|
|
Genetická diverzita prasat
BÁRTA, Jan
Cílem této bakalářské práce je, popsat současný stav z hlediska genetické diverzity prasat, hodnocení genetické diverzity a současný stav ochrany genových zdrojů v ČR. Nejprve je popsán význam chovu prasat, jejich domestikace a plemena prasat nejčastěji chovaná v ČR. Dále pak biodiverzita a její dělení, genetická diverzita a metody jejího zjišťování. Poslední kapitolou jsou pak genové zdroje.
|
|
|
Molekulárně-genetická analýza starokladrubských koní
Velebová, Adéla
Diplomová práce se zabývá hodnocením genetické variability a diverzity u plemene starokladrubský kůň. Cílem je zhodnotit variabilitu a diverzitu uvnitř plemene a také mezi otcovskými liniemi a uvnitř těchto linií. Literární přehled obsahuje podrobné informace o plemeni starokladrubský kůň a historii jeho chovu, včetně regeneračního procesu. V další části jsou popsány základní ukazatele genetické variability. Genetická variabilita a diverzita byla hodnocena pomocí 17 mikrosatelitních markerů, následná statistická analýza byla provedena programy GENEPOP verze 4.2 a ARLEQUIN verze 3.5. Byly spočítány frekvence alel a genotypů, počet alel na lokus a populace byla podrobena testu Hardy -- Weinbergovy rovnováhy. Dále byl spočítán polymorfní informační obsah, pozorovaná i očekávaná heterozygotnost a fixační koeficienty. Výsledky poukazují na překvapivě vysoký stupeň genetické variability u starokladrubských koní, zvýšené patrně v důsledku introdukce jiných plemen v období regeneračního procesu.
|
|
|
Studium genetické struktury a diverzity různých populací dravců (Falconiformes)
Bryndová, Marta
Hlavním cílem této disertační práce bylo zhodnotit genetickou variabilitu v různých populacích dravců v České republice. Pro izolaci DNA bylo jako alternativní zdroj využito peří. Jako referenční druh byl vybrán sokol stěhovavý (Falco peregrinus) a raroh velký (Falco cherrug), který byl porovnán i se subpopulací žijící na Slovensku. Testování bylo provedeno na základě panelu deseti mikrosatelitů vybraných z literatury. Polymorfnost jednotlivých markerů značně kolísala, lokus NVH fp5 byl nejméně polymorfní (PIC = 0,185 F. p.; PIC = 0,119 F. ch.), v populaci sokola stěhovavého se v tomto lokusu vyskytly nulové alely, proto by bylo vhodné tento lokus pro tento druh z testovaného panelu vyřadit. Mezi jednotlivými subpopulacemi sokola stěhovavého byla genetická diverzita nízká, FST pro populaci žijící v zajetí a ve volné přírodě byl roven 0,025. V případě raroha velkého subpopulace žijící na Slovensku vykazovala průměrnou genetickou diverzitu vyššími hodnotami (0,185 pro subpopulaci žijící v zajetí a 0,126 pro subpopulaci z volné přírody ČR). Všechny subpopulace (kromě muzejních vzorků raroha velkého) byly v Hardy -- Weinbergově rovnováze. Tok genů byl vyšší mezi subpopulacemi sokola stěhovavého než raroha velkého, kde byla zařazena i populace z jiné geografické oblasti. 454 sekvenováním byly získány 3 kompletní sekvence mitochondriální DNA pro sokola stěhovavého, 2 pro raroha velkého a 2 pro raroha loveckého (Falco rusticolus). Nejdelší velikost sekvence mitochondriální DNA pro raroha velkého byla 16 154 bp, pro raroha loveckého 17 239 bp a pro sokola stěhovavého 17 527 bp. Sekvence sokola stěhovavého byla vložena do databáze Genbank pod číslem JX029991. Celomitochondriální sekvence raroha velkého a raroha loveckého nebyly dosud nikde publikovány, proto budou součástí připravovaného rukopisu.
|
|
|
Molekulární metody jako způsob determinace genetické diverzity druhů na příkladu raka bahenního na území ČR
KORYŤÁK, Lukáš
Rak bahenní (Astacus leptodactylus) byl na naše území introdukován na počátku 19. století. Zdrojové populace pocházeli z oblasti Haliče (Polsko). Cílem této práce bylo kromě osvojení si molekulárních metod, vzorkování vybraných populací a zjištění genetické diverzity na těchto populacích v rámci České republiky. Výskyt byl zjištěn na šesti z třinácti vytipovaných lokalit. Analyzováno bylo celkem 30 jedinců z šesti populací. Zkoumána byla diverzita mitochondriálních genů COI a 12S rRNA. Haplotypová diverzita pro oba geny byla nejvyšší v populaci Řečice (12S: Hd=1,000; COI: Hd=0,667), Stanislav (Ukrajina) (12S: Hd=0,866; COI: 0,733) a Kozárovice (12S: Hd=0,607; COI: Hd=0,500). Naopak existence pouze jednoho haplotypu byla zjištěna pro oba studované geny v populacích Kosov, Mačkov a Stodůlky. Divergence sekvencí pro 12S rRNA činila 1 %, pro COI 2 %. Topologie fylogenetických stromů byla totožná pro oba dva studované geny s existencí dvou dobře definovaných fylogenetických linií. Jedna z linií byla tvořena pouze jedinci (haplotypy) z populace ze Stanislavi (Ukrajina). Druhá pak obsahovala zbylé analyzované populace raka bahenního. Protože populace ze Stanislavi je z Ukrajiny, můžeme říci, že populace z východní Evropy jsou odlišné od populací na našem území, resp. populací z Polska, odkud byli raci bahenní na naše území přivezeni. Abychom mohli potvrdit tento trend, je třeba analyzovat větší počet jedinců a více populací z celého areálu výskytu raka bahenního.
|
|
| |
|
| |
|
| |
|
| |
|
| |
|
|
Fylogeografie a genetická variabilita \kur{Diuraphis noxia} (\kur{Aphididae})
PAŠÍKOVSKÝ, Jiří
Podstatou práce byl výzkum genetické variability přírodních populací Diuraphis noxia (Aphididae) pomocí mikrosatelitních markerů a markerů pro EPIC-PCR. Prvním cílem bylo zavedení metody pro mikrosatelitní lokusy a její optimalizace Diuraphis noxia. Poté následovalo zavedení metody EPIC-PCR a její optimalizace pro Diuraphis noxia. Poté následovala samotná pilotní studie, ve které byli analyzováni jedinci ze 47 lokalit z celého světa. Pomocí mikrosatelitních markerů byla potvrzena očekávaná variabilita mezi jednotlivými populacemi i uvnitř populací. Metodou EPIC-PCR byla zjištěna největší genetická variabilita mezi Chile a Alžírskem za použití markeru pro cytochrom C. Tyto poznatky lze dále využit ke komplexní studii Diuraphis noxia.
|
host ::
RSS.