|
|
Analýza kvantitativních a kvalitativních genetických znaků v patogenezi hereditárních forem solidních nádorů.
Zemánková, Petra ; Kleibl, Zdeněk (vedoucí práce) ; Živný, Jan (oponent) ; Tichý, Boris (oponent)
Nádorová onemocnění patří mezi druhou nejčastější příčinu úmrtí v ČR. Nosiči mutací v genech predisponujících k dědičné formě onemocnění tvoří malou, ale klinicky velmi významnou skupinu vysoce rizikových osob. V současné době jsou známy desítky predispozičních genů pro vznik hereditárních nádorových syndromů, pro jejichž analýzu se cílené sekvenování nové generace (NGS) stalo metodou první volby. NGS umožňuje rapidní zrychlení určení příčinné mutace v oblasti diagnostiky hereditárních nádorových syndromů. K identifikaci mutací v genech predisponujících ke vzniku dědičných nádorových onemocnění jsme navrhli analýzu pomocí panelového NGS včetně bioinformatického zpracování, které umožňuje spolehlivou identifikaci jednonukleotidových záměn, krátkých inzercí/delecí i rozsáhlých intragenových přestaveb. Bioinformatické postupy, popsané v této dizertační práci, jsme následně využili k validaci panelového NGS, ale i pro identifikaci alterací v konkrétních genech, která umožnila nalézt jejich doposud nepopsané asociace s dědičnými nádorovými onemocněními. Bioinformatické analýzy se staly základem pro jednotné zpracování rozsáhlých souborů dat z CZECANCA konsorcia a umožňují konstrukci frekvenční databáze variant, která slouží pro zlepšení klinické diagnostiky nádorové predispozice u pacientů v ČR....
|
|
|
Identification and Characterization of Genetic Aberrations in Acute Childhood Leukemia
Lukeš, Julius ; Kubričanová Žaliová, Markéta (vedoucí práce) ; Machová Poláková, Kateřina (oponent) ; Živný, Jan (oponent)
Dětské akutní leukémie jsou geneticky komplexní poruchy hematopoézy. U většiny pacientů se vyskytují rekurentní či náhodné aberace, jejichž pečlivá funkční charakterizace je zásadní pro pochopení role, kterou hrají v procesu leukemogeneze. Naším cílem byla identifikace a charakterizace genetického pozadí dvou leukemických entit. Transientní myeloproliferativní porucha (TMD) je preleukémie, která postihuje 10% novorozenců s Downovým syndromem. Trisomie 21 chromozomu a in-utero získané mutace v genu GATA1 jsou kauzální pro vznik TMD a společně představují ideální "více-zásahový" model leukemogeneze. Zaměřili jsme se na zkoumání alternativního mechanismu vzniku TMD bez účasti trisomie 21. U jedinečného případu TMD jsme jako potenciálně spouštěcí aberace popsali nové delece v genech GATA1 a JAK1. Delece D65_C228 v GATA1 způsobuje tvorbu poškozené izoformy, u níž se předpokládá ztráta transaktivační schopnosti a rovněž částečná ztráta vazby ke specifickým vazebným místům v DNA, což může stačit ke spuštění TMD. Námi provedená podrobná charakterizace delece F636 v JAK1 zpochybňuje význam této aberace pro patogenezi TMD. Analýza signalizace JAK/STAT odhalila pokles kinázové aktivity po ztrátě F636. Růst buněk Ba/F3, které vytvářejí poškozený JAK1, je závislý na cytokinech, podobně jako je tomu u buněk...
|
|
|
Výživová doporučení při chemoterapii
Balcarová, Kateřina ; Maruna, Pavel (vedoucí práce) ; Živný, Jan (oponent)
Tato bakalářská práce za zabývá tématem výživových doporučení při chemoterapii. Cílem bylo zjistit, v jakém rozsahu nežádoucí účinky chemoterapie ovlivňují příjem stravy onkologického pacienta. Dalším cílem bylo zhodnotit informovanost onkologických pacientů podstupujících chemoterapii o výživových doporučeních, pomocí kterých lze nežádoucí účinky chemoterapie ovlivnit. A také posoudit, zda je využívají a z jakého zdroje pacienti tato výživová doporučení čerpají. Posledním cílem bylo shromáždit informace o léčbě onkologického onemocněním, se zaměřením na léčbu chemoterapií, o možných nežádoucích účincích chemoterapie a o výživových doporučeních k ovlivnění těchto nežádoucích účinků. Sběr potřebných dat probíhal v roce 2021, konkrétně v lednu a únoru. Data byla získána pomocí nestandardizovaného, anonymního dotazníku, který byl předáván dospělým onkologickým pacientům podstupujícím chemoterapii, v ambulanci onkologického oddělení v Nemocnici Jablonec nad Nisou. Dotazníky byly vybírány následující den, kdy pacient přicházel na plánované podání chemoterapie. Kritériem pro účast ve výzkumu bylo podstoupení chemoterapie v rozmezí předchozích 3 měsíců. Celkový výzkumný soubor se skládal z 37 pacientů, zapojilo se 20 žen a 17 mužů. Výzkum byl zaměřen především na vztah mezi chemoterapií a výživou, proto...
|
|
|
Expression and function of cellular prion protein in blood cells
Glier, Hana ; Holada, Karel (vedoucí práce) ; Živný, Jan (oponent) ; Rusina, Robert (oponent)
Buněčný prionový protein (PrPc) je nezbytný pro patogenezi neurodegenerativních prionových onemocnění. V současné době jsou známy čtyři případy přenosu variantní Creutzfeldt-Jakobovy choroby krevní transfuzí. Objasnění vlastností a množství PrPc na krevních buňkách je předpokladem pro vývoj testu pro detekci prionových chorob v krvi. Průtoková cytometrie představuje potenciální detekční metodu, nicméně výsledky studií zabývajících se množstvím PrPc na lidských krevních buňkách jsou rozporuplné. V této práci jsme ukázali, že většina PrPc v klidových destičkách se nachází intracelulárně a je přítomna v α-granulích. Lidské destičky a červené krvinky nesou významné množství PrPc a mohou tak hrát roli při přenosu prionů krevní transfuzí. Naše výsledky naznačují, že PrPc na červených krvinkách je modifikován. Podobná modifikace patologického prionového proteinu by mohla ovlivnit detekci prionových chorob v krvi. Dále jsme ukázali, že skladování krve před vlastní analýzou a výběr prionových protilátek výrazně ovlivňuje detekci PrPc metodou průtokové cytometrie, a že destičkový satelitismus ovlivňuje detekci PrPc na krevních buňkách. Prokázali jsme, že část PrPc přítomná na leukocytech cynomolgus monkey (Macaca fascicularis) je s buňkami volně asociovaná a uvolní se během izolace buněk. Dále jsme studovali...
|
|
|
Vztah koncentrace vybraných markerů zánětu a endotelové dyskunkce k předčasnému porodu a fetálnímu zánětu
Koucký, Michal ; Hájek, Zdeněk (vedoucí práce) ; Krofta, Ladislav (oponent) ; Živný, Jan (oponent)
Dizertační práce je zaměřena na úlohu zánětu v patogenezi předčasného porodu. V první části práce jsme se popsali současný náhled na patofyziologii předčasného porodu. V druhé části jsme se zabývali hodnocením vztahu vybraných markerů zánětu a endotelové dysfunkce k předčasnému porodu a fetální zánětlivé odpovědi. Nejvýznamnějšími zjištěními naší práce bylo snížení hladin matrixmetaloproteinázy-2 ( MMP-2 ) a snížení hladin sRAGE ve skupině žen s předčasným porodem proti kontrolní skupině těhotných. Podobně jsme prokázali snížení hladin MMP-2 u žen s následně diagnostikovanou fetální zánětlivou odpovědí. sRAGE je současnosti řazen mezi patttern recognition receptors. V případě sRAGE jsme navázali na výsledky našeho pilotního projektu, kdy lze předpokládat, že za jeho nízkými hladiny stojí konzumpce produkty poškození tkání. Potvrdili jsme tak, že hraje důležitou roli v patogenezi předčasného porodu. U MMP-2 předpokládáme abnormální regulační mechanismy tvorby tohoto enzymu. V obou případech bude však potřeba dalších prací k osvětlení funkčního významu našich výsledků.
|
|
|
Genový polymorfismus Th1/Th2 cytokinů u pacientek s děložní myomatózou
Sosna, Ondřej ; Kužel, David (vedoucí práce) ; Živný, Jan (oponent) ; Novotný, Zdeněk (oponent)
Úvod: Děložní myom (leiomyom) je nejčastěji se vyskytujícím nezhoubným nádorem v oblasti ženského genitálního traktu a představuje nejčastější indikaci k provedení hysterektomie. Jeho etiologie však stále zůstává neznámá. V posledních letech jsou podrobněji zkoumány genetické faktory podílející se na vzniku děložních myomů. Cílem naší práce bylo najít možné genetické faktory použitelné jako prognostický marker k evaluaci zvýšeného rizika vzniku tohoto onemocnění. Metodika: Do studie jsme zařadili 102 pacientek s děložními myomy, jako kontrolní skupina sloužil soubor 145 zdravých žen. Všem těmto ženám bylo provedeno ultrazvukové vyšetření malé pánve a odebrán vzorek nesrážlivé krve. Ve skupině pacientek s děložním myomem následovala vždy po zvolené operační intervenci histologická verifikace nálezu. Princip detekce polymorfismů cytokinových genů byl založen na jednoduché PCR reakci s využitím sekvenčně specifických primerů. Výsledky: Porovnali jsme široké spektrum SNP (z angl. single nucleotide polymorphisms) TH2/Th2 cytokinových genů celého souboru pacientek s kontrolním souborem. Frekvence většiny testovaných SNP nedosáhla u pacientek statisticky významného rozdílu. Našli jsme však zajímavý rozdíl v distribuci genotypů promotoru genu pro IL-4. Genotyp CC v pozici - 590 a -33 byl zastoupen u pacientek s...
|
|
|
Markery transplantační tolerance po transplantaci ledviny
Krepsová, Eva ; Viklický, Ondřej (vedoucí práce) ; Krejčí, Karel (oponent) ; Živný, Jan (oponent)
Pro dlouhodobé přijetí transplantované ledviny je zatím nezbytná dlouhodobá účinná imunosuprese, která však s sebou nese řadu nežádoucích účinků. Naopak, při její nedostatečnosti hrozí rejekce a selhání funkce štěpu. Proto se hledají nové biomarkery, které by odrážely imunologický stav pacienta, a umožnily by tak individualizovat imunosupresivní léčbu. Prokázali jsme, že pacienti po transplantaci ledviny po indukci králičím anti-thymocytárním globulinem (rATG) či basiliximabem měli snížený výskyt akutní rejekce 3 měsíce po transplantaci. Po rATG došlo v periferní krvi příjemců k hluboké depleci T a NK lymfocytů a poklesu exprese genů výhradně exprimovaných těmito buňkami zároveň s výraznou expanzí regulačních T lymfocytů (Treg) v CD4+ kompartmentu. Indukce rATG byla dále krátce po transplantaci spojena se zvýšením dvou transkriptů asociovaných s rejekcí (MAN1A1 a TLR5). Po indukci basiliximabem jsme v krvi přechodně detekovali CD4+CD25low/-FoxP3+ populaci současně s vymizením CD4+CD25+FoxP3+ Treg. Absolutní počty CD4+FoxP3+ Treg po basiliximabu byly přechodně zvýšené a tato léčba byla také spojená s vyšší expresí genů FOXP3 a TCAIM. Dále jsme pozorovali vyšší poměr CD4+FoxP3+ Treg k CD8+CD45RA+CD62L- efektorovým T lymfocytům v potransplantačním období u pacientů s indukcí basiliximabem, kteří během...
|
|
|
Vlastnosti specifických protilátek prionových chorob a možnosti jejich využití
Šafaříková, Eva ; Holada, Karel (vedoucí práce) ; Mareš, Michael (oponent) ; Živný, Jan (oponent)
Souhrn Transmisivní spongiformní encefalopatie (TSE) jsou neurodegenerativní onemocnění charakterizovaná ukládáním patologické formy prionového proteinu (PrPTSE ) v mozku. V současnosti je PrPTSE jediný specifický biochemický marker lidských a zvířecích TSE. Laboratorní diagnostika je založena na průkazu rezistentního jádra PrPTSE (PrPres) po štěpení vzorku mozkového homogenátu proteinázou K. PrPres je posléze detekován pomocí western blotu nebo imunometodami. Obě metody jsou však obtížně standardizovatelné, časově náročné a nejsou schopné zachytit k proteolytickému štěpení senzitivní formy PrPTSE . V této práci jsme se zaměřili na přípravu nového typu testů založených na průkazu PrPTSE bez nutnosti štěpení proteinázou K či jiným enzymem. Působením glukózy a jiných redukujících cukrů v organismu vzniká spektrum produktů zvaných koncové produkty glykace. Vzhledem k dlouhodobému ukládání prionových depozit v mozku dochází ke glykaci i u PrPTSE . Detekce glykovaného PrPTSE by tak mohla sehrát roli diagnostického markeru. V rámci první části studie jsme se zaměřili na přípravu monoklonálních protilátek specifických pro glykovaný prionový protein. Připravili jsme bakteriálně exprimovaný rekombinantní lidský prionový protein (rhPrP). Na rhPrP jsme působili kyselinou glyoxalovou za vzniku karboxymethyl...
|
|
|
The Role of Cellular Prion Protein in Erythroid Differentiation
Panigaj, Martin ; Holada, Karel (vedoucí práce) ; Živný, Jan (oponent) ; Rusina, Robert (oponent)
3 Abstrakt Buněčný prionový protein (PrPC ) je evolučně konzervovaný protein, exprimovaný na povrchu buněk různého původu. Přestože PrPC hraje zásadní roli v patogenezi neurodegenerativních chorob, jeho fyziologická funkce zůstává neznáma. Prionové choroby jsou charakteristické dlouhou dobou latence, během které nejsou diagnostikovatelné žádnou konvenční metodou. Krev by mohla být ideálním materiálem pro vývoj takových testů, bohužel vlastnosti PrPC na krevních buňkách a jeho funkce není dosud spolehlivě vysvětlena. Naše práce ukázala, že jednotlivé lidské červené krvinky exprimují pouze malé množství PrPC , ale vzhledem k počtu erytrocytů v krvi představuje tento protein většinu PrPC vázaného na krevní buňky. Na základě našich dat usuzujeme, že PrPC na povrchu erytrocytů je unikátně modifikován. Podobná modifikace by v případě patologického PrP mohla znesnadňovat diagnostiku prionových chorob z krve. Je prokázáno, že v průběhu prionových onemocnění dochází k deregulaci transkripce erytroidních genů a že PrP-/- myši mají oslabenou odpověď vůči experimentálně navozené anémii. Pro objasnění úlohy PrPC v erytropoéze jsme proto sledovali jeho expresi u myších erytroidních prekursorů in vitro i in vivo. Prokázali jsme, že v průběhu diferenciace buněk dochází k regulaci povrchové exprese PrPC na erytroidních...
|
|
|
Identification and Characterization of Genetic Aberrations in Acute Childhood Leukemia
Lukeš, Julius ; Kubričanová Žaliová, Markéta (vedoucí práce) ; Machová Poláková, Kateřina (oponent) ; Živný, Jan (oponent)
Dětské akutní leukémie jsou geneticky komplexní poruchy hematopoézy. U většiny pacientů se vyskytují rekurentní či náhodné aberace, jejichž pečlivá funkční charakterizace je zásadní pro pochopení role, kterou hrají v procesu leukemogeneze. Naším cílem byla identifikace a charakterizace genetického pozadí dvou leukemických entit. Transientní myeloproliferativní porucha (TMD) je preleukémie, která postihuje 10% novorozenců s Downovým syndromem. Trisomie 21 chromozomu a in-utero získané mutace v genu GATA1 jsou kauzální pro vznik TMD a společně představují ideální "více-zásahový" model leukemogeneze. Zaměřili jsme se na zkoumání alternativního mechanismu vzniku TMD bez účasti trisomie 21. U jedinečného případu TMD jsme jako potenciálně spouštěcí aberace popsali nové delece v genech GATA1 a JAK1. Delece D65_C228 v GATA1 způsobuje tvorbu poškozené izoformy, u níž se předpokládá ztráta transaktivační schopnosti a rovněž částečná ztráta vazby ke specifickým vazebným místům v DNA, což může stačit ke spuštění TMD. Námi provedená podrobná charakterizace delece F636 v JAK1 zpochybňuje význam této aberace pro patogenezi TMD. Analýza signalizace JAK/STAT odhalila pokles kinázové aktivity po ztrátě F636. Růst buněk Ba/F3, které vytvářejí poškozený JAK1, je závislý na cytokinech, podobně jako je tomu u buněk...
|
host ::
RSS.