcích byla potvrzena elektroforeticky. K navržení trojice primeru Beny F1 a Beny R1, Beny F2 a Beny R2 a BV1 F a BV1 R byla využita sekvence získaná pomocí sekvenační platformy NovaSeq 6000 systému Illumina, ve které byly navrženy potenciální ORF. Primery byly cíleny na nejdelší úsek ORF kódující RdRp, který je nejvíce konzervovaným genem v RNA virech. Úsek DNA získaný reverzní transkripcí byl amplifikován metodou PCR s následnou reamplifikací a na závěr byly vzorky byly vyhodnoceny elektroforeticky na přítomnost ssRNA virů.
|
|
|
Molekulární determinace václavek r. Armillaria
SALZMANOVÁ, Kateřina
Václavky patří z hospodářského hlediska mezi významné škodlivé činitele našich lesů, kdy václavky způsobují prosychání smrku, které může přerůst v kůrovcovou kalamitu. Pro určování jednotlivých kmenů fytopatogenních hub klasická morfologická charakteristika neposkytuje dostatečné určení jednotlivých druhů. V současné době je věnována pozornost molekulárním metodám analýz polymorfismu DNA spolu s tradiční morfologickou klasifikací. V literárním přehledu je popsán rod Armillaria. Také jsou zde popsány jednotlivé druhy václavek, které se vyskytují na území ČR, jejich role v chřadnutí smrkových porostů a ochranná opatření proti václavkám. Jsou zde zmíněny molekulární markery používané v identifikaci václavek. Součástí teoretické časti je i popis a princip použitých molekulárních metod. Cílem diplomové práce bylo identifikovat jednotlivé druhy václavek rodu Ar-millaria ze vzorků sbíraných v suchem poškozených lesích v ČR. Molekulární analýza byla provedena podle variability úseku genu translačního elongačního faktoru 1 alfa (EF 1 alfa). V praktické části jsou zpracovány vlastní výsledky práce. Pro účely výzkumu bylo vybráno několik lesních lokalit postižených suchem v Moravskoslezském a Olomouckém kraji. Testovaný soubor tvořilo celkem 92 vzorků DNA václavek rodu Armillaria. Výsledky potvrdily největší výskyt václavky v. smrkové (66 vzorků). V testovaném souboru byly identifikovány i václavky v. cibulkotřenná (21 vzorků) a v. hlíznatá (5 vzorků). Získaná data byla použita ke konstrukci fylogenetického stromu.
|
|
|
Distribution of Heterobasidion and Armillaria root rots in Vallombrosa fir forest, Italy
Dálya, László Benedek
Diplomová práce je zaměřena na studium aktuální fytopatologické charakteristiku porostů ve Vallombrosa Forest (Toskánsko, Itálie). Klíčovým faktorem, který ovlivňuje vitalitu jedle bělokoré v regionu jsou chronické infekce kořenovými hnilobami způsobené kořenovníkem Heterobasidion spp. a václavkami Armillaria spp. Podrobné znalosti o jejich rozšíření by mohly napomoci k implementaci ochranných opatření proti těmto patogenům. Zkoumané vzorky byly odebrány ze stromů z 52 míst. Byla provedena identifikace hub z půdy metodami založenými na DNA (TSCP, nested PCR, analýza RFLP). V širokém rozsahu ekologických podmínek lokality byla zjištěna vysoká frekvence obou původců kořenových hnilob. Analýza dat ukazuje na silný potenciál obou patogenů dále se na lokalitě šířit, a to především v důsledku stresové zátěže hostitelů nedostatkem vody.
|
|
|
Studium druhového spektra houbových patogenů douglasky tisolisté (Pseudotsuga menziesii Mirb./Franco) na provenienčních plochách
Lísková, Aneta ; Pešková, Vítězslava (vedoucí práce) ; Vachová, Jana (oponent)
Bakalářská práce se zabývá zhodnocením výskytu houbových patogenů vzhledem k různým proveniencím douglasky tisolisté (Pseudotsuga menziesii /Mirbel /Franco). Výzkum probíhal na provenienční ploše Jizbice - LS Vlašim.
Na této ploše byla posuzována přítomnost hub rodu Armillaria. Pomocí standardních fytopatologických metod byly odebírány vzorky jehlic, výhonů douglasek a zjišťován výskyt jednotlivých druhů sypavek. V terénu probíhala předběžná determinace a kvantifikace napadení houbovými patogeny. Následně bylo v laboratoři mikroskopicky upřesněno a doplněno druhové spektrum hub. Zjištěným druhem byla houba Rhabdocline pseudotsugae (skotské sypavky douglasky). Na jehlicích některých zkoumaných proveniencí byla nalezena houba rodu Rhizosphaera. Výskyt václavky (Armillaria spp.) nebyl potvrzen.
Bylo zjištěno, že velmi záleží na tom, ze které provenience napadený strom pochází. Nejodolnější provenience pochází z Britské Kolumbie, jedná se o provenienci Nimkish (1025) pocházející ze severní části ostrova Vancouver. Nejméně odolná z hlediska defoliace byla vyhodnocena provenience Merritt (1028) ze státu Britská Kolumbie. Výsledky korespondenční analýzy ukázaly, že provenience 1010 a 1028 vykazovaly nejvyšší počet jedinců a je možné předpokládat jejich lepší odolnost proti působení abiotických vlivů a biotických škodlivých činitelů.
|
|
| |
|
| |
host ::
RSS.