|
|
Optimalizace metod detekce mykovirů získaných analýzou NGS dat
PÍCHALOVÁ, Barbora
Celosvětově známým patogenem jsou houby z rodu Armillaria způsobující onemocnění armillaria root disease vyznačující se napadením kořenového systému dřevin, vylamováním bazální části a rozvojem bělavého syrrocia pod kůrou stromů. Při výzkumu tohoto onemocnění bylo již publikováno několik genomových sekvencí mykovirů včetně virů z čeledi Mymonoviridae, Botourmiaviridae, Partitiviridae, Virgaviridae a nově popsané skupiny virů s názvem ambi-like viry. In silico analýzou sekvencí virů získaných pomocí metod NGS byly v izolátech Armillaria spp. z České republiky popsány kromě ambi-like virů a partitivirů i dosud neobjevené viry v tomto rodu a to beny-like viry. Pro potvrzení přítomnosti beny-like virů in vitro byla použita metoda reverzní transkripce s následnou PCR. Celková RNA byla izolována pomocí komerčního kitu a její přítomnost ve vzorcích byla potvrzena elektroforeticky. K navržení trojice primeru Beny F1 a Beny R1, Beny F2 a Beny R2 a BV1 F a BV1 R byla využita sekvence získaná pomocí sekvenační platformy NovaSeq 6000 systému Illumina, ve které byly navrženy potenciální ORF. Primery byly cíleny na nejdelší úsek ORF kódující RdRp, který je nejvíce konzervovaným genem v RNA virech. Úsek DNA získaný reverzní transkripcí byl amplifikován metodou PCR s následnou reamplifikací a na závěr byly vzorky byly vyhodnoceny elektroforeticky na přítomnost ssRNA virů.
|
|
|
Identifikace RNA elementů u hub
PÍCHALOVÁ, Barbora
V současné době se do popředí zájmu výzkumu dostávají interakce mezi houbami, mykoviry a životním prostředím. Říše Fungi zahrnuje ekologicky a ekonomicky významné druhy hub, které mohou působit jako patogeny či symbionti, nebo se mohou vyskytovat v půdě jako mykorhizní a endofytní houby. Navzdory jejich ekologickému, biomedicínskému a průmyslovému významu stále chybí fylogenetické studie celé řady hub a jejich virů. Pro pochopení základních vztahů mezi mykoviry a jejich houbovými hostiteli je zásadní studium biologických vlastností, distribuce a přenosu nejen samotných virů, ale také hub. Tato studie si klade za cíl identifikovat jednotlivé druhy hub a zjistit, zda se v nich nachází mykoviry. Pro výzkum diverzity byly využity vzorky hub sbíraných na území České republiky během roku 2020 a 2021. K jejich detekci a identifikaci byly zvoleny molekulárně genetické metody. DNA z hub byla izolována pomocí CTAB-PVP, úsek DNA byl amplifikován pomocí sekvence oblasti ITS, translačního elongačního faktoru TEF1-alfa genu a genu beta-tubulinu. Na základě sekvencí byl pro vzorky vytvořen fylogenetický strom podle genetické podobnosti mezi jednotlivými rody. Pro detekci mykovirů byla využita metoda izolace dsRNA pomocí fenol-chloroformu a celulózy a vzorky byly vyhodnoceny pomocí agarózové elektroforézy.
|
host ::
RSS.