|
|
Možnosti výpočtu vzájemné informace z časové řady
Hubr, Ivo ; Smékal, Zdeněk (oponent) ; Mekyska, Jiří (vedoucí práce)
Vzájemná informace je jedním z faktorů, využívaných při analýze síťového provozu a sestavení fázového prostoru. Úvod práce se zaměřuje na teorii informace zhlediska výpočtu vzájemné informace. K výpočtu tohoto parametru je k dispozici již řada algoritmů, které jsou v závěrečné práci podrobně rozebrány. Dva z algoritmů (Fraser-Swinneyho a výpočet vzájemné informace pomocí adaptivního XY dělení) jsou aplikovány na vstupní data Rösslerova atraktoru, jak je znázorněno výstupními tabulkami a grafy. Třetí uvažovanou výpočetní metodou je Dinh-Tuan-Phamův algoritmus. Hlavním cílem této práce tedy je srovnání efektivity, rychlost výpočtu a přesnost zmíněných algoritmů.
|
|
|
Detection of Correlated Mutations
Ižák, Tomáš ; Bendl, Jaroslav (oponent) ; Martínek, Tomáš (vedoucí práce)
This work explores existing possibilities and methods of correlated mutations detection in proteins. At the beginning a theoretical background into explored area is provided. Exploitation of detected correlated mutations lies in a protein's tertiary structure prediction or searching functionally important sites. A state-of-the-art of existing tools and methods follows. In this work, methods based on statistics (for example Pearson correlation coefficient or Pearson's chi^2 test), Information theory (Mutual information - MI) and likelihood models (ELSC or Spidermonkey) are examined. The next part is devoted to the searching for an optimal algorithm for correlated mutations detection. To combine results from multiple different algorithms, is proposed as an optimal solution. It is also advised to exploit physico-chemical properties of amino acids during the detection. In practical part, the algorithm for detection of correlated mutations was developed. It is based on physico-chemical properties of amino acids and phylogenetic trees. Results gained using this method were compared with results gained from CAPS, CRASP and CMAT tools.
|
|
|
Možnosti výpočtu vzájemné informace z časové řady
Hubr, Ivo ; Rajmic, Pavel (oponent) ; Kacálek, Jan (vedoucí práce)
Vzájemná informace je jedním z faktorů, využívaných při analýze síťového provozu a sestavení fázového prostoru. V úvodu práce se zabývám teorií informace se zaměřením na teoretický výpočet vzájemné informace. K výpočtu tohoto parametru je k dispozici již řada algoritmů, které ve své závěrečné práci podrobně rozebírám. Dva z algoritmů (Fraser-Swinneyho a výpočet vzájemné informace pomocí adaptivního XY dělení) jsou aplikovány na vstupní data Rösslerova atraktoru, jak je znázorněno výstupními tabulkami a grafy. Třetí uvažovanou výpočetní metodou je Dinh-Tuan-Phamův algoritmus. Hlavním cílem mé práce tedy je srovnání efektivity, rychlost výpočtu a přesnost zmíněných algoritmů.
|
|
|
Predikce chaotických časových řad
Dědič, Martin ; Tichý, Vladimír (vedoucí práce) ; Smrčka, Pavel (oponent)
Práce se zabývá možností predikce chaotických (zejména pak ekonomických) časových řad. Chaotické řady jsou díky vysoké závislosti na počátečních podmínkách z principu dlouhodobě nepredikovatelné. V některých případech však lze jejich chování více, či méně předpovídat alespoň krátkodobě. Cílem práce je ukázat, na kolik a zda vůbec lze vývoj těchto řad předvídat pomocí nelineárních metod a pokusit se případně odhalit či zamítnout přítomnost chaotického chování v nich. Práce je rozdělena do tří částí. V první části jsou krátce vysvětleny vybrané důležité pojmy a metody z dané oblasti. Kromě popisu některých metod predikce je zde nastíněno, které ukazatele a metody lze využít pro zjištění možností a omezení predikce. Druhá kapitola se soustředí na návrh úprav počítačového programu FracLab, který bude k predikci využit. Poslední, třetí kapitola je experimentální. Kromě popisu jednotlivých řad a postupů obsahuje diskuzi výsledků provedených predikcí na těchto časových řadách.
|
host ::
RSS.