|
|
Transcriptional regulation of PIN4 protein, membrane transporter of plant hormone auxin.
Hurný, Andrej ; Petrášek, Jan (vedoucí práce) ; Holá, Dana (oponent)
PIN-FORMED (PIN) proteíny patria medzi sekundárne prenášače rastlinného hormónu auxínu a podieľajú sa na jeho exporte z buniek. Asymetrická lokalizácia týchto prenášačov v bunke určuje smerovaný transport auxínu a tým ovplyvňuje vývin rastliny. Aktivita PIN proteínov môže byť regulovaná na mnohých úrovniach, no prvým krokom v ich regulácií je samotná génová transkripcia. Preto sa aj táto diplomová práca zameriava na charakterizáciu transkripčnej regulácie PIN proteínov, a to konkrétne PIN4 proteínu. Pozorovaním rastlín nesúcich transkripčnú fúziu rôzne veľkých častí promótora génu PIN4 s génom pre zelený fluorescenčný proteín (GFP) sa podarilo určiť, ktorá jeho časť je potrebná pre nasadanie transkripčných faktorov a spustenie samotnej transkripcie. Tento úsek promótora PIN4 sa následne využil ako návnada pre transkripčné faktory v jednohybridnom kvasinkovom systéme. Celkovo sa podarilo identifikovať 24 transkripčných faktorov, v ktorých najpočetnejšie zastúpenie mali rodiny transkripčných faktorov GATA a APETALA2 (AP2)/ETHYLENE RESPONSE FACTOR (ERF). K overeniu interakcií medzi promótorom PIN4 a získanými transkripčnými faktormi bola využitá metóda transfekcie protoplastov so sledovaním expresie luciferázy. Transfekované boli protoplasty z listov rastlín Arabidopsis thaliana a z tabákovej bunkovej kultúry...
|
|
|
Vliv modifikací rRNA na syntézu proteinů
Kročová, Eliška ; Pospíšek, Martin (vedoucí práce) ; Holá, Dana (oponent)
Ribosom je supramolekulární útvar, který zprostředkovává syntézu veškerých buněčných proteinů a je tedy nezbytný pro její život. To, že jsou některé nukleotidy ribosomální RNA modifikovány je známo už čtyřicet let. Teprve v dnešní době se však daří hlouběji studovat, jak jsou jednotlivé modifikace syntetizovány i to, jaký je jejich vliv na vznik a funkci ribosomu. Některé konkrétní nukleotidové modifikace mají význam při vzniku ribosomu (například m1 acp3 Ψ1191 SSU), u některých byl pozorován vliv na správnou funkčnost ribosomu (například Um2921, Gm2922, Ψ2923 LSU, m1 acp3 Ψ1191 SSU). Většina modifikovaných nukleotidů v eukaryotní rRNA je rozpoznávána malými jadérkovými RNA (snoRNA). Několik málo nukleotidů je však rozpoznáváno a následně modifikováno specifickými proteiny. Tyto proteiny hrají i zásadní roli ve zrání ribosomu. Předložená práce přehledně shrnuje současné znalosti o úloze nukleotidových modifikací v ribosomální RNA při vzniku, zrání a funkci ribosomu.
|
|
|
Cis a trans elementy uplatňující se v odezvě rostlin na sucho (se zvláštním zřetelem na regulaci fotosyntetických genů)
Panchártek, Daniel ; Holá, Dana (vedoucí práce) ; Feketová, Zuzana (oponent)
Abiotické stresory jako sucho, vysoká koncentrace soli či chlad dokážou velkou měrou ovlivnit vývoj a růst rostlin. Cis a trans elementy jsou jednou z možností, jak mohou rostliny regulovat svůj metabolismus v případě, kdy se jejich aktuální životní podmínky změní v nepříznivé. Tímto způsobem je indukována exprese řady genů, které nefungují pouze ve smyslu navození tolerance, ale i jako obecná odpověď na tyto stresory. Těchto dějů se účastní velká škála transkripčních faktorů a dalších trans faktorů, které se často vážou na specifické sekvence v promotorech - cis elementy. V posledních letech bylo provedeno mnoho prací na toto téma, sucho ale zůstává stále jednou z nejméně probádaných oblastí. Přesto byly popsány hlavní signální dráhy a komplexy kaskád směřující k regulaci exprese cílových genů. Některé z těchto cílových genů souvisejí s fotosyntetickým aparátem a jejich regulace může u rostlin stresovaných suchem výrazně ovlivnit účinnost fotosyntézy. Tato práce stručně popisuje hlavní cis a trans elementy rostlin uplatňující se v odezvě na sucho (se zvláštním zřetelem právě na regulaci fotosyntetických genů). Klíčová slova: sucho, genová exprese, cis-element, transkripční faktor, kyselina abscisová, fotosyntéza, promotor.
|
|
|
Molecular cytogenetic analysis of marker chromosomes and related abnormalities
Semanko, Adam ; Kočárek, Eduard (vedoucí práce) ; Holá, Dana (oponent)
Prvotné zameranie tejto diplomovej práce je na problematiku marker chromozómov a fenotypicky podobných polymorfizmov ľudského karyotypu, obzvlášť na varianty krátkych akrocentrických ramienok. Prvá polovica ponúka užitočný prehľad dosiaľ dostupnej literatúry zaoberajúcej sa rozdielnymi aspektmi sSMC a ľudských polymorfizmov ako je napr. ich chromozomálny pôvod, dedičnosť, asociovaný fenotyp, vznik a prehľad molekulárne cytogenetických metód, ktoré sú využívané v procese identifikácie spomínaných aberácií. Metodický dôraz je na metódu FISH a jej modifikácie (napr. M-FISH, acro M FISH, cen M-FISH) a na CGH. Hlavným cieľom bolo otestovať spomínané metódy a stanoviť ich limitácie a použitie. Preto v druhej polovici ponúka práca zhodnotenie bežne aplikovaných metód a predstavuje nové stratégie, ktorých implementácia by mohla zefektívniť identifikáciu prídavných chromozómov alebo translokácií satelitov. Všetky závery sú založené na analýzach 7 pacientov s sSMC a 4 pacientov s variantmi akrocentrických NOR regiónov, pričom boli výsledky preskúmania jednotlivých karyotypov porovnané s podobnými nálezmi v literatúre. V neposlednom rade sme sa pokúsili odhadnúť koreláciu medzi pozorovanými abnormalitami a typom príslušnej chromozómovej aberácie.
|
|
|
Inter- a intraspecifická variabilita v odezvě Vicia faba L. a Zea mays L. na nedostatek vody
Fridrichová, Lenka ; Holá, Dana (vedoucí práce) ; Zelenková, Sylva (oponent)
V této práci byly sledovány reakce rostlin na stres suchem a následnou obnovenou dostupnost vody. Práce měla rozšířit poznatky o reakcích na vodní deficit a především na následující obnovenou dostupnost vody z pohledu dvou rostlinných druhů s odlišným typem fotosyntézy, pozornost byla věnována především vnitrodruhovým rozdílům a tomu, zda a jak se mění v poststresové periodě ve srovnání s periodou sucha. Reakce rostlin byly sledovány prostřednictvím změn vybraných fotosyntetických, morfologických a vývojových charakteristik v průběhu šestidenního přerušení zálivky, po němž následovala šestidenní perioda obnovené optimální zálivky. Experimenty byly provedeny na rostlinách s odlišným typem fotosyntézy - C3 rostlině Vicia faba L a C4 rostlině Zea mays L., u každého rostlinného druhu byly sledovány tři odrůdy / genotypy. Odpověď obou rostlinných druhů na nedostatek vody byla odlišná v míře změn relativního obsahu vody (RWC), parametrů fluorescence chlorofylu, hmotnostech sušin jednotlivých listů (které se vyvíjely během stresové periody), vzájemném poměru hmotností sušiny nadzemní a kořenové části rostlinného těla. U stresovaných rostlin byla pozorována tendence k poklesu RWC, zvýšení minimálního výtěžku fluorescence chlorofylu a u listů v temnotně adaptovaném stavu (F0), obsahu fotosyntetických...
|
|
| |
|
|
Nepřekládané RNA v herpesvirové infekci
Pelák, Ondřej ; Holá, Dana (oponent) ; Drda Morávková, Alena (vedoucí práce)
MiRNA jsou endogenní krátké RNA, které jsou v eukaryotických organismech velice konzervované a tak se zdá, že jsou nezbytnou a evolučně starou součástí genové regulace. Význam miRNA je především ve specifické post-transkripční regulaci genové exprese. Některé viry dokázaly využít možností těchto malých RNA k regulaci vlastní genové exprese, nebo dokonce k regulaci hostitelské exprese a tím se vyhnout imunitní odpovědi na jejich přítomnost. Mezi tyto viry patří i čeleď Herpesviridae, jejíž jednotliví zástupci využívají miRNA k nejrůznějším účelům, od regulace jejich životních cyklů až po cílení hostitelských mRNA, čímž zabraňují translaci faktorů spojených s imunitní odpovědí na jejich přítomnost. Tato práce je zaměřena na biogenezi miRNA, její mechanismus, funkci a způsob jakým ji využívají jednotliví zástupci z čeledi Herpesviridae.
|
|
|
Genetická diverzita v genech důležitých pro přežití u koní
Vokatá, Barbora ; Hořín, Petr (vedoucí práce) ; Holá, Dana (oponent)
Genetic diversity is important for a species and/or population survival. Diseases represent a permanent threat for domestic, captive and wild animal populations. Therefore, genetic diversity in genes involved in resistance/susceptibility to infectious and other diseases is of great interest. In this study, microsatellites and single nucleotide polymorphisms (SNPs) in immunity-related genes were used as markers to describe genetic diversity of three different breeds of the domestic horse (Equus caballus): Camargue, Murgese and Icelandic horses. 30 microsatellite and 21 SNP markers developed in this laboratory were genotyped in all three populations by using direct sequencing and PCR-RFLP techniques, respectively. Intra-population characteristics as well as genetic distances among the populations were obtained using the Arlequin3.1software. Microsatellite analysis revealed similar genetic diversity in all three populations studied. Average observed heterozygosities (Ho) ranged from 0,683 of Icelandic horse to 0,715 of Murgese and the mean number of alleles (NA) varied form 6,37 of Murgese to 7,63 of Camargue. In Icelandic horse population 13 breed-specific alleles with a frequency _ 0,2 were found, suggesting a larger genetic heterogeneity of this breed. Similarly, genetic distances represented by the FTS...
|
|
| |
|
|
Analýza primárních fotosyntetických procesů u jehličnanů: srovnání vybraných metod a možné využití při studiu genetické variability
Palovská, Markéta ; Holá, Dana (vedoucí práce) ; Albrechtová, Jana (oponent)
Jehličnany jsou významné jak z ekologického, tak ze socioekonomického hlediska, výzkum některých oblastí jejich biologie však zaostává. Týká se to např. jejich genetiky a šlechtění a zčásti i fyziologie. Vzhledem k tomu, že při kvantitativně-genetických analýzách potřebných pro šlechtění je třeba hodnotit vždy mnoho vzorků, a také proto, že klasické metody měření jsou poměrně pracné, uvažuje se o využití některých parametrů popisujících např. aktivitu fotosyntetického elektron-transportního řetězce (ETC). Metod měření aktivity fotosyntetického ETC je sice celá řada, ale jejich použití na jehličnanech nese různé problémy. V této práci se zabývám touto problematikou z různých úhlů. V první části práce jsem srovnávala aktivity částí fotosyntetického ETC u 8 druhů jehličnanů pomocí analýzy fluorescence chlorofylu (Chl) na intaktních jehlicích a pomocí polarografického měření na izolovaných chloroplastech. Každá metoda měla jinou vypovídací hodnotu. V druhé části jsem měřila fluorescenci Chl, reflektanční spektra a obsahy pigmentů u 536 geneticky definovaných stromů Pinus sylvestris L. Odhalila jsem poměrně vysokou genetickou variabilitu i heritabilitu v řadě parametrů. Stanovila jsem také vhodnost použití řady reflektančních indexů pro odhad obsahu pigmentů a vody v jehlicích. V třetím bloku jsem optimalizovala...
|
host ::
RSS.