|
|
Ribosomal protein Rpl22 regulates the splicing of its own transcripts
Nemčko, Filip ; Abrhámová, Kateřina (vedoucí práce) ; Müller-McNicoll, Michaela (oponent)
Kvasinka Saccharomyces cerevisiae patrí medzi organizmy s malým počtom intrónov, ktoré sa nachádzajú v približne 5% jej génov. Najdôležitejšou skupinou takýchto génov sú gény kódujúce ribozomálne proteíny. Tie sú okrem iného vysoko exprimované a častokrát kódované dvoma paralógmi. Parenteau s kolegami popísala intrón-dependentné intergénové regulačné obvody, ku ktorým dochádza medzi ribozomálnymi paralógmi a ktoré kontrolujú pomery ich expresie. V tejto práci sa nám nepodarilo potvrdiť prítomnosť takýchto obvodov u 6 zo 7 testovaných párov paralógov. Jedinou funkčnou je regulácia u RPL22 paralógov. Ukázali sme, že Rp22 proteín blokuje pre-mRNA zostrih oboch RPL22 paralógov, avšak prednostne RPL22B. Proteín Rpl22 to sprostredkováva väzbou na sekundárnu štruktúru v RPL22B intróne, pričom mutácia RNA-väzbovej domény proteínu Rpl22 vedie k strate väzby. Takáto sekundárna štruktúra a väzba na ňu je zachovaná aj v kvasinke Kluyveromyces lactis, ktorá obsahuje iba jednu kópiu RPL22 génu. Výsledky tejto práce vedú k lepšiemu porozumeniu intergénovej regulácie, ku ktorej dochádza medzi funkčne odlišnými RPL22 paralógmi. Kľúčové slová intróny, gény ribozomálnych proteínov, Rpl22, RPL22 paralógy, zostrih pre-mRNA, Saccharomyces cerevisiae
|
|
|
Ribosomal protein Rpl22 regulates the splicing of its own transcripts
Nemčko, Filip ; Abrhámová, Kateřina (vedoucí práce) ; Müller-McNicoll, Michaela (oponent)
Kvasinka Saccharomyces cerevisiae patrí medzi organizmy s malým počtom intrónov, ktoré sa nachádzajú v približne 5% jej génov. Najdôležitejšou skupinou takýchto génov sú gény kódujúce ribozomálne proteíny. Tie sú okrem iného vysoko exprimované a častokrát kódované dvoma paralógmi. Parenteau s kolegami popísala intrón-dependentné intergénové regulačné obvody, ku ktorým dochádza medzi ribozomálnymi paralógmi a ktoré kontrolujú pomery ich expresie. V tejto práci sa nám nepodarilo potvrdiť prítomnosť takýchto obvodov u 6 zo 7 testovaných párov paralógov. Jedinou funkčnou je regulácia u RPL22 paralógov. Ukázali sme, že Rp22 proteín blokuje pre-mRNA zostrih oboch RPL22 paralógov, avšak prednostne RPL22B. Proteín Rpl22 to sprostredkováva väzbou na sekundárnu štruktúru v RPL22B intróne, pričom mutácia RNA-väzbovej domény proteínu Rpl22 vedie k strate väzby. Takáto sekundárna štruktúra a väzba na ňu je zachovaná aj v kvasinke Kluyveromyces lactis, ktorá obsahuje iba jednu kópiu RPL22 génu. Výsledky tejto práce vedú k lepšiemu porozumeniu intergénovej regulácie, ku ktorej dochádza medzi funkčne odlišnými RPL22 paralógmi. Kľúčové slová intróny, gény ribozomálnych proteínov, Rpl22, RPL22 paralógy, zostrih pre-mRNA, Saccharomyces cerevisiae
|
|
|
Gene expression regulation of ribosomal protein genes
Nemčko, Filip ; Abrhámová, Kateřina (vedoucí práce) ; Vopálenský, Václav (oponent)
Kvasinka Saccharomyces cerevisiae produkuje za normálnych podmienok približne 2000 ribozómov za minútu. Produkcia ribozomálnych proteínov je rozsiahla - odhadom predstavuje až 50% celkovej transkripcie prevádzanej RNA polymerázou II a 90% celkového zostrihu pre-mRNA v bunkách. Expresia génov ribozomálnych proteínov je koordinovaná, čím zabezpečuje ekvimolárne množstvo jednotlivých ribozomálnych proteínov. Regulácia prebieha prevažne na úrovni transkripcie, avšak rôznorodá post- transkripčná regulácia je potrebná pre odstránenie fluktuácie koncentrácií jednotlivých ribozomálnych proteínov, a teda pre ich stoichiometrickú vyváženosť. Prevládajúcou je regulácia závislá na intrónoch, ktorá okrem vyvažovania jednotlivých ribozomálnych proteínov zabezpečuje ich rýchlu reguláciu (represiu) v odpovedi na enviromentálny stres. KĽÚČOVÉ SLOVÁ gény pre ribozomálne proteíny, RPG, ribozomálne proteíny, regulácia génovej expresie, koregulácia, Saccharomyces cerevisiae
|
host ::
RSS.