|
|
Parallelization of complex tasks in reconstruction of dynamic magnetic resonance
Bijotová, Kateřina ; Rajmic, Pavel (referee) ; Mašek, Jan (advisor)
This thesis deals with parallelization of complex tasks in reconstruction of dynamic magnetic resonance. It describes the basic principle of magnetic resonance and its relation to Fourier transform. It deals with the difference between static and dynamic magnetic resonance image reconstruction. It analyzes SVD algorithm and its use in magnetic resonance image reconstruction. It presents the principles and the importance of parallel computing in magnetic resonance imaging and describes CUDA technology. The thesis also contains a description and execution of the implementation of the reconstruction model in MATLAB and Java programming language which were optimized by JCuda library for Java implementation and gpuArray function in case of MATLAB implementation.
|
|
|
Parallelization of complex tasks in reconstruction of dynamic magnetic resonance
Bijotová, Kateřina ; Rajmic, Pavel (referee) ; Mašek, Jan (advisor)
This thesis deals with parallelization of complex tasks in reconstruction of dynamic magnetic resonance. It describes the basic principle of magnetic resonance and its relation to Fourier transform. It deals with the difference between static and dynamic magnetic resonance image reconstruction. It analyzes SVD algorithm and its use in magnetic resonance image reconstruction. It presents the principles and the importance of parallel computing in magnetic resonance imaging and describes CUDA technology. The thesis also contains a description and execution of the implementation of the reconstruction model in MATLAB and Java programming language which were optimized by JCuda library for Java implementation and gpuArray function in case of MATLAB implementation.
|
|
|
Increasing Resolution in Perfusion Magnetic Resonance Imaging Using Compressed Sensing
Mangová, Marie ; Polec,, Jaroslav (referee) ; Šmídl, Václav (referee) ; Rajmic, Pavel (advisor)
Perfusion magnetic resonance imaging is a medical diagnostic method which requires high spatial and temporal resolution simultaneously to capture dynamics of an intravenous contrast agent which is used to perfusion measurement. However, magnetic resonance imaging has physical limits which do not allow to have this resolution simultaneously. This thesis deals with compressed sensing which enables to reconstruct measured data from relatively few acquired samples (below Nyquist rate) while resolution required to perfusion analysis is increased. This aim could be achieved with suitably proposed apriory information about sensed data and model proposal. The reconstruction is then done as an optimization problem. Doctoral thesis brings several new reconstruction models, further proposes method to debias this estimates and examines influence of compressed sensing onto perfusion parameters. Whole thesis is ended with extension of compressed sensing into three-dimensional data. Here, the influence of reconstruction onto perfusion parameters is also described. In summary, the thesis shows that due to compressed sensing, temporal resolution can be increased with the fixed spatial resolution or spatial resolution can be increased with the fixed temporal resolution.
|
|
|
Implementation of Dixon Methods for Preclinical MR Imaging at High Fields
Kořínek, Radim ; Latta,, Peter (referee) ; Puková,, Andrea Šprláková - (referee) ; Bartušek, Karel (advisor)
Preklinické magneticko-rezonanční (MR) zobrazování na malých zvířatech je velmi aktuální a vyžaduje, vzhledem k rozměrům těchto zvířat, vyšší citlivost. Vyšší citlivosti lze dosáhnout použitím MR systému s vysokým základním magnetickým polem (např. 4,7 T a výše). Vyšší citlivost přináší výhody v podobě možnosti vyššího rozlišení, lepší poměr signál-šum, větší chemický posuv, prodloužení longitudinální relaxace (T1), atd. Na druhou stranu vyšší magnetické pole znamená větší deformace základního magnetického pole na rozhraních tkání s rozdílnou susceptibilitou a zkrácení transverzální relaxace (T2). Tuková tkáň je významně zastoupena v lidském těle a primárně sloužící pro uchovávání energie ve formě tuků. Tukovou tkáň lze rozdělit na hnědou a bílou tukovou tkáň. Hnědá tuková tkáň se vyskytuje hlavně u novorozenců, ale může být ve velmi malém množství také u dospělých jedinců. Bílá tuková tkáň je určena pro ukládání tuků, které slouží jako zdroj energie. Kromě toho bílá tuková tkáň produkuje adipokiny, hormony a mnoho dalších látek důležitých pro náš metabolizmus. Tuk lze obecně považovat jako biomarker při určitých nemocech (obezita, steatóza jater, a další). Z tohoto důvodu je kvantifikace tuku velmi důležitá pro správnou diagnózu. V MR zobrazování je speciální skupina metod pro separaci vody a tuku. Tyto metody se nazývají Dixonovy metody a jejich princip je založen na chemickém posuvu. V této práci je popsána nová T2-váhovaná sekvence pro Dixonovu akvizici (Kapitola 5.3). Navržená sekvence je z hlediska akviziční doby velmi efektivní a řadí se mezi tříbodové Dixonovy (3PD) techniky. Nově navržená sekvence fast triple spin echo Dixon (FTSED) vychází z původní sekvence rychlého spinového echa (FSE). Modifikací původní sekvence FSE vedla ke vzniku nové sekvence FTSED, která umožňuje získat tři obrazy během jediné akvizice, bez toho aniž bychom prodloužili celkovou dobu měření. Sekvence byla úspěšně implementována na 9,4 T MRI systém na Ústavu přístrojové techniky v Brně. Získaná data byla pak zpracována iterativně pomocí algoritmu IDEAL (iterative decomposition of water and fat with echo asymmetry and least-squares estimation). Výsledkem jsou separátní obrazy vody a tuků, z kterých lze vypočítat mapy frakce tuku (FF-mapy). Sekvence byla ověřena na fantomech a poté byla odzkoušena potkanovi. Úspěšná implementace této metody na 9,4 T MRI systému znamená, že může být použita také na MR zobrazovacích systémech s nižšími magnetickými poli.
|
|
|
Pacemakers and electromagnetic interference
Lojková, Lea ; Sekora, Jiří (referee) ; Havlíková, Marie (advisor)
This work is focused on cardiac pacemakers and sources of electronic interference. The project partly follows another thesis made in the same field of interest (Ing. Kulík, Dept. of Control, Measurement and Instrumentation) and uses similar methodics of measurement. In the theoretical part of the work, the principles of nuclear magnetic resonance and magnetic resonance imaging are briefly explained and most common methods used in MRI are described, as well as the definition of a cardiac pacemaker, main events in pacemaker history and development. Cardiac pacemaker as a system is described in more detail, including construction, control, most common sensors and the ways of use. Electromagnetic interference of cardiac pacemakers and implantable cardioverter defibrillators is processed via a complete review since the oldest scientific paper from December 1991 till May 2009. In the second part, measuring of magnetic field is described, as well as the possibilities of monitoring of its effects on cardiac pacemakers. In fact, there are two possible ways of measuring. off-line exposition of the sample to the magnetic field followed by data acquisition via pacemaker programmer or the continuous on-line monitoring of the pacemaker activity by the means of measuring PC card. While the first method is reliable in cases where the is no sign of malfunction and makes the experiments with a dynamic exposition of sample possible, in some cases it detects a virtual malfunction also in cases where in reality the devices works perfectly. The second method enables a reliable continuous monitoring of pacemaker activity during the whole experiment and its only problem is a higher level of signal noise caused by the sample movement.
|
guest ::
