|
|
Covalent geometry of nucleic acids
Schramlová, Barbora ; Černý, Jiří (vedoucí práce) ; Dohnálek, Jan (oponent)
V Abstrakt Nukleové kyseliny jsou látky, které hrají zásadní roli ve všech živých organismech. Uchovávají genetickou informaci a řídí proces syntézy bílkovin. Tyto makromolekulární látky jsou složené z řetězců nukleotidů. Podle typu cukru v nukleotidech rozlišujeme nukleové kyseliny na DNA (Deoxyribonukleová kyselina) a RNA (Ribonukleová kyselina). Nukleotidové sekvence také určují prostorové konformace nukleových kyselin. Na úrovni dinukleotidů jsou tyto konformace popsány tzv. třídami dinukleotidových konformerů - NtC. Pro studium nukleových kyselin je zásadní znát jejich prostorové uspořádání. Nejpoužívanější metoda pro jejich studování ve 3D prostoru je rentgenová krystalografie. Ta využívá interakce rentgenových paprsků s elektronovým oblakem atomů v krystalu. Výsledkem jsou krystalografická data, která dále prochází procesem tzv. rafinace a validace. Jedním z nejdůležitějších parametrů při rafinaci a validaci jsou stereochemické standardy. Jedná se o slovníky parametrů, které charakterizují konkrétní délky vazeb, úhly, torzní úhly, roviny a chiralitu. Tyto slovníky byly naposledy aktualizovány v roce 2020, ale i tak potřebují další upřesnění. Tato práce se proto zaměřuje na podrobnou charakteristiku a popis kovalentní geometrie nukleových kyselin. Cílem práce je zhodnocení nejnovějších...
|
|
|
Nucleic Acid Geometry Standards
Schramlová, Barbora ; Černý, Jiří (vedoucí práce) ; Dohnálek, Jan (oponent)
V Abstrakt Nukleové kyseliny (NA) jsou biochemické makromolekulární látky, nezbytné pro všechny živé organismy - jejich funkcí je uchovávání genetické informace a řízení procesů syntézy bílkovin. Nukleové kyseliny jsou složené z polynukleotidových řetězců a podle složení těchto nukleotidů rozlišujeme dva základní druhy nukleových kyselin: DNA (Deoxyribonukleová kyselina) a RNA (Ribonukleová kyselina). Na základě vnitřní nukleotidové sekvence, a i vlivem vnějších interakcí se tyto řetězce formují do různých prostorových konformací. Na úrovni dinukleotidů jsou tyto konformace popisovány a klasifikovány tzv. třídami dinukleotidových konformerů - NtC. Pro odhalení trojdimenzionálních struktur biologických makromolekul se již přes 50 let používá především metoda rentgenové krystalografie. Principem této metody je interakce rentgenových paprsků s elektronovým oblakem atomů v krystalu. Na základě elektronové hustoty se poté určují atomové pozice. Při rozlišení dostupném u většiny makromolekulárních krystalů však nejsou tyto krystalografická data dostatečná k tomu, aby bylo možné odvodit chemicky přijatelnou strukturu, proto se používají stereochemická omezení. Stereochemické standardy jsou slovníky popisující konkrétní délky vazeb, úhly vazeb, torzní úhly, roviny a chiralitu. Pomocí těchto hodnot se zdokonalují a...
|
host ::
RSS.