|
| |
|
|
Bioinformatic analysis of protein/DNA interactions
Božíková, Paulína ; Schneider, Bohdan (vedoucí práce) ; Hašek, Jindřich (oponent)
V této práci jsme analyzovali lokální strukturu DNA páteře v DNA vázané v kom- plexech s proteiny a volné DNA, a závislost lokální struktury na typu párování a na sekvenci. Za tím účelem jsme analyzovali přibližně 1400 krystalových struktur DNA v komplexech s proteiny a více než 400 krystalových struktur DNA nevázané v komplexech s proteiny. Lokální konformace DNA byly klasifikovány do 38 tříd dinukleotidových konformerů ntC popsaných dříve (Svozil et al. Nucleic Acids Res. 2008), které byly dále sdruženy do 16 klastrů strukturní abecedy ntA, aby- chom redukovali počet analyzovaných proměnných. Strukturní třídy ntA dinu- kleotidů tvořících páry bazí v dvoušroubovicích DNA byly uspořádány do tzv. Asociačních matic tak, že řádky a sloupce matic jsou označeny třídami ntA právě vázaných dinukleotidů. Analyzovali jsme tři základní matice. Dvě pro dinukleotidy vázané pouze do Watson-Crickových párů v protein/DNA komplexech, respektive v samotných DNA. Třetí matice byla sestrojena pro dinukleotidy vázané i jinými než Watson-Crickovými páry. Asociační matice jsme rovněž zkoumali v závislosti na sekvenci přispívajících dinukleotidů. Provedené analýzy ukazují rozdíly ve struk- turním chování různých...
|
|
|
Rekombinantní fragmenty protilátek
Král, Vlastimil ; Sedláček, Juraj (vedoucí práce) ; Pěknicová, Jana (oponent) ; Hašek, Jindřich (oponent)
6. ZÁvĚn Cílem této disertace bylo rozvinout v tuzemských podmínkách technologii příprav1, rekombinantních fragmentů protilátek a ověřit ce|ý postup na několika modelových monok|onálních protilátkách potenciálně využite|ných v diagnostice a terapii. Pro čtyři protilátky' mAb TU-20, M75, MEM97 a F||,2'32' byly zkonstnrovány rekombinantní fragmenty v ruzných formátech (scFv fragmenty monovalentní i bivalentní' tzv. diabody; intrabod)' pro intracelulámí expresi) a pro .iejich hetero|ogní expresi byly použity vektory umožňrrjícíexpresi vE. coli (ve ťormě c1,toplasmatíckých inkluzí' periplasmatických irrktuzí a v rozpustné formě) a v hmyzích 52 buňkách (exprese glykosylovaných ťorem scFv Ířagmentťr do nrédia). V případě exprese proteinťl v nerozpustne formě byly vyvinuty rel|aturačnípostupy pÍo získáni aktivních forem scFv fragmenhi. By| testován vliv délkylinkeru .(GlyaSer)". (kde x je I až4)spojujicího varíabilní doménu lehkého a těŽkého řetězce na vznik ruzných muItirnerních forem scFv. Jako optinrátní pro vznik pouze lrronon|emího scFv fragmentu se ukiizala déIka 20 arninokyse|in. ScFv s linkerem 15 arninokyse|in dlouhýn je srněsí mono-, di. a trimernich forern scFv, .;ejichž zastoupeni je ávislé na koncentraci scFv v roztoku (se vzrustajíci koncentrací vzrůstá množstvínásobných forem scFv, hlavně dimeru)....
|
|
|
Rekombinantní fragmenty protilátek
Král, Vlastimil ; Sedláček, Juraj (vedoucí práce) ; Pěknicová, Jana (oponent) ; Hašek, Jindřich (oponent)
6. ZÁvĚn Cílem této disertace bylo rozvinout v tuzemských podmínkách technologii příprav1, rekombinantních fragmentů protilátek a ověřit ce|ý postup na několika modelových monok|onálních protilátkách potenciálně využite|ných v diagnostice a terapii. Pro čtyři protilátky' mAb TU-20, M75, MEM97 a F||,2'32' byly zkonstnrovány rekombinantní fragmenty v ruzných formátech (scFv fragmenty monovalentní i bivalentní' tzv. diabody; intrabod)' pro intracelulámí expresi) a pro .iejich hetero|ogní expresi byly použity vektory umožňrrjícíexpresi vE. coli (ve ťormě c1,toplasmatíckých inkluzí' periplasmatických irrktuzí a v rozpustné formě) a v hmyzích 52 buňkách (exprese glykosylovaných ťorem scFv Ířagmentťr do nrédia). V případě exprese proteinťl v nerozpustne formě byly vyvinuty rel|aturačnípostupy pÍo získáni aktivních forem scFv fragmenhi. By| testován vliv délkylinkeru .(GlyaSer)". (kde x je I až4)spojujicího varíabilní doménu lehkého a těŽkého řetězce na vznik ruzných muItirnerních forem scFv. Jako optinrátní pro vznik pouze lrronon|emího scFv fragmentu se ukiizala déIka 20 arninokyse|in. ScFv s linkerem 15 arninokyse|in dlouhýn je srněsí mono-, di. a trimernich forern scFv, .;ejichž zastoupeni je ávislé na koncentraci scFv v roztoku (se vzrustajíci koncentrací vzrůstá množstvínásobných forem scFv, hlavně dimeru)....
|
|
|
Bioinformatic analysis of protein/DNA interactions
Božíková, Paulína ; Schneider, Bohdan (vedoucí práce) ; Hašek, Jindřich (oponent)
V této práci jsme analyzovali lokální strukturu DNA páteře v DNA vázané v kom- plexech s proteiny a volné DNA, a závislost lokální struktury na typu párování a na sekvenci. Za tím účelem jsme analyzovali přibližně 1400 krystalových struktur DNA v komplexech s proteiny a více než 400 krystalových struktur DNA nevázané v komplexech s proteiny. Lokální konformace DNA byly klasifikovány do 38 tříd dinukleotidových konformerů ntC popsaných dříve (Svozil et al. Nucleic Acids Res. 2008), které byly dále sdruženy do 16 klastrů strukturní abecedy ntA, aby- chom redukovali počet analyzovaných proměnných. Strukturní třídy ntA dinu- kleotidů tvořících páry bazí v dvoušroubovicích DNA byly uspořádány do tzv. Asociačních matic tak, že řádky a sloupce matic jsou označeny třídami ntA právě vázaných dinukleotidů. Analyzovali jsme tři základní matice. Dvě pro dinukleotidy vázané pouze do Watson-Crickových párů v protein/DNA komplexech, respektive v samotných DNA. Třetí matice byla sestrojena pro dinukleotidy vázané i jinými než Watson-Crickovými páry. Asociační matice jsme rovněž zkoumali v závislosti na sekvenci přispívajících dinukleotidů. Provedené analýzy ukazují rozdíly ve struk- turním chování různých...
|
|
| |
|
| |
|
|
Difrakční měření na zdrojích synchrotronového záření
Hašek, Jindřich
Článek dává přehled současného stavu využití různých zdrojů synchrotronového záření při zobrazování struktury biologických makromolekul a diskutuje další možný vývoj v proteinové krystalografii. Současné zkušenosti ukazují, že nově vyvíjené "malé zdroje intensivního záření " MIRROCLE and LYNCEAN potřebují pro praktické využití v biochemických laboratořích ještě dlouhý a obtížný vývoj. Tři XFEL zařízení budované v Japonsku, USA a Německu umožní rozvoj nových směrů ve vědě, které vhodně doplňují současnou struktuní analýzu proteinů prováděnou v současné době převážně na synchrotronech třetí generace. Vše nasvědčuje tomu, že zařízení vybavené moderními undulátory na synchrotronech třetí generace zůstanou plně dominantní metodou pro proteinovou krystalografii i v příštích desetiletích.
|
|
| |
|
| |
host ::
RSS.