|
|
Cytologická studie modelů DNA metylace a metylace histonů u lidských buněčných linií
Skalníková, M. ; Bártová, Eva ; Kozubek, Stanislav ; Kozubek, Michal
Epigenetické procesy jsou definovány jako dědičné změny ve funkcích genomu, které nastávají bez změny v primární sekvenci DNA. Genová exprese, chromozomová segregace, DNA replikace, reparace a další rekombinantní děje neprobíhají pouze na samotné molekule DNA, ale také na chromatinovém templátu. DNA metylace společně s metylací histonů na lysinových zbytcích představují rámcový vztah pro dlouhodobé epigenetické udržovací mechanismy regulace genové exprese.Objevy, že enzymy mohou reorganizovat chromatin do tzv. „otevřené“ a „neotevřené“ konfigurace odhalují více epigenetické mechanismy, které podstatně rozšiřují informaci potencionálního histonového kódu. U živočichů je heterochromatin charakterizován metylací CpG ostrůvků na molekule DNA a metylací lysinu 9 na histonu H3 (H3-K9), zatímco euchromatin je spojován s metylací lysinu 4 na histonu H3 (H3-K4).
|
|
|
Klastrování genů s podobným regulačním mechanismem během monocytární a garanulocytární diferenciace buněk HL-60
Koutná, I. ; Faltýsková, E. ; Krontorád, P. ; Svoboda, Z. ; Pavlík, T. ; Bártová, Eva ; Kozubek, Michal ; Kozubek, Stanislav
V předkládané studii byly pomocí vysokokapacitních cDNA čipu obsahujících 19,000 sekvencí, provedeny studie expresních profilů promyelotických leukemických buněk HL-60 diferencujících do monocytů (MD) a granulocytů (GD). Jako diferenciační činidlo pro monocytární diferenciaci bylo použito TPA (12-O-tetradecanoylphorbol-D-acetate) a pro granulocytární proces DMSO. Studiem expresních profilů bylo zjištěno že v průběhu MD signifikantně měnilo expresi 4625 genů a v průběhu GD 4760 genů. Geny obou diferenciací byly rozděleny do podle typu kinetiky s jakou se účastní diferenciace do tzv. R-skupin. Bylo zjištěno, že geny z jednotlivých R-skupin nejsou nenáhodně rozprostřeny na chromosomových teritorií, ale formují na chromosomech klastry. Skupiny genu s podobnou kinetikou regulace tedy můžeme najít na chromosomech blízko sebe.
|
|
|
Dynamika pohybu a umlčování transgenních lokusů HP1 v živých buňkách
Ondřej, Vladan ; Kozubek, Stanislav ; Lukášová, Emilie ; Matula, Pa. ; Matula, Pe. ; Kozubek, Michal
Na živých buňkách byla studována jaderná lokalizace a pohyblivost transgenních lokusů barvených Cy3. Pozorování ukázala výskyt několika kopií transgenů v každém buněčném jádře. Většina kopií byla lokalizována v centrometrickém heterochromatinu definovaném HPlbeta-GFP fúzním proteinem, menšina kopií v euchromatinu. Sledování lokusů prokázalo jejich omezený difúzní pohyb v krátkém časovém rozmezí. Během dlouhodobého sledování HP1beta domén a transgenních lokusů jsme zjistili, že ve většině případů proximita těchto objektů klesá v čase. Změny v pozici HP1 domén byly velmi malé, ale transgenní lokusy vykazovaly pohyb směrem k relevantní HP1 doméně. Naše data podporují myšlenku, že buněčná jádra se skládají z několika oddělených výše organizovaných kompartmentů. Geny se uvnitř těchto kompartmentů přemísťují, což je v konečném důsledku spojeno se změnami jejich exprese.
|
|
| |
host ::
RSS.