|
|
Analýza genové exprese kolorektálního karcinomu detekované cDNA mikročipy pomocí kombinace různých vyhodnocovacích přístupů
Jansová, E. ; Krontorád, P. ; Svoboda, Z. ; Koutná, I. ; Pavlík, T. ; Kozubek, Michal ; Jarošová, M. ; Žaloudík, J. ; Kozubek, Stanislav
Tato práce je zaměřená na porovnání genové exprese kolorektálního karcinomu a zdravé epiteliální tkáně tlustého střeva pomocí Human 1.7K cDNA mikročipů a identifikace genů se změněnou expresí v nádorové tkáni. Tato studie byla provedena na 12 pacientech s nádorem tlustého střeva. Pro zajištění důvěryhodnosti dat byla analýza cDNA microarray provedena kombinací několika programů pro analýzu obrazu a statistických metod. Výsledkem této analýzy byla identifikace 22 genů se změněnou expresí v nádorové tkáni oproti zdravému epitelu. Pomocí hierarchického klastrování byla provedena klasifikace pacientů s kolorektálním karcinomem podle výskytu metastáz v lymfatických uzlinách a bylo detekováno 6 genů, které by mohly sloužit jako potenciální metastatické markery.
|
|
|
Dynamika pohybu a umlčování transgenních lokusů HP1 v živých buňkách
Ondřej, Vladan ; Kozubek, Stanislav ; Lukášová, Emilie ; Matula, Pa. ; Matula, Pe. ; Kozubek, Michal
Na živých buňkách byla studována jaderná lokalizace a pohyblivost transgenních lokusů barvených Cy3. Pozorování ukázala výskyt několika kopií transgenů v každém buněčném jádře. Většina kopií byla lokalizována v centrometrickém heterochromatinu definovaném HPlbeta-GFP fúzním proteinem, menšina kopií v euchromatinu. Sledování lokusů prokázalo jejich omezený difúzní pohyb v krátkém časovém rozmezí. Během dlouhodobého sledování HP1beta domén a transgenních lokusů jsme zjistili, že ve většině případů proximita těchto objektů klesá v čase. Změny v pozici HP1 domén byly velmi malé, ale transgenní lokusy vykazovaly pohyb směrem k relevantní HP1 doméně. Naše data podporují myšlenku, že buněčná jádra se skládají z několika oddělených výše organizovaných kompartmentů. Geny se uvnitř těchto kompartmentů přemísťují, což je v konečném důsledku spojeno se změnami jejich exprese.
|
|
|
Kolokalizace PML tělísek a PML/RARa mikroohnisek s utlumenými a aktivovanými genetickými lokusy a změny struktury chromatinu u APL leukemických buněk
Falk, Martin ; Lukášová, Emilie ; Faretta, M. ; Dellino, I. ; Kozubek, Stanislav ; Pellici, G. I. ; Kozubek, Michal ; Rochi, M.
Akutní promyelocytární leukémie (APL) je asociována s reciprokou translokací mezi geny PML a RARa; mechanismus patogeneze této choroby není nicméně doposud objasněn. V tomto článku ukazujeme, že fúzní protein PML/RARa kolokalizuje v jádře s lokusy obsahujícími klastry genů, umlčenými tímto proteinem, přičemž vazba PML/RARa k těmto lokusům je následně doprovázena lokální kontrakcí chromatinu. Léčba leukemických buněk pomocí all-trans kyseliny retinové (ATRA) vede naopak k rekonstituci PML tělísek a dekondenzaci chromatinu na původní hodnoty pozorované u zdravých buněk. Na základě těchto výsledků navrhujeme a diskutujeme mechanistický model utlumení genové exprese u APL, spočívající v silné vazbě histonových deacethylas (HDAC) k umlčovaným lokusům prostřednictvím represivního komplexu stabilizovaného fúzní chimérou PML/RARa.
|
|
| |
|
|
Methylace histonu H3K9 v lidských krevních buňkách a v granulocytech pacientů s myeloidní leukemií
Lukášová, Emilie ; Falk, Martin ; Kořistek, Z. ; Kozubek, Stanislav ; Grigoryev, S. ; Kozubek, Michal ; Ondřej, Vladan ; Kroupová, I.
v Antigenní markery heterochromatinických proteinů, které jsou běžně přítomny v jádrech lidských progenitorových buněk CD34+, diferencovaných lymfocytů a monocytů, nejsou přítomny v jádrech neutrofilních a ve značném rozsahu rovněž eosinofilních granulocytů. V granulocytech pacientů s akutní CML a AML byly detekovány všechny isoformy HP1 a silná metylace histonu H3K9. V chronických formách CML nebyla nalezená žádná silná korelace mezi hladinou metylace histonu H3, progresí choroby a způsobem léčby. Naprogramování leukemických buněk HL-60 na terminální diferenciaci pomocí retinové kyseliny nemělo za následek eliminaci metylace histonu H3 a absenci isoforem HP1 proteinu v diferencovaných granulocytech. Naše výsledky jsou první, které ukazují, že metylace histonu H3K9 může být dramaticky změněna v průběhu normální buněčné diferenciace.
|
host ::
RSS.