|
|
Studium pozičních kandidátních genů SERPINE1, LDHA a UBL5 ve vztahu k masné užitkovosti prasat
Weisz, Filip
Tato disertační práce se zabývá studiem genů SERPINE1, LDHA a UBL5 jako pozičních kandidátních genů pro masnou užitkovost prasat. U genu SERPINE1 jsme detekovali SNP FN396538:g.566G>A v intronu 3 a SNP NM_213910:c.612A>G v exonu 3 (Ile159Val), který byl vazbově zmapován na pozici 8,4 cM na chromozomu 3. Asociační analýza byla provedena na 12. - 15. generaci kříženců plemen meishan x large white MLW (n = 565) a na 3-generační rodině vzniklé z evropského prasete divokého a meishana W x M (n = 333). Analýza na celé populaci MLW nebo pouze pro soubor kastrátů neodhalila žádné asociace. U obou SNP byla nalezena asociace s výškou kotlety v souboru prasniček. V celé populaci W x M a u prasniček byl nalezen vliv na osvalení, růst a ukládání tuku a u kastrátů vliv na 3 hodnoty kvality masa. Opačný alelový efekt pro obě populace naznačuje vazbovou nerovnováhu SNP s příčinnou mutací. U genu LDHA bylo pomocí komparativního sekvenování cDNA detekováno celkem 8 SNP a 1 SNP v 5' přilehlé oblasti. Pomocí metody RACE-PCR byla u cDNA nalezena 2 alternativní umístění poly(A) sekvence. Asociační analýzy provedené s SNP GL041338.1:c.49341G>C a FJ865398:c.795A>G nedetekovaly žádné asociace u souboru MLW. U F2 generace plemen pietrain a meishan (n = 316) byla nalezena asociace SNP c.49341G>C se 3 znaky pro růst a výkrmnost, se 2 znaky pro ukazatele osvalení. V případě c.795A>G byly nalezeny asociace se 4 znaky pro růst a výkrmnost, 9 znaky pro ukládání tuku a 2 znaky pro osvalení u souboru W x M. Sekvence genu UBL5 byla pomocí IPCR osekvenována a bylo nalezeno 12 polymorfizmů. Pomocí metody RACE-PCR bylo získáno 8 různě dlouhých sekvencí cDNA, které se lišily v počátku exonu 1. Byl nalezen alternativní sestřih mezi exony 1 a 2 a u 1 sekvence mezi exony 2 a 3. Alternativní sestřih mezi exony 2 a 3 způsobuje změnu ve čtecím rámci a následně vznik předčasného stop kodonu. Asociační analýza byla provedena pro SNP FR798948:g.2141C>T a SNP FR798948:g.2778G> A na populacích MLW a W x M. V populaci MLW byl SNP g.2141C>T asociován s průměrným denním přírůstkem v testu a SNP g.2778G>A s výškou hřbetního tuku. V populaci W x M byla nalezena asociace pro SNP g.2778G>A s 10 znaky pro ukládání tuku, 2 znaky pro růst a výkrmnost a se 2 znaky pro osvalení, zatímco SNP g.2141C>T byl asociován s 6 znaky pro ukládání tuku.
|
host ::
RSS.