|
|
Analýza 3D CT obrazových dat se zaměřením na detekci a klasifikaci specifických struktur tkání
Šalplachta, Jakub ; Malínský, Miloš (oponent) ; Jan, Jiří (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá segmentací a klasifikací paraspinálního svalu a podkožní tukové tkáně na základě 3D CT obrazových dat, a to za účelem jejich následného využití jako interních kalibračních fantomů pro výpočet minerální hustoty obratle. Vybrané přístupy byly testovány a následně hodnoceny z hlediska správnosti klasifikace a také jejich celkové funkčnosti pro následný výpočet hodnoty BMD. Vlastní testování bylo realizováno v programovacím prostředí Matlab®, a to na vytvořené pacientské databázi obsahující lumbální část páteře pro celkově 12 pacientů. Následující sekce této práce obsahují popis problematiky stanovování kostní denzity, segmentačních a klasifikačních metod a popis vlastní realizace.
|
|
|
Segmentace tomografických dat multifázových materiálů
Troják, Jan ; Šalplachta, Jakub (oponent) ; Břínek, Adam (vedoucí práce)
Práce se věnuje segmentaci multifázových materiálů z dat tomografického měření. Analýza dat je zaměřena na strukturu a jednotlivé materiály meteoritu. Ve struktuře meteoritu se nacházejí různé intermetalické fáze, které jsou obrazovou analýzou obtížně oddělitelné. Hlavním cílem je vyzkoušet vybrané techniky zpracování obrazu (prahování metodou Otsu, shluková analýza, narůstání oblastí). Techniky byly zvoleny s přihlédnutím na jejich výhody při analýze multifázových materiálů. Pro dosažení co nejlepších výsledků se využívají metody odstranění šumu a zostření obrazu. Výsledky jednotlivých technik jsou zhodnoceny. V závěru je uvedeno porovnání vybraných metod.
|
|
|
Texturní analýza nádorových tkání v CT obrazových datech plic.
Šalplachta, Jakub ; Jan, Jiří (oponent) ; Jakubíček, Roman (vedoucí práce)
Cílem této práce je odhalení možnosti využití metod texturní analýzy k detekci a segmentaci nádorové tkáně v CT datech plic a klasifikace viabilních oblastí nádorové tkáně. Hlavním předpokladem práce jsou rozdíly texturních vlastností (příznaků) mezi nádorem a okolními tkáněmi a změny těchto příznaků během vývoje a léčby nemoci. Práce obsahuje přehled jednotlivých metod texturní analýzy. Dále se zabývá vytvořením vlastní metody, která je tvořena vybranými metodami texturní analýzy, jejichž výstupy společně vytváří vektor příznaků (pro každý voxel obrazu získáme vektor příznaků). Ten je následně dále zpracováván pomocí metody shlukové analýzy. Obsahem práce je teoretická rešerše dané problematiky, popis návrhu vlastní metody a statistické vyhodnocení výsledků. Návrh metody je zpracován v programovacím prostředí Matlab®.
|
|
|
Zlepšení kvality obrazu v rentgenové výpočetní mikrotomografii s velkým úhlovým krokem s využitím hlubokého učení
Šrámek, Vojtěch ; Šalplachta, Jakub (oponent) ; Zikmund, Tomáš (vedoucí práce)
Rentgenová výpočetní mikrotomografie představuje neinvazivní metodu, díky které jsme schopni zobrazit vnitřní strukturu objektů, proto se využívá v průmyslu i ve výzkumu. Doba měření rentgenových projekcí, které jsou potřebné pro tomografickou rekonstrukci obrazu objektu, se však může pohybovat v řádu desítek hodin. Jeden ze způsobů, jak zkrátit čas měření, spočívá ve zmenšení počtu naměřených projekcí, což ovšem negativním způsobem ovlivňuje kvalitu výsledné rekonstrukce obrazu. Pro zlepšení kvality rekonstruovaného obrazu je však možné aplikovat různé interpolační techniky. V této práci budou na data z laboratoře rentgenové mikro a nano výpočetní tomografie na CEITEC VUT a na data z veřejného zdroje aplikovány vybrané interpolační metody, které využívají hluboké učení, a bude vyhodnocena jejich úspěšnost.
|
|
|
Quantitative computed tomography
Šalplachta, Jakub ; Keckes, Jozef (oponent) ; Batenburg, Joost (oponent) ; Kaiser, Jozef (vedoucí práce)
The main aim of this thesis is to study, explore and possibly move further the field of quantitative computed tomography (QCT) with specific focus on a laboratory-based submicron computed tomography (CT) system Rigaku nano3DX. This work is dealing with both aspects of the QCT, which are the acquisition of quantitative CT data and the utilization of CT data for quantitative analysis. Regarding the first aspect, specific focus is placed on assessment of current technological limits of submicron CT, where the technology-based tomographic artifacts are studied, and optimal reduction strategies are proposed. Also, practical aspects related to implementation of spectral CT in a form of dual-target CT (DTCT) using Rigaku nano3DX system, are solved by development of dedicated acquisition and data registration methodologies. For the quantitative analysis of CT data, two novel methods were developed. One was specifically designed for porosity analysis of additive manufactured samples with a respect to the crucial points of tomographic data processing, making it objective and reproducible. Second method was specifically designed for quantitative assessment of 3D models of biological tubular systems and was practically tested on a mouse model of Alagille syndrome.
|
|
|
Automatic Segmentation And Classification Of Internal Calibration Tissues
Šalplachta, Jakub
The aim of this work is finding a way to make calculation of bone mineral density of vertebrae with the use of internal calibration tissues fully automatic procedure. To accomplish that several methods for segmentation and classification of paraspinal muscle and subcutaneous fat were tested. For the testing and learning procedure of this work manually labelled database of tissues of interest was created and medically verified.
|
|
|
Segmentace tomografických dat multifázových materiálů
Troják, Jan ; Šalplachta, Jakub (oponent) ; Břínek, Adam (vedoucí práce)
Práce se věnuje segmentaci multifázových materiálů z dat tomografického měření. Analýza dat je zaměřena na strukturu a jednotlivé materiály meteoritu. Ve struktuře meteoritu se nacházejí různé intermetalické fáze, které jsou obrazovou analýzou obtížně oddělitelné. Hlavním cílem je vyzkoušet vybrané techniky zpracování obrazu (prahování metodou Otsu, shluková analýza, narůstání oblastí). Techniky byly zvoleny s přihlédnutím na jejich výhody při analýze multifázových materiálů. Pro dosažení co nejlepších výsledků se využívají metody odstranění šumu a zostření obrazu. Výsledky jednotlivých technik jsou zhodnoceny. V závěru je uvedeno porovnání vybraných metod.
|
|
|
Analýza 3D CT obrazových dat se zaměřením na detekci a klasifikaci specifických struktur tkání
Šalplachta, Jakub ; Malínský, Miloš (oponent) ; Jan, Jiří (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá segmentací a klasifikací paraspinálního svalu a podkožní tukové tkáně na základě 3D CT obrazových dat, a to za účelem jejich následného využití jako interních kalibračních fantomů pro výpočet minerální hustoty obratle. Vybrané přístupy byly testovány a následně hodnoceny z hlediska správnosti klasifikace a také jejich celkové funkčnosti pro následný výpočet hodnoty BMD. Vlastní testování bylo realizováno v programovacím prostředí Matlab®, a to na vytvořené pacientské databázi obsahující lumbální část páteře pro celkově 12 pacientů. Následující sekce této práce obsahují popis problematiky stanovování kostní denzity, segmentačních a klasifikačních metod a popis vlastní realizace.
|
|
|
Texturní analýza nádorových tkání v CT obrazových datech plic.
Šalplachta, Jakub ; Jan, Jiří (oponent) ; Jakubíček, Roman (vedoucí práce)
Cílem této práce je odhalení možnosti využití metod texturní analýzy k detekci a segmentaci nádorové tkáně v CT datech plic a klasifikace viabilních oblastí nádorové tkáně. Hlavním předpokladem práce jsou rozdíly texturních vlastností (příznaků) mezi nádorem a okolními tkáněmi a změny těchto příznaků během vývoje a léčby nemoci. Práce obsahuje přehled jednotlivých metod texturní analýzy. Dále se zabývá vytvořením vlastní metody, která je tvořena vybranými metodami texturní analýzy, jejichž výstupy společně vytváří vektor příznaků (pro každý voxel obrazu získáme vektor příznaků). Ten je následně dále zpracováván pomocí metody shlukové analýzy. Obsahem práce je teoretická rešerše dané problematiky, popis návrhu vlastní metody a statistické vyhodnocení výsledků. Návrh metody je zpracován v programovacím prostředí Matlab®.
|
host ::
RSS.