|
|
Searching for similar secondary structures in RNA
Vojtek, Daniel ; Mráz, František (vedoucí práce) ; Hoffmann, Petr (oponent)
Reťazce RNA na rozdiel od DNA môžu vytvárať zložité sekundárne štruktúry, ktoré významne ovplyvňujú ich vlastnosti. Cieľom tejto práce bolo vytvorenie aplikácie, ktorá umožňuje do detailov navrhnúť vzor sekundárnej štruktúry RNA a následne v danej množine sekvencií RNA vyhľadať reťazce s podobnými sekundárnymi štruktúrami. Aplikácia má aj priamy prístup do databázy GenBank, z ktorej sa na základe užívateľom zadaného dotazu sťahujú sekvencie RNA. Sekvenciám bez sekundárnej štruktúry sa táto dopočíta pomocou funkcií prevzatých z Vienna RNA Package. Súčasťou aplikácie je grafické rozhranie, v ktorom je možné vzor pohodlne navrhnúť, ako aj prehliadať nájdené podobné sekundárne štruktúry. Práca obsahuje úvod do problematiky hľadania sekundárnych štruktúr RNA a jeho možné využitie pri tvorbe fylogenetických stromov. Súčasťou práce je aj popis všetkých najdôležitejších postupov, ktoré boli použité.
|
|
|
Implementace paralelního zpracování dotazů v databázovém systému PostgreSQL
Vojtek, Daniel ; Štroffek, Julius (vedoucí práce) ; Bednárek, David (oponent)
CONTENTS v Název práce: Implementace paralelního zpracování dotazů v databázo- vém systému PostgreSQL Autor: Bc. Daniel Vojtek Katedra: Katedra softwarového inženýrství Vedoucí diplomové práce: Mgr. Július Štroffek e-mail vedoucího: julo@stroffek.cz Abstrakt: Paralelní zpracování dotazů je jednou z možností jak v reálném čase zpracovávat rychle narůstající množství dat uložených v databázích. Cílem této diplomové práce bylo prozkoumání možností, návrh řešení a zároveň implementace paralelního zpracování dotazů v open source data- bázovém systému PostgreSQL. Využil jsem návrhový vzor Master/Worker, kde standardní databázový proces vykonává pozici vedoucího. Jako pra- covníky jsem využil procesy vznikající z řídícího procesu databáze, post- mastra. V práci jsem se zaměřil na přípravu infrastruktury potřebné pro paralelní zpracovaní. Definoval jsem nový kontext nad sdílenou pamětí, který umožňuje efektivní správu alokací. Implementoval jsem vytváření pracovních procesů na základě požadavků vedoucích procesů. Defino- val jsem také struktury umožňující jejich řízení. Následně jsem na této infrastruktuře implementoval paralelní operace, jako je řazení a SQL operátor UNION ALL. Výsledkem této...
|
|
|
Searching for similar secondary structures in RNA
Vojtek, Daniel ; Hoffmann, Petr (oponent) ; Mráz, František (vedoucí práce)
Reťazce RNA na rozdiel od DNA môžu vytvárať zložité sekundárne štruktúry, ktoré významne ovplyvňujú ich vlastnosti. Cieľom tejto práce bolo vytvorenie aplikácie, ktorá umožňuje do detailov navrhnúť vzor sekundárnej štruktúry RNA a následne v danej množine sekvencií RNA vyhľadať reťazce s podobnými sekundárnymi štruktúrami. Aplikácia má aj priamy prístup do databázy GenBank, z ktorej sa na základe užívateľom zadaného dotazu sťahujú sekvencie RNA. Sekvenciám bez sekundárnej štruktúry sa táto dopočíta pomocou funkcií prevzatých z Vienna RNA Package. Súčasťou aplikácie je grafické rozhranie, v ktorom je možné vzor pohodlne navrhnúť, ako aj prehliadať nájdené podobné sekundárne štruktúry. Práca obsahuje úvod do problematiky hľadania sekundárnych štruktúr RNA a jeho možné využitie pri tvorbe fylogenetických stromov. Súčasťou práce je aj popis všetkých najdôležitejších postupov, ktoré boli použité.
|
host ::
RSS.