|
|
Využití metod paralelního sekvenování v mikrobiologii.
Pavlíková, Magdaléna ; Najmanová, Lucie (vedoucí práce) ; Vopálenský, Václav (oponent)
Následující text popisuje historii vývoje sekvenačních metod se zaměřením na moderní výkonné metody paralelního sekvenování a jejich využití v mikrobiologii. Vývoj a zdokonalování sekvenačních systémů s sebou přináší zrychlení a výrazné snížení cen, s tím souvisí rozšíření spektra aplikačních možností. Každý sekvenační systém je charakteristický určitými specifiky včetně jistých úskalí pramenících z principu dané metody, proto ne každá metoda je schopna pokrýt všechny směry možných využití. Práce porovnává metody sekvenování a zabývá se jejich vhodností pro konkrétní typy aplikací v mikrobiologii. Dostupné sekvenační systémy obvykle dělíme na tři základní "generace" vymezené typickými konkrétními znaky. Mezi metody první generace řadíme Sangerův a Maxam-Gilbertův systém, druhá generace zahrnuje metody 454, Illumina, SOLiD, Helicos a generace třetí SMRT, Ion Torrent a zatím komerčně nedostupné sekvenování s využitím nanopórů. V současné době se sekvenování stává standardní technikou molekulární biologie nejen v základním mikrobiologickém výzkumu, ale nachází široké uplatnění také v medicíně (rychlá identifikace patogenů, metagenomické studie mikrobiomů lidského těla).
|
|
|
Identifikace biosyntetických shluků v půdních izolátech aktinomycet.
Pavlíková, Magdaléna ; Najmanová, Lucie (vedoucí práce) ; Kopecký, Jan (oponent)
Pyrrolobenzodiazepiny (PBD) jsou sekundární metabolity s významnou protinádorovou aktivitou, produkované převážně mikroorganismy rodu Streptomyces. Klíčovou roli v biosyntéze PBD hrají enzymy neribosomální peptidové synthetasy, které zprostředkovávají kondenzaci dvou prekurzorů, anthranilátové podjednotky a prolinu, nebo jeho derivátu, za vzniku tricyklické molekuly PBD, která může být dále substituována. Dosud bylo publikováno 5 genových shluků pro biosyntézu PBD. Cílem této práce bylo identifikovat a charakterizovat biosyntetický shluk (případně shluky) pro biosyntézu PBD limazepinů. Producent limazepinů jako jediný dosud identifikovaný kmen produkuje zároveň PBD s hydroxylem v pozici C9 i PBD v této pozici nehydroxylované. Dle doposud publikovaných výsledků je v biosyntéze PBD hydroxylovaných v pozici C9 zapojena kynureninová dráha. Biosyntéza PBD v této pozici nehydroxylovaných využívá dráhu chorismátovou. Dle publikovaných dat navíc PBD produkované tímto kmenem inkorporují tři různé deriváty prolinu, z nichž dva nebyly u jiných PBD dosud popsány. Na základě výsledků této diplomové práce bylo revidováno taxonomické zařazení produkčního mikroorganismu i spektrum reálně produkovaných limazepinů. Byl identifikován jediný limazepinový biosyntetický shluk, který byl sekvenován, charakterizován a...
|
|
|
Využití metod paralelního sekvenování v mikrobiologii.
Pavlíková, Magdaléna ; Najmanová, Lucie (vedoucí práce) ; Vopálenský, Václav (oponent)
Následující text popisuje historii vývoje sekvenačních metod se zaměřením na moderní výkonné metody paralelního sekvenování a jejich využití v mikrobiologii. Vývoj a zdokonalování sekvenačních systémů s sebou přináší zrychlení a výrazné snížení cen, s tím souvisí rozšíření spektra aplikačních možností. Každý sekvenační systém je charakteristický určitými specifiky včetně jistých úskalí pramenících z principu dané metody, proto ne každá metoda je schopna pokrýt všechny směry možných využití. Práce porovnává metody sekvenování a zabývá se jejich vhodností pro konkrétní typy aplikací v mikrobiologii. Dostupné sekvenační systémy obvykle dělíme na tři základní "generace" vymezené typickými konkrétními znaky. Mezi metody první generace řadíme Sangerův a Maxam-Gilbertův systém, druhá generace zahrnuje metody 454, Illumina, SOLiD, Helicos a generace třetí SMRT, Ion Torrent a zatím komerčně nedostupné sekvenování s využitím nanopórů. V současné době se sekvenování stává standardní technikou molekulární biologie nejen v základním mikrobiologickém výzkumu, ale nachází široké uplatnění také v medicíně (rychlá identifikace patogenů, metagenomické studie mikrobiomů lidského těla).
|
host ::
RSS.