|
|
Identification of horizontal genes transfer elements across strains inhabiting the same niche using pan-genome analysis
Schwarzerová, J. ; Čejková, D.
Tracing horizontal gene flux across strains in farm animals is one of the important steps for research focused on detection and genomic enzymology of genes conferring antibiotic resistance. In this study, we have built the comprehensive computational methodology for the detection of horizontal genes transfer elements via pan-genome analysis. In total, 133 anaerobes isolated from chicken gastrointestinal tract were examined for the presence of traits of horizontal transfer. The shared genes from all isolates, so called core genome genes were identified and characterised in order to assign the function to the gene within individual bacterial cell and within community of cells. This study provides an evidence that horizontal transmission frequently occurs not only between closely related bacteria, but also between distant taxonomical groups. Hence chickens are known primary reservoirs of antibiotic resistance genes, and the dissemination of these genes to other bacterial pathogens often leads to life-threatening infections, even within human population. Thus, the research on this subject, and the associated results are of a great importance for public health.
|
|
|
Rezistence Escherichia coli na vybraná antibiotika v okrese Písek za rok 2016
BROMOVÁ, Karolína
Rezistence na antibiotika se stává celosvětovým problémem. Ve své práci jsem se zaměřila na rezistence Escherichia coli v okrese Písek v roce 2016. Escherichia coli je nejčastějším původcem infekcí močových cest. V průměru každá druhá žena a každý pátý muž prodělají infekci močových cest. S problémy rezistence se setkáváme už řadu let. Dříve účinná antibiotika jsou dnes neúčinná. Často se musí sahat po širokospektrálních antibiotikách, která mají řadu vedlejších účinků (průjmy, kvasinkové infekce), jsou dražší a mají dopad na ekonomiku. V ČR zatím nemáme takovou míru rezistence jako v jiných státech např. v Řecku. Proto bychom si měli vzít příklad z ostatních zemí a vyvarovat se masivnímu užívání antibiotik. Cílem mé práce bylo nashromáždit informace o rezistenci Escherichia coli, porovnat rozdíly mezi dospělými a dětskými pacienty a zjistit míru ESBL kmenů v okrese Písek v roce 2016. Výsledky svého výzkumu porovnám s výsledky močové studie NRL SZÚ v Praze za rok 2016. V teoretické části jsem se zabývala především charakteristikou antibiotik, způsoby antibiotické rezistence a stručným popisem Escherichia coli. Ve své praktické části jsem popsala způsoby identifikace bakterií (ENTERO test 24N). Principy biochemických testů (VP test, INDOL test), které nám pomohou blíže určit, o jaký typ bakterie by se mohlo jednat. Dále popisuji principy a využití testů pro stanovení citlivosti (Diskový difuzní test, Mikrodiluční test M.I.C.). Pomocí ESLB MAST testu jsem zjistila v jaké míře se vyskytovali v okrese Písek kmeny produkující ESBL beta-laktamázu s rozšířeným spektrem účinku, které způsobují multirezistenci. Dále praktická část obsahuje vyhodnocení statistiky o rezistenci na vybraná antibiotika, kterou jsem zpracovávala z dat klinické mikrobiologie Nemocnice Písek a.s. Ke svému pozorování rezistence Escherichia coli jsem si vybrala 4 druhy antibiotik, používaných při léčbě infekcí močových cest Amoxicilin, amoxicilin + klavulanát, nitrofurantoin a gentamicin. Výsledky mé práce dokazují, že rezistence na vybraná antibiotika je poměrně vysoká. Vyplívá, že ženy mají více rezistentních kmenů než muži, což by se dalo vysvětlit tím, že ženy trpí častěji močovými infekcemi a vyskytuje se u nich více ESBL kmenů. U dětských a mladistvých pacientů (0 19 let) se nevyskytují žádné ESBL kmeny. Dále vyplývá, že i dívky trpí častěji močovými infekcemi než chlapci, kdy jediná výjimka je u dívek a chlapců ve věku 0 3 roky kdy podle mého výzkumu močovými infekcemi trpí více chlapci než dívky.
|
host ::
RSS.