|
|
Morphological and molecular diversity of the free-living representatives of the family Metopidae and the discovery of a new lineage of anaerobic ciliates
Rotterová, Johana ; Čepička, Ivan (vedoucí práce) ; Fiala, Ivan (oponent)
Anoxické sedimenty slouží jako životní prostředí mnohým nálevníkům. Přestože je známo, že anaerobióza vznikla nezávisle v několika liniích z 11 hlavních linií Ciliophora, a anaerobové byli nalezeni v nejméně osmi liniích nálevníků, diverzita anaerobních nálevníků třídy Armophorea je podstatně přehlížena. Podobně, jen velmi málo je známo o jejich hydrogenosomech. Abychom prohloubili vědomosti o diverzitě volně žijících zástupců třídy Armophorea, kultivovali jsme více než 100 armophoridních kmenů ze sladkovodních, brakických, i mořských anoxických sedimentů z celého světa. Stanovili jsme jejich SSU rDNA sekvence, provedli barvení protargolovou technikou, a studovali jejich morfologii ve světelné mikroskopii. Kromě toho jsme použili transmisní elektronovou mikroskopii pro posouzení ultrastruktury některých kmenů. Identifikovali jsme několik nových linií, které pravděpodobně představují nové druhy. Významnou součástí práce je objevení nové hluboké linie mořských anaerobních nálevníků - Muránů. Podle analýzy SSU rDNA se větví mezi třídami skupiny SAL (Spirotrichea, Armophorea a Litostomatea), ale tvoří samostatnou hlubokou linii, případně novou třídu. Došli jsme k závěru, že anoxické sedimenty ukrývají velkou diverzitu dosud nepopsaných anaerobních nálevníků. Klíčová slova: Anerobióza, Armophorea,...
|
|
|
Přenos a detekce račího moru v experimentálních podmínkách
Svoboda, Jiří ; Petrusek, Adam (vedoucí práce) ; Fiala, Ivan (oponent)
Aphanomyces astaci, původce račího moru, představuje jednu z nejzávažnějších hrozeb pro původní evropské druhy raků, mezi které patří například rak říční (Astacus astacus). Jediným dosud známým způsobem jejich ochrany proti této chorobě je zabránit rozšíření původce račího moru do zbývajících populací. Významným zdrojem nákazy je ve střední Evropě rak pruhovaný (Orconectes limosus), původem severoamerický druh raka, který může ve svých tkáních původce račího moru dlouhodobě hostit. V odborné literatuře se objevily různé hypotézy o časovém omezení šíření A. astaci ze severoamerických raků, například na období jejich úhynu či svlékání, dosud však bez věrohodné experimentální podpory. Cílem této práce bylo zejména testovat, zda je přenos A. astaci ze severoamerických raků omezen pouze na období jejich svlékání či úhynu. Za tímto účelem byly provedeny pokusy o přenos A. astaci, ve kterých jako zdroj infekce sloužili raci pruhovaní parazitovaní původcem račího moru a jako recipienti nenakažení raci pruhovaní či raci říční. Dosaženo bylo prvního relativně spolehlivě doloženého přenosu A. astaci na raka pruhovaného v experimentálních podmínkách. Celkově však snadněji docházelo k přenosu A. astaci na raky říční. Výsledky pokusů jednoznačně dokazují, že spory A. astaci se z raků pruhovaných mohou šířit i mimo období...
|
|
|
Metoda DNA barcodingu a její využití u protist
Rotterová, Johana ; Čepička, Ivan (vedoucí práce) ; Fiala, Ivan (oponent)
DNA barcoding je molekulární metoda identifikace druhů založená na krátkých úsecích sekvence DNA, které by měly být co nejvíce podobné u jedinců stejného druhu, a naopak se musí co nejvíce lišit mezi druhy. Tyto DNA barcody se pak mohou porovnávat se sekvencemi známých druhů v globální barcodové databázi. Metoda vznikla jako návrh pro zjednodušení tradiční taxonomie, eliminaci jejích problémů a zrychlení jejích postupů. DNA barcoding ovšem také podléhá různým omezením, která znemožňují uskutečnění jeho původních cílů a dodržení rámce konceptu. Cílem této práce je vyložit dosavadní vývoj a význam této metody, obzvláště u protist, u kterých jsou identifikace druhů některých skupin z mnoha různých důvodů složité. Ohodnotit tuto metodu jako celek je obtížné, jelikož tvorba databáze sekvencí zatím není dokončena a pro mnohé skupiny organismů zatím ani nebyly vybrány vhodné DNA barcodové sekvence. Zda se toto podaří, se ukáže až v průběhu času, v této práci se proto zaměřím pouze na faktory, které již nyní úspěšnost metody DNA barcodingu ovlivňují.
|
|
|
Kinetoplastida ptáků a krevsajících dvoukřídlých: molekulární charakterizace a životní cykly
Zídková, Lenka ; Svobodová, Milena (vedoucí práce) ; Fiala, Ivan (oponent) ; Modrý, David (oponent)
Studovali jsme biodiverzitu ptačích trypanosom. Pracovali jsme s nově získanými izoláty trypanosomatid z krevsajících ornitofilních dvoukřídlých (81) a z ptačích hostitelů (145). Pro zjišťování vztahů mezi jednotlivými izoláty jsme použili metodu RAPD a fylogenetické analýzy genů pro SSU rRNA a případně gGAPDH, 5S RNA či SL RNA. Pro doplnění výsledků fylogenetických analýz jsme použili i morfologické znaky, délky buňky a šířky kinetoplastu. Všechny izoláty získané z tiplíků se zařadily mezi jednohostitelská kinetoplastida. Popsali jsme nový druh i rod Sergeia podlipaevi izolovaný z tiplíků druhů Culicoides (Oecacta) festivipennis a C. (O.) truncorum. Úspěšně jsme tímto druhem nakazili laboratorně chovaného tiplíka jiného podrodu, Culicoides (Monoculicoides) nubeculosus. Izolát z tiplíka druhu Culicoides truncorum jsme popsali jako nový druh Herpetomonas trimorpha. Jeho sesterským druhem byl popsaný H. ztiplika popsaný dříve rovněž z tiplíků. Provedli jsme nejrozsáhlejší studii biodiverzity ptačích trypanosom založenou na porovnání širokého spektra izolátů získaných z různých hostitelů. Potvrdili jsme, že ptačí trypanosomy jsou polyfyletickou skupinou, tvořící v rámci rodu Trypanosoma tři nezávislé větve. Nalezli jsme nejméně 11 druhů ptačích trypanosom. Zjistili jsme, že mezi významné vektory...
|
|
| |
host ::
RSS.