|
|
Genetic diversity within pennate diatoms: implications for taxonomy and ecology.
Urbánková, Pavla ; Kulichová, Jana (vedoucí práce) ; Trobajo, Rosa (oponent) ; Poulíčková, Aloisie (oponent)
V posledních desetiletích,byla u morfologicky vymezených druhů rozsivek objevena znač- ná druhová diverzita, a to zejména pomocí molekulárních metod.Taxonomie rozsivek vyžaduje revizi a molekulární data při ní sehrají důležitou úlohu. Relativně levný a rychlý způsob, jak začlenit molekulární data do výzkumu rozsivek, představuje DNA-barcoding. Klíčovým kro- kem, který určuje využitelnost této metodiky, je výběr vhodného markeru. Vybrané markery jsme proto otestovali na modelovém rodu Frustulia. Získaná data podpořila vymezení dvou nových druhů, které jsme v samostatné studii popsali jako Frustulia curvata a Frustulia paulii. Nejvhodnějšími markery pro identifikaci druhů byl úsek velké ribosomální podjednotky (28S) a úsek genu, který kóduje enzym RUBISCO. Ve studii jsme ale objevili případ, kdy se tyto markery neshodovaly. Neshody mezi genovými stromy komplikují vymezení druhů na základě jediného molekulárního markeru. Pokud budeme používat barcode složený ze dvou markerů, sníží se riziko chybného vymezení druhů a neshody upozorní na případy, které zasluhují další studium. Vhodnější přístup k vymezování druhů na základě molekulárních dat nicméně před- stavují algoritmy, které jsme využili k vymezení druhů v komplexu Eunotia bilunaris-flexuosa. Tyto algoritmy využívají více lokusů a vycházejí ze...
|
|
|
Genetic diversity within pennate diatoms: implications for taxonomy and ecology.
Urbánková, Pavla ; Kulichová, Jana (vedoucí práce) ; Trobajo, Rosa (oponent) ; Poulíčková, Aloisie (oponent)
V posledních desetiletích,byla u morfologicky vymezených druhů rozsivek objevena znač- ná druhová diverzita, a to zejména pomocí molekulárních metod.Taxonomie rozsivek vyžaduje revizi a molekulární data při ní sehrají důležitou úlohu. Relativně levný a rychlý způsob, jak začlenit molekulární data do výzkumu rozsivek, představuje DNA-barcoding. Klíčovým kro- kem, který určuje využitelnost této metodiky, je výběr vhodného markeru. Vybrané markery jsme proto otestovali na modelovém rodu Frustulia. Získaná data podpořila vymezení dvou nových druhů, které jsme v samostatné studii popsali jako Frustulia curvata a Frustulia paulii. Nejvhodnějšími markery pro identifikaci druhů byl úsek velké ribosomální podjednotky (28S) a úsek genu, který kóduje enzym RUBISCO. Ve studii jsme ale objevili případ, kdy se tyto markery neshodovaly. Neshody mezi genovými stromy komplikují vymezení druhů na základě jediného molekulárního markeru. Pokud budeme používat barcode složený ze dvou markerů, sníží se riziko chybného vymezení druhů a neshody upozorní na případy, které zasluhují další studium. Vhodnější přístup k vymezování druhů na základě molekulárních dat nicméně před- stavují algoritmy, které jsme využili k vymezení druhů v komplexu Eunotia bilunaris-flexuosa. Tyto algoritmy využívají více lokusů a vycházejí ze...
|
host ::
RSS.