|
|
Role řízené tkáňově-specifcké produkce ISWI proteinu Smarca5/Snf2h v myší krvetvorbě.
Turková, Tereza ; Stopka, Tomáš (vedoucí práce) ; Forejt, Jiří (oponent) ; Mráz, Marek (oponent)
Proces diferenciace krvetvorných buněk je závislý na chromatin-remodelační aktivitě ISWI ATPázy SMARCA5 (SNF2H) a jejích komplexů. Pro studium funkcí této ATPázy jsme v naší laboratoři vyvinuli řadu myších modelů, počínaje modelem s konstitutivní delecí genu Smarca5 a na něj navazujícími modely s kondicionální delecí tohoto genu v závislosti na tkáňově specificky exprimované Cre rekombináze (zejména v různých stádiích krvetvorby). Závažnost fenotypových projevů u myších modelů se různí od brzké embryonální letality konstitutivního delečního modelu, přes fetální letalitu spojenou se selháním erytropoézy (Vav1iCre model - delece v definitivním hematopoetickém progenitoru) až po poruchy lymfopoézy neomezující přežití zvířat (hCD2iCre model - delece v T a B lymfocytech) u kondicionálně delečních modelů. Tato práce navazuje na pozorování získaná při studiu delečních modelů genu Smarca5, tedy že delece vede k zástavě dělení buněk a jejich vstupu do apoptózy. Defekty byly pozorovány už ve stádiu kmenových buněk a hematopoetických progenitorů, které nebyly schopné vstoupit do procesu diferenciace v nepřítomnosti SMARCA5 proteinu. V těchto modelech kvůli tomu nebylo možné studovat průběh diferenciace. Proto jsme se rozhodli vytvořit nový myší model s hypomorfní (exprimující nižší množství proteinu)...
|
|
|
Vacuolar proteins in development of yeast colonies
Trubitsyna, Yana ; Palková, Zdena (vedoucí práce) ; Heidingsfeld, Olga (oponent)
Laboratorní kmeny kvasinky Saccharomyces cerevisiae tvoří kolonie schopné diferencovat na dva hlavní typy buněk - U a L buňky - neboli horní a spodní buňky. Tyto buňky vykazují odlišnou morfologii, metabolismus a odolnost vůči stresu. Bylo také prokázáno, že některé metabolické dráhy probíhající v U buňkách jsou podobné buňkám rakovinným. U buňky aktivují unikátní metabolismus, který zahrnuje aktivaci TORC1 komplexu zároveň s aktivní autofagií a akumulací glykogenu, což jsou procesy charakteristické pro buňky s neaktivní TORC1 dráhou. CORVET a HOPS komplexy spolu s vakuolárními ATPázami hrají roli v procesech, které zahrnují mimo jiné fúzi vakuol a časných a pozdních endosomů. Tyto komplexy také hrají roli v regulaci aktivity TORC1. Podjednotka HOPS komplexu - Vam6p - hraje roli v aktivaci TORC1 jako GEF pro Gtr1p GTPázu, aktivující TORC1. Cílem této práce bylo zjistit, zda se vybrané podjednotky zmíněných komplexů podílejí na regulaci aktivity TORC1 komplexu, a to hlavně v U buňkách. Dalším cílem bylo potvrdit vliv Vam6p na produkci proteinů vybraných na základě proteomické analýzy. V rámci této práce byly připraveny kmeny s delecemi vybraných genů (VPS3, VPS8, VPS33, VPS41, VPH2, VAC7 a VAC14) a byl sledován vliv absence jejich produktů na morfologii kvasinkových kolonií. Také byla sledována...
|
|
|
Role komplexu Smc5/6 při DNA virové infekci
Protivová, Eliška ; Huerfano Meneses, Sandra (vedoucí práce) ; Pokorná, Karolína (oponent)
Komplex Smc5/6 je eukaryotický proteinový komplex, který se spolu s kohezinem Smc1/3 a kondenzinem Smc2/4 podílí na zajištění stability genomu. K tomu přispívá svou účastí při organizaci a udržování chromozomových struktur a také při odpovědi na poškození DNA. Mimo to bylo zjištěno, že komplex Smc5/6 hraje významnou roli při virové infekci. Tato práce se zaměřuje na mechanismy interakce komplexu Smc5/6 s virovými DNA genomy, DNA intermediárními genomy a virovými proteiny. V případě HBV z čeledi Hepadnaviridae působí Smc5/6 jako restrikční faktor. Stejně je tomu tak u HSV-1 z čeledi Herpesviridae, virů z čeledi Papillomaviridae a HIV-1 z čeledi Retroviridae. Také byla objevena interakce komplexu Smc5/6 s JC virem z čeledi Polyomaviridae. Význam této interakce však zůstává nepochopen. Některé z výše zmíněných virů dokážou této restrikci zabránit. Konkrétně HBV protein HBx zprostředkovává proteazomální degradaci komplexu Smc5/6 či HIV-1 protein Vpr indukuje degradaci proteinu SLF2, který je zodpovědný za lokalizaci komplexu Smc5/6 na DNA intermediární genom HIV-1. Klíčová slova: komplex Smc5/6, oprava DNA, ATPáza, sumoylace, DNA viry, viry s DNA intermediárním genomem, inhibice, restrikční faktor
|
|
|
Vacuolar proteins in development of yeast colonies
Trubitsyna, Yana ; Palková, Zdena (vedoucí práce) ; Heidingsfeld, Olga (oponent)
Laboratorní kmeny kvasinky Saccharomyces cerevisiae tvoří kolonie schopné diferencovat na dva hlavní typy buněk - U a L buňky - neboli horní a spodní buňky. Tyto buňky vykazují odlišnou morfologii, metabolismus a odolnost vůči stresu. Bylo také prokázáno, že některé metabolické dráhy probíhající v U buňkách jsou podobné buňkám rakovinným. U buňky aktivují unikátní metabolismus, který zahrnuje aktivaci TORC1 komplexu zároveň s aktivní autofagií a akumulací glykogenu, což jsou procesy charakteristické pro buňky s neaktivní TORC1 dráhou. CORVET a HOPS komplexy spolu s vakuolárními ATPázami hrají roli v procesech, které zahrnují mimo jiné fúzi vakuol a časných a pozdních endosomů. Tyto komplexy také hrají roli v regulaci aktivity TORC1. Podjednotka HOPS komplexu - Vam6p - hraje roli v aktivaci TORC1 jako GEF pro Gtr1p GTPázu, aktivující TORC1. Cílem této práce bylo zjistit, zda se vybrané podjednotky zmíněných komplexů podílejí na regulaci aktivity TORC1 komplexu, a to hlavně v U buňkách. Dalším cílem bylo potvrdit vliv Vam6p na produkci proteinů vybraných na základě proteomické analýzy. V rámci této práce byly připraveny kmeny s delecemi vybraných genů (VPS3, VPS8, VPS33, VPS41, VPH2, VAC7 a VAC14) a byl sledován vliv absence jejich produktů na morfologii kvasinkových kolonií. Také byla sledována...
|
host ::
RSS.