|
|
Ribosomal protein Rpl22 regulates the splicing of its own transcripts
Nemčko, Filip ; Abrhámová, Kateřina (vedoucí práce) ; Müller-McNicoll, Michaela (oponent)
Kvasinka Saccharomyces cerevisiae patrí medzi organizmy s malým počtom intrónov, ktoré sa nachádzajú v približne 5% jej génov. Najdôležitejšou skupinou takýchto génov sú gény kódujúce ribozomálne proteíny. Tie sú okrem iného vysoko exprimované a častokrát kódované dvoma paralógmi. Parenteau s kolegami popísala intrón-dependentné intergénové regulačné obvody, ku ktorým dochádza medzi ribozomálnymi paralógmi a ktoré kontrolujú pomery ich expresie. V tejto práci sa nám nepodarilo potvrdiť prítomnosť takýchto obvodov u 6 zo 7 testovaných párov paralógov. Jedinou funkčnou je regulácia u RPL22 paralógov. Ukázali sme, že Rp22 proteín blokuje pre-mRNA zostrih oboch RPL22 paralógov, avšak prednostne RPL22B. Proteín Rpl22 to sprostredkováva väzbou na sekundárnu štruktúru v RPL22B intróne, pričom mutácia RNA-väzbovej domény proteínu Rpl22 vedie k strate väzby. Takáto sekundárna štruktúra a väzba na ňu je zachovaná aj v kvasinke Kluyveromyces lactis, ktorá obsahuje iba jednu kópiu RPL22 génu. Výsledky tejto práce vedú k lepšiemu porozumeniu intergénovej regulácie, ku ktorej dochádza medzi funkčne odlišnými RPL22 paralógmi. Kľúčové slová intróny, gény ribozomálnych proteínov, Rpl22, RPL22 paralógy, zostrih pre-mRNA, Saccharomyces cerevisiae
|
|
|
Role of the ubiquitin-like protein, Hub1, in the pre-mRNA splicing regulation
Hubáčková, Tereza ; Abrhámová, Kateřina (vedoucí práce) ; Krchňáková, Zuzana (oponent)
Sestřih je klíčovým krokem eukaryotické genové exprese, a stejně tak jako ostatní kroky tohoto životně důležitého procesu, musí být pevně regulován. Protein Hub1 je proteinem podobným ubiquitinu, který nekovalentně interaguje se spliceosomovými proteiny Snu66 a Prp5 ATPázou. Podle navrženého modelu nízká hladina proteinu Hub1 stimuluje ATPázovou aktivitu Prp5 proteinu dostatečně pro sestřih optimálních sestřihových míst, ale už ne pro sestřih suboptimálních míst. Nicméně vysoká hladina Hub1 proteinu je dostatečná pro stimulaci Prp5 ATPázy pro sestřih obou typů sestřihových míst. Jelikož sestřih suboptimálních substrátů může generovat jako vedlejší produkt aberantně sestřižené transkripty, přílišná aktivita proteinu Hub1 by mohla být pro buňku škodlivá. Před rizikem hyperaktivního proteinu Hub1 chrání buňku negativní zpětnovazebná smyčka regulující hladinu Prp5 ATPázy. Tato smyčka je proteinem Hub1 indukována. Navíc Hub1 protein reguluje alternativní sestřih genu SRC1 Saccharomyces cerevisiae a zajišťuje tak náležitou rovnováhu jeho produktů.
|
|
| |
|
|
Identification and characterization of proteins interacting with plant formins
Houšková, Anežka ; Cvrčková, Fatima (vedoucí práce) ; Abrhámová, Kateřina (oponent)
Fominy jsou evolučně konzervované protein, účastnící se organizace aktinového a mikrotubulárního cytoskeletu, ovlivňují tedy intracelulární transport, buněčný růst, morfogenezi a buněčnou polaritu. Všechny forminy obsahují doménu FH2, která je známá pro svou vlastnost tvořit dimery a nukleovat aktin. Cévnaté rostliny mají dvě forminové evoluční větve, třídu I a třídu II, které se liší doménovou organizací. Na základě znalostí živočišných modelů a homologie proteinových sekvencí byly navrženy dvě skupiny membránově-asociovaných proteinů jako interaktoři forminů v huseníčku (Cvrčková, 2013). První skupina kandidátů zahrnuje proteiny s FYVE doménou: FAB1A (At4g33240) a FAB1B (At3g14270), druhá skupina zahrnuje tři proteiny s doménami BAR a SH3: AtSH3P1 (At1g31440), AtSH3P2 (At4g346600) a AtSH3P3 (At4g18060). Kvasinkový dvouhybridní systém byl použit na testování proteinových interakcí vybraných proteinů z obou skupin kandidátních interakčních partnerů (FAB1A, SH3P2 a SH3P3) spolu s FH2 doménami z obou tříd rostlinných forminů. Stejný experimentální systém byl použit na testování dimerizace mezi FH2 doménami rostlinných forminů. Translační fúze FH2 domén z forminové třídy I reprezentované AtFH1 (At3g25500), AtFH5 (At5g54650), AtFH8 (At1g70140) a z třídy II reprezentované AtFH13 (At5g58160) a AtFH14 (At1g31810)...
|
|
|
Gene expression regulation of ribosomal protein genes
Nemčko, Filip ; Abrhámová, Kateřina (vedoucí práce) ; Vopálenský, Václav (oponent)
Kvasinka Saccharomyces cerevisiae produkuje za normálnych podmienok približne 2000 ribozómov za minútu. Produkcia ribozomálnych proteínov je rozsiahla - odhadom predstavuje až 50% celkovej transkripcie prevádzanej RNA polymerázou II a 90% celkového zostrihu pre-mRNA v bunkách. Expresia génov ribozomálnych proteínov je koordinovaná, čím zabezpečuje ekvimolárne množstvo jednotlivých ribozomálnych proteínov. Regulácia prebieha prevažne na úrovni transkripcie, avšak rôznorodá post- transkripčná regulácia je potrebná pre odstránenie fluktuácie koncentrácií jednotlivých ribozomálnych proteínov, a teda pre ich stoichiometrickú vyváženosť. Prevládajúcou je regulácia závislá na intrónoch, ktorá okrem vyvažovania jednotlivých ribozomálnych proteínov zabezpečuje ich rýchlu reguláciu (represiu) v odpovedi na enviromentálny stres. KĽÚČOVÉ SLOVÁ gény pre ribozomálne proteíny, RPG, ribozomálne proteíny, regulácia génovej expresie, koregulácia, Saccharomyces cerevisiae
|
|
|
Mer1 a Nam8 v regulaci sestřihu.
Marková, Michaela ; Abrhámová, Kateřina (vedoucí práce) ; Stejskalová, Eva (oponent)
Proteiny Mer1 a Nam8 vzájemnou kooperací aktivují sestřih čtyř specifických pre-mRNA genů: AMA1, MER2, MER3 a SPO22 potřebných pro meiotickou rekombinaci a jaderné dělení. Exprese těchto genů se v rámci buněčného cyklu nemění, ale k efektivnímu sestřihu jejich pre-mRNA dochází pouze v průběhu meiózy, protože pouze v meiotických buňkách je exprimován protein Mer1, který usnadňuje jejich sestřih. Všechny tyto pre-mRNA obsahují nekonsensuální 5'sestřihové místo (5'splice site, 5'ss), které je ve srovnání s konsensuální sekvencí hůře rozpoznatelné pro podjednotkou spliceosomu U1 snRNP. Na pre-mRNA těchto genů se nachází enhancerová oblast v blízkosti 5'ss, na kterou se váže Mer1p, jenž zefektivňuje vyvazování U1 snRNP. Mer1p spolupracuje prostřednictvím dalších proteinů s Nam8p, který je součástí U1 snRNP. Nam8p se váže na pre-mRNA downstream od 5'ss v blízkosti enhancerové oblasti. Mer1p a Nam8p společně usnadňují sestavování spliceosomu na nekonsensuálním 5'ss a následně sestřih pre-mRNA.
|
|
|
Role proteinu Prp45 v expresi a zrání mRNA
Abrhámová, Kateřina ; Půta, František (vedoucí práce) ; Pichová, Alena (oponent) ; Janderová, Blanka (oponent)
Souhrn Prp45p ze Saccharomyces cerevisiae a Snw1p ze Schizosaccharomyces pombe jsou pro eukaryotní buňku nepostradatelné proteiny, které vykazují vysoký stupeň homologie se savčím transkripčním regulátorem a nestřihovým faktorem SNW/SKIP. Analyzovali jsme esenciální funkci těchto proteinů v obou kvasinkách a nalezli mutaci (prp45(1-169)), která u mutantního kmen s odpovídající chromozomální delecí způsobuje citlivost vůči vyšší kultivační teplotě a hypersenzitivitu vůči cykloheximidu, hydroxymočovině, látce calcofluor white a inhibitorům polymerizace mikrotubulů. Při kultivaci ve 30řC jsou tyto kvasinky často prodloužené, deformované a větší než wt. Po synchronizaci ve 37řC zastavují kvasinky prp45(1-169) svůj růst s dvojnásobným obsahem DNA. Zjistili jsme, že teplotní senzitivita kmene prp45(1-169) není překonána a hypersenzitivita vůči mitotickým jedům je jen částečně potlačena odstraněním intronu z genu TUB1. To odlišuje prp45(1-169) od těch mutant v sestřihových faktorech, jež vykazují na tubulinu závislý blok v G2/M fázi, který může být překonán pomocí verze tub1 bez intronu . Pomocí analýzysestřihu in vitro jsme zjistili, že sestřih optimálních substrátů není narušen. Porovnávali jsme stabilitu a obsah RNA mezi prp45(1-169) a wt kvasinkami při různých teplotách pomocí microarray analýzy. Expresi a...
|
|
| |
host ::
RSS.