|
|
Diverzita a fylogenetické vztahy hlodavců v horských oblastech východní Afriky
KRÁSOVÁ, Jarmila
The Eastern Afromontane region of Africa is characterized by striking levels of endemism and species richness. Therefore, it was recognized as the Eastern Afromontane biodiversity hotspot (EAMBH) with numerous endemic plants and animals including mammals. Some parts of EAMBH (e.g. Ethiopian Highlands) are still under-represented in terms of biodiversity research in comparison with areas where sampling was relatively intensive in the last decades (e.g. Albertine Rift). This thesis describes genetic diversity, evolutionary history and taxonomy of several rodent species inhabiting mountain areas of Eastern Africa and Angola with a special focus on neglected areas such as Ethiopian and Angolan Highlands. Molecular-genetic analyses detected considerably higher diversity of small mammals than previously expected. Several candidates for new species were suggested and some of them also formally described based on phylogenetic and morphometric analyses. Molecular dating placed most of the diversifications into the eras of Pliocene and Pleistocene confirming the hypothesis that Plio-Pleistocene climate fluctuations together with topographically diverse landscape of Eastern Africa contributed to the high level of species diversity observed today.
|
|
|
Orthohantaviruses in the reservoir and atypical hosts in the Czech Republic: spillover infection and indication of virus-specific tissue tropism
KAMIŠ, Jan
Aim of this study was to reveal the presence of hantaviruses in natural reservoir rodent hosts in selected urban areas in the Czech Republic. Hantavirus rodent hosts were trapped, sampled and tested for hantavirus RNA in different tissues. Universal and specific primers for amplification of the large and medium fragments of hantavirus genomic RNA were used. Phylogenetic relationships were based on the obtained nucleotide sequences. Four different hantaviruses were detected, including two species pathogenic (or potentially pathogenic) for humans, further suggesting a threat for public health. Moreover, inter-family spillover infections and hantavirus species-associated tissue tropism were recorded in rodent hosts.
|
|
|
Fylogenetická analýza a molekulární detekce koronavirů
MARHOUNOVÁ, Lucie
Cílem této bakalářské práce bylo seznámení se s tvorbou fylogenetických stromů, které popisují vztahy mezi koronaviry, porovnání a posouzení vhodnosti používaných a navrhnutých primerů pro detekci nového typu koronaviru SARS-CoV-2. Dle fylogenetických stromů lze určit evoluční vztah zkoumaných organismů, které v průběhu evoluce podléhají změnám ve svých sekvencích tzv. mutacím. Tyto změny určují jejich vývoj. Teoretická část bakalářské práce byla zaměřena na obecné seznámení se s viry a následně koronaviry, kam se nově řadí SARS-CoV-2. SARS-CoV-2 představoval a pořád představuje velkou hrozbu pro celý svět. Dále byla probraná problematika fylogenetiky a na závěr detekční metoda PCR. V praktické části byly vytvořeny fylogenetické stromy pomocí počítačového programu MEGA-X za využití metody Neighbor-Joining, které zkoumaly fylogenetické vztahy mezi koronaviry zaměřené hlavně na SARS-CoV-2. Nejbližší koronaviry tohoto nového typu koronaviru SARS-CoV-2 byly dále porovnávány pomocí speciálního softwaru BLAST, který uváděl procentuální shodu studovaných sekvencí. Během těchto analýz se zjistilo, že SARS-CoV-2 je nejvíce podobný netopýřímu koronaviru RaTG13. Primery, které se běžně používají při detekci SARS-CoV-2 nejsou zveřejňovány, proto byly použity primery z webové aplikace CoVrimer, kde jsou dostupné primery, které byly použity pro vědecké výzkumy. Ty byly porovnány s návrhem primerů. Návrh byl proveden v rámci řešení bakalářské práce pomocí speciální aplikace Pirmer-BLAST. Primery, které byly získány z aplikace CoVrimer, nebyly navrženy pro komplexní rozlišení všech studovaných variant SARS-CoV-2.
|
|
|
Hlodavci jako rezervoár hantavirů
KAMIŠ, Jan
Tato studie sledovala přítomnost hantavirů u volně žijících hlodavců a hmyzožravců z urbánních lokalit České republiky. Velké množství rezervoárových hostitelů hantavirů bylo vyšetřeno na přítomnost hantavirové RNA v různých tkáních a orgánech, za použití univerzálních a specifických primerů pro amplifikaci fragmentů velkého a malého segmentu hantavirové genomové RNA. Získané nukleotidové sekvence byly použity k rekonstrukci fylogenetických vztahů. Byly detekovány čtyři různé druhy hantavirů, včetně dvou (potenciálně) patogenních pro člověka. Dále byl byly pozorovány mezidruhové hostitelské spillover infekce a tkáňový tropismus specifický pro jednotlivé druhy hantavirů.
|
|
|
Fylogeneze a taxonomie vybraných druhů sinic čeledi Merismopediaceae s využitím metody single cell sequencing
POKORNÝ, Jan
Díky novým molekulárním metodám, které byly použity pro revizi mnohých tradičních taxonů sinic, se vyjasňují jejich skutečné systematické pozice. Merismopediaceae je poměrně málo zkoumaná skupina sinic, a proto její mnohé podskupiny nebyly dostatečně molekulárně revidovány. V této práci byly použity standardní molekulární metody polyfázického přístupu jak na environmentální izoláty taxonů náležících čeledi Merismopeidaceae, tak na kmeny v kultuře. Následná fylogenetická analýza založená na genu 16S rRNA odhaluje polyfyletismus rodů Merismopedia a Eucapsis. Tato práce rovněž obsahuje vůbec první molekulární analýzu rodu Microcrocis.
|
|
| |
|
| |
|
| |
|
|
Vliv potravní preference všenek (Phthiraptera: Amblycera) na formování jejich mikrobiomů
ŽIŽKOVÁ, Kateřina
Mikrobiomová rozmanitost žvýkacích vší patří k obecně neprozkoumaným tématům. Tato práce poskytuje první náhled na složení mikrobiomů 15 druhů žvýkacích vší rodu Menacanthus. Zjistili jsme přítomnost dvou dominantních symbiotických bakterií, které se vyskytly téměř u všech druhů. Rovněž jsme porovnali rozmanitost mikrobiomů všenek s různými stravovacími preferencemi (druhy krmení krví a peří). Na základě těchto analýz jsme identifikovali hlavní determinanty formující mikrobiomy všenek rodu Menacanthus. Mikrobiomy jsou zejména ovlivněny druhovou identitou Menacanthus, jejím zeměpisným původem, potravinovou preferencí a rozsahem hostitelského spektra, které vši parazitují.
|
|
|
Phylogeny and genetic diversity of two solitary African mole-rat genera \kur{Heliophobius} and \kur{Georychus}
UHROVÁ, Michaela
Two solitary genera of African mole-rats, Heliophobius and Georychus, had been for a long time considered as monotypic, yet some of the recent studies proposed species complexes. This thesis evaluates intrageneric relationships of both genera by using extended dataset of six nuclear markers and a large number of loci acquired during ddRADseq. Both datasets confirmed highly genetically structured populations within both genera. Nevertheless, while multilocus coalescent based on nuclear markers defined nine gene pools within Heliophobius and five within Georychus, processing of ddRADseq data revealed both, significantly finer (fineRADstructure) or broader (Infomap) structure. Based on the genetic evidence, we are inclined towards using two species within genus Heliophobius, comprised of northern and southern lineages separated by Eastern Arc Mountains, and one species for all evolutionary lineages of Georychus. The final taxonomic revision should await further morphological, ecological, or behavioural studies.
|
host ::
RSS.