|
|
Efekt ADGF-A RNAi na imunitní odpověď \kur{Drosophily melanogaster} po infekci parazitickou vosou
ŠNEBERGEROVÁ, Pavla
V minulých studiích se extracelulární adenosin ukázal jako důležitá signální molekula řídící dynamiku imunitní odpovědi u Drosophily melanogaster. Komplikovanost adenosinové signalizace u savců značně ztěžuje její výzkum in vivo, a tak i identifikaci této kaskády v regulaci imunitní odpovědi. Jelikož je mezi savci a bezobratlými jistá genetická a evoluční konzervovanost, Drosophila tak představuje jednoduchý systém, jak tyto složitější regulace studovat in vivo. Mutace adenosinového receptoru ve všech buňkách, stejně tak snížení exprese ENT2 v imunitních buňkách, zapříčinily snížení rezistence imunitního systému Drosophily vůči parazitoidovi. Cílem mé bakalářské práce bylo zjistit, jaký efekt na imunitní odpověď bude mít RNAi cílená proti mRNA adenosin deaminázy (ADGF-A), která za přirozených podmínek e-Ado odbourává.
|
|
|
Functional analysis of novel F\dindex{1}-ATPase subunit in \kur{Trypanosoma brucei}
VÁCHOVÁ, Hana
Although F1-ATPase is extremely conserved among organisms, a putative subunit p18 was identified in Trypanosoma brucei F1-ATPase complex. To explore its function in the procylic, bloodstream and dyskinetoplastic trypanosomes, three different RNAi cell lines were created. Upon p18 silencing the F1-moiety structural integrity was impaired suggesting that p18 is indeed a bona fide subunit of this complex. Since F1-ATPase is crucial for the bloodstream form survival, its potential inhibitor from the 4-oxopiperidine-3,5-dicarboxylates class (JK-11) was examined. JK-11 inhibited growth of the bloodstream trypanosomes, decreased mitochondrial membrane potential and reduced ATPase and ATP synthase activity in mitochondrial lysates. Our results suggest that JK-11 may act on FoF1-ATP synthase/ATPase and its inhibition may contribute to the cytotoxicity of this drug.
|
|
| |
|
|
Iron-Sulfur Cluster Assembly in Trypanosoma brucei
HAINDRICH, Alexander Christoph
In this thesis we investigated genes of the Cytosolic Iron sulfur cluster assembly (CIA) pathway in T. brucei procyclic and blood-stream form for their possible functional redundancy. For this, RNAi double knockdown plasmids were generated containing knockdown partners which were selected based on the proposed model of the CIA pathway in S. cerevisiae. The generated plasmids were transfected into T. brucei cells, and growth effects on the transfectants upon tetracycline induced RNAi was measured.
|
|
| |
|
|
Experimental examination of EFL and MATX eukaryotic horizontal gene transfers: co-existence of mutually exclusive transcripts predates functional rescue
RŮŽIČKA, Petr
Many eukaryotic genes do not follow simple vertical inheritance. Elongation factor 1? (EF-1?) and methionine adenosyl transferase (MAT) are enzymes with complicated evolutionary histories and, interestingly, the two cases have several features in common. These essential enzymes occur as two relatively divergent paralogs (EF-1?/EFL, MAT/MATX) that have patchy distributions in eukaryotic lineages that are nearly mutually exclusive. To explain such distributions, we must invoke either multiple eukaryote-to-eukaryote horizontal gene transfers (HGTs) followed by functional replacement, or presence of both paralogs in the common ancestor followed by longterm co-existence and differential losses in various eukaryotic lineages. To understand the evolution of these paralogs, we have performed in vivo experiments in Trypanosoma brucei addressing the consequences of long-term co-expression and functional replacement. In the first experiment of its kind, we have demonstrated that EF-1? and MAT can be simultaneously expressed with EFL and MATX, respectively, without affecting the growth of the flagellates. After the endogenous MAT or EF-1? was down-regulated by RNA interference, MATX immediately substituted for its paralog, while EFL was not able to substitute for EF-1?, leading to mortality. We conclude that MATX is naturally capable of evolving patchy paralog distribution via HGTs and/or long term co-expression and differential losses. The capability of EFL to spread by HGT is lower and so the patchy distribution of EF-1?/EFL paralogs was probably shaped mainly by deep paralogy followed by long term co-existence and differential losses.
|
|
| |
|
|
Functional analysis of prohibitin in \kur{Trypanosoma brucei}
TÝČ, Jiří
In this study the importance of prohibitin1 and prohibitin2 genes for Trypanosoma brucei was examined. RNA interference showed both of them essential for parasites to survive. Knocking down of these genes resulted in altered morphology of the mitochondrion, changes in membrane potential and shut down of mitochondrial translation. No changes were observed in levels of Reactive Oxygen Species and respiration. Both prohibitines are part of big complex present in the mitochondrion.
|
|
|
Možnosti a limity RNA interference u klíštěte \kur{Ixodes ricinus}
MUSIL, František
RNA interference byla použita při studiu funkcí chitin vázajícího proteinu (CBP) a dvou isoforem cathepsinu B (cathB1, cathB2) u klíštěte Ixodes ricinus. Byly využity dvě různé metody pro aplikaci dsRNA do klíšťat - injikace a kapilární sání. Připravená dsRNA byla použita ke zjištění vlivu RNAi na klíštěcí tkáně, které byly testovány pomocí metody RT-PCR a Western blot. Exprese CBP byla úspěšně utlumena ve slinných žlázách. Utlumení cathB1 a cathB2 ve střevě bylo méně efektivní, ale stále omezovalo sání klíšťat na hostiteli.
|
|
|
The transcriptional regulation by the nuclear receptor NHR-25 in \kur{Caenorhabditis elegans}
MERGLOVÁ, Linda
NHR-25 je jedním z mála konzervovaných jaderných receptorů haďátka C. elegans a jeho rodina je zahrnuta v mnoha vývojových procesech nejen u háďátka, ale také u octomilek, ryb, myší a člověka. Buněčný mechanismus funkce této genové rodiny je však zatím málo znám. U C. elegans pravděpodobně funguje jako transkripční faktor, ale jeho přímý cílový gen doposud nebyl identifikován. V této studii jsem použila definovaná vazebná místa pro NHR-25 a GFP jako marker pro zviditelnění možnosti, že NHR-25 reguluje transkripci jiného gebu (genů) in vivo. Vyzkoušela jsem také alternativní přístup se dvěma geny v již existujících transgenních kmenech háďátek, nesoucích promotor::GFP fúzované transgeny exprimované v epiteliálních buňkách, mohou-li být tyto geny regulované NHR-25. Výsledky naznačují, že jeden ze zkoumaných genů může být ve vztahu k nhr-25 a tento receptor může být i aktivním při endocytóze.
|
host ::
RSS.