|
|
Epigenetics in gene regulation and chromatin structure.
Lađinović, Dijana ; Vacík, Tomáš (vedoucí práce) ; Fafílek, Bohumil (oponent) ; Stixová, Lenka (oponent)
1. Souhrn Metylace histonů hraje důležitou roli téměř ve všech buněčných procesech a udržování její správné hladiny zajišťují histon metyltransferázy a histon demetylázy. Nesprávná regulace hladiny metylace histonů je spojena s narušením regulace genové exprese a následně také s různými vývojovými defekty a nemocemi. V této práci jsme se zaměřili na lyzin demetylázy KDM2A a KDM2B a na jejich KDM2A-SF a KDM2B-SF izoformy postrádající demetylační aktivitu. Lyzin demetylázy KDM2A a KDM2B byly studovány převážně pro svojí demetylační funkci, kterou vykonávají na promotorech obsahujících CpG ostrovy. Jejich alternativní izoformy KDM2A-SF a KDM2B-SF však nebyly doposud detailněji studovány. Hlavním úkolem této práce bylo proto podrobně charakterizovat KDM2A-SF a zaměřit se také na roli, kterou by KDM2A-SF a KDM2B-SF mohli potenciálně hrát v kanonické Wnt signalizaci. Zjistili jsme, že KDM2A-SF mRNA vzniká působením alternativního intronového promotoru a není tak produktem alternativního sestřihu. Ukázali jsme, že KDM2A-SF startovní kodón leží v exonu, který odpovídá KDM2A exonu 14 a určili jsme tak přesnou aminokyselinovou sekvenci KDM2A-SF proteinu. Pomocí knockdown experimentů specifických pro jednotlivé KDM2A izoformy jsme dale ukázali, že KDM2A-SF narozdíl od KDM2A-LF vytváří v jádře distiktní struktury na...
|
|
| |
|
|
Epigenetics in gene regulation and chromatin structure.
Lađinović, Dijana ; Vacík, Tomáš (vedoucí práce) ; Fafílek, Bohumil (oponent) ; Stixová, Lenka (oponent)
1. Souhrn Metylace histonů hraje důležitou roli téměř ve všech buněčných procesech a udržování její správné hladiny zajišťují histon metyltransferázy a histon demetylázy. Nesprávná regulace hladiny metylace histonů je spojena s narušením regulace genové exprese a následně také s různými vývojovými defekty a nemocemi. V této práci jsme se zaměřili na lyzin demetylázy KDM2A a KDM2B a na jejich KDM2A-SF a KDM2B-SF izoformy postrádající demetylační aktivitu. Lyzin demetylázy KDM2A a KDM2B byly studovány převážně pro svojí demetylační funkci, kterou vykonávají na promotorech obsahujících CpG ostrovy. Jejich alternativní izoformy KDM2A-SF a KDM2B-SF však nebyly doposud detailněji studovány. Hlavním úkolem této práce bylo proto podrobně charakterizovat KDM2A-SF a zaměřit se také na roli, kterou by KDM2A-SF a KDM2B-SF mohli potenciálně hrát v kanonické Wnt signalizaci. Zjistili jsme, že KDM2A-SF mRNA vzniká působením alternativního intronového promotoru a není tak produktem alternativního sestřihu. Ukázali jsme, že KDM2A-SF startovní kodón leží v exonu, který odpovídá KDM2A exonu 14 a určili jsme tak přesnou aminokyselinovou sekvenci KDM2A-SF proteinu. Pomocí knockdown experimentů specifických pro jednotlivé KDM2A izoformy jsme dale ukázali, že KDM2A-SF narozdíl od KDM2A-LF vytváří v jádře distiktní struktury na...
|
|
|
Study of the mechanism of gene expression regulation at the level of functional organization of chromatin domains.
Hornáček, Matúš ; Cmarko, Dušan (vedoucí práce) ; Kučera, Tomáš (oponent) ; Stixová, Lenka (oponent)
- 1 - ABSTRAKT Jadérka (nucleoli) se vytvářejí na základě aktivity genů ribozomální DNA (rDNA), nazývaných Nucleolus Organizer Regions (NOR). Základní komponenty jadérek, fibrilární centra (FC) a denzní fibrilární komponenty (DFC) společně tvoří takzvané FC/DFC jednotky. Tyto jednotky jsou centry transkripce rDNA pomocí RNA polymerázy I (pol I), stejně jako raného procesingu, ve kterém hraje podstatnou roli protein fibrilarin. Každá FC/DFC jednotka pravděpodobně odpovídá jedinému transkripčně aktivnímu genu. V naší práci jsme studovali morfologicko-funkční změny FC/DFC jednotek v průběhu buněčného cyklu. Analýza pomocí korelativní světelné a elektronové mikroskopie prokázala, že pozitivní signály pro polymerázu I a fibrilarin v nukleárních kuličkách odpovídají jednotlivým FC/DFC jednotkám. Pozorování in vivo prokázala, že v časné S fázi, když byly replikovány transkripčně aktivní ribosomální geny, se počet jednotek v každé buňce zvýšil o 60 až 80 %. Během tohoto období jednotky přechodně ztratily pol I ale ne fibrilarin. Poté se až do konce interfáze počet jednotek nezměnil a jejich duplikace se dokončila až po rozdělení buněk v polovině G1 fáze. Tento zvláštní způsob reprodukce naznačuje, že značná podskupina ribozomálních genů zůstává transkripčně tichá od interfáze až po mitózu, ale opět se aktivuje v...
|
|
| |
host ::
RSS.